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生态系统理论源于生态学，是生态学上的一个主要结构与功能单位，属于生态学学科领域内的最高层次。生态学认为，生态系统是在一定空间范围内，由不同生物群落间及生物群落与其环境之间借助于功能流（物种流、能量流、物质流、信息流和价值流）而形成的具有一定格局的稳态系统。
“生态系统”概念最早由英国生态学家坦斯利（A. G. Tansley）在1935年提出，他用系统的方法解释生物与其所属自然环境的关系，认为在特定空间内所有生物间以及生物与环境之间能通过能量交换、物质流动和信息传递形成彼此间相互作用、相互联系的统一整体。
一般来说，生态系统的构成包括生物要素和非生物要素：生物要素可分为生产者、消费者、分解者三个类群；非生物要素即非生物环境，包括无机物质、有机化合物、气候因素等。生物部分可以从非生物部分获取营养成分以及维持生命活动所需要的能量，非生物部分则为生物部分的生存提供了良好的生活环境。生态系统各成分之间相互关联并且发生作用，从而形成固定的结构模式，如食物链和食物网结构、层级系统结构、时间和空间结构、物种结构等。
根据生态进化原理，生态系统一般具有如下基本特征：平衡性和动态性、协同性与竞争性、区域性与差异性、多样性与复杂性。生态系统的诞生演进是一个动态发展的过程，从低阶到高阶、从简单到复杂，经历“平衡—不平衡—新的平衡”动态变化过程，最终会趋于相对稳定的平衡状态，但是系统内部的资源、信息、能量的交换却从来不会停止，即在特定空间范围内物种的种类、数量以及能量的交互流动能够形成动态平衡。达尔文的物竞天择理论反映出在生态系统中生物之间既存在竞争关系，也存在相互依赖行为，即表现为相互间竞争性与协同性并存。不同的地理环境拥有不同的生态条件，则会有与之相适应的生物种群，从而形成了生态系统的区域差异，这是由系统的组织成分对地理环境的适应和相互作用导致的。生态系统内部各物种之间不是简单的线性关系，而是呈现出一种复杂的、非线性的耦合关系。一方面，当一个物种发生变化时，可能会引起与它直接或间接相关的物种发生改变；另一方面，每一个物种都可能同时受到若干其他物种的影响。
黄轩认为，生态系统的生物多样性是指在一定时间和地区内所有的物种及其遗传变异和生态系统的复杂集合，主要表现为物种多样、物种之间或物种与环境之间相互作用的多样、生态环境和生物群落的多样。
随着生态系统理论的发展，生态学的研究范畴早已超出了生物学的研究领域，它不仅适用于自然科学，还适用于社会科学，已经成为一门交叉学科。胡艳和张光辉曾对生态系统的应用研究进行概括，指出可将具有生态系统特征的研究对象纳入生态系统研究框架，并在此假设下对中国投资生态系统进行了有益的理论探索。
侯杰等学者指出，生态学的隐喻能给管理现象的研究带来更广阔的视角，他们基于组织生态学中种群演化的理论，对企业成长演化进行了案例研究。
还有一些学者开始尝试用生态系统理论来指导高校创新创业教育，探索创新创业教育生态系统的构建思路。黄兆信和王志强认为，高校创业教育生态系统必须使关键行动主体、支持群体、环境要素组成动态的闭环结构，形成知识生产—知识扩散—知识创新—价值创造的完整链条。
刘海滨认为，高校高层领导、师资队伍、资源、创业课程、创业活动与实践、组织架构、环境要素是我国高校创业教育生态系统构建中的关键要素。
杨晓慧提出，高层领导的愿景与推动、强大的行政及教师领导力、财政资源的持续投入、课程及项目的持续创新、恰当的组织架构、创业活动的扩张与进化是创业教育生态系统构建的关键因素。
相关研究一方面通过生态系统理论对创新创业教育的内动力和外动力做了深层次的探析，另一方面注重创新创业教育各要素的融合和互动的有效性，以推动创新创业教育的全面发展和可持续发展。