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当前，高校创新创业教育的瓶颈问题严重制约了创新创业教育的深化改革与发展，导致学校产学错位、学生自主创业意愿不强、创业项目的转化落地率较低等问题。面对创新创业教育改革发展新形势，高校迫切需要完整、准确地理解创新创业教育新理念，把握创新与创业的“双生关系”。“创新”后面加上“创业”，实质是明确了创新的应用属性——指向创业的创新，重在应用的创新，促进创新成果的市场化、商业化；“创业”前面加上“创新”，实质是指明了创业的方向性——创新型创业、机会型创业，高增长的创业，提升了创业的层次和水平。创新创业教育既包含了“创新教育”“创业教育”的科学内涵，又不与二者简单等同，而是综合性、系统性的教育。其实质是以创新为基础的创业，支持创新者以创新成果去创业，使创新创业成为驱动经济社会发展的引擎。而高校作为服务、促进社会经济转型发展的生力军，肩负着推动实施创新驱动发展战略以培养创新创业型人才的重任。高校创新创业教育必须走出“表层教育”的初级阶段，探索更深层次的发展，纵向贯穿人才培养的全过程，横向打通学校教育、家庭教育和社会教育的各个环节，以适应经济转型发展的现实需求为导向，实现“课内课外相衔接、教育实践一体化”，突破创新创业教育的现实瓶颈，着力促进全体学生创新创业素质的提升。因此，探索如何更有效地整合、组织各类为高校创新创业人才培养服务的教育因素和支持体系，构建完善的创新创业教育生态系统，分析生态系统各构成要素的交互作用，促使高校创新创业教育在产业内或区域内形成资源互补和良性互动，显得尤为重要与紧迫。
党的十八大明确提出，实施创新驱动发展战略，要转变观念，鼓励创业，加大创新创业人才的培养支持力度。2012年，教育部《关于全面提高高等教育质量的若干意见》明确提出：加强创新创业教育，把创新创业教育贯穿人才培养全过程。2015年5月，国务院办公厅印发的《关于深化高等学校创新创业教育改革的实施意见》提出“深化高等学校创新创业教育改革，是国家实施创新驱动发展战略、促进经济提质增效升级的迫切需要，是推进高等教育综合改革、促进高校毕业生更高质量创业就业的重要举措”。《关于发展众创空间推进大众创新创业的指导意见》《关于大力推进大众创业万众创新若干政策措施的意见》等重要文件明确提出要“打造创新创业生态系统”。高校要在实施创新驱动发展战略中发挥作用，关键是要推动高等教育内涵式发展，在体制改革和教育教学改革的重要领域与关键环节上取得突破，通过改革创新创业教育支撑大众创业、万众创新的新局面。在此背景下，对高校创新创业教育生态系统的深入研究不仅是学术理论发展的要求，更是有效解决创业问题的实践诉求。
协同创新是创新体系的一种新思路、新模式，核心在于对区域内创新要素、资源的有效聚集和共生效应的产生。区域协同创新的动力来源于区域内高校、企业、政府及相关机构的相互作用，以自身的目标和需求、资源和优势为标识聚集，为适应环境而对自己的行为规则作出相应的调整。
为适应新常态要求，我国把深化跨区域合作、促进协同发展作为现阶段区域发展战略的重点。而单区域化的人才培养模式有诸多局限性，诸如资源单一、人才流动性低、平台功能重叠等，严重制约了创新创业教育生态链的可持续发展。在协同创新中，高校创新创业教育面临的最大困难和挑战首先在于能否把区域内的创新创业资源进行有效整合，其次要将有关创新创业教育的政策法规，以及地方政府、科研单位、风投公司、行业协会等创新创业资源协同起来，共同为高校创新创业教育营造优良环境，促进创新创业教育效益最大化。在国家加强区域合作转型的背景下，各地区应对教育体系如何实现区域协同进行思考和探索，鼓励加大探索创新的力度，共建跨区域共享机制，形成优势互补、共赢发展的区域利用协调合作机制。高校创新创业人才培养的探索进入了一个模式创新的阶段，推动区域协同下的大学生创新创业机制建立、课程建设、孵化平台构建、实践锻炼、师资队伍建设、资金保障等工作，丰富高校创新创业教育的路径，使师资、课程、资金、平台等校内与校外资源有机融合起来，进而构建起平衡发展的高校创新创业教育生态系统。
应以教育生态学、生态系统等理论为依据，根据高校创新创业人才的成长和培养规律，构建高校创新创业教育生态系统模型，从其内部运行模式出发，利用生态位理论分析创新创业教育生态系统构成要素的交互作用机制，纵向探讨生态系统的演化方式和演化机理；同时，依托区域经济社会发展和产业转型升级所需的协同创新平台，设计高校创新创业教育生态系统的运行机制。相关研究结论对推动我国高校创新创业教育生态系统的持续发展，具有一定的理论与实践指导意义。