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在诸子时代，诸家对阴阳五行皆有所论述，这其中又以儒家、道家、墨家、阴阳家与农家为重要。
《周礼》云：“掌三易之法：一曰《连山》，二曰《归藏》，三曰《周易》，其经卦皆八，其别皆六十有四。”这里所言“三易”即《连山》《归藏》《周易》这三种。《连山》尚未重现天日，《归藏》则有些争论（有些人认为1993年湖北江陵出土的材料即为《归藏》），而《周易》已广为流传，等同于《易经》。关于《周易》的内容，学界有所争执。一些人认为其是卜筮之书，一些人认为是哲理之书，还有一些人认为是天文学记载。
由于《周易》本身含义不太明朗，因此后来儒家对《周易》进行了解释，是为《易传》。《易传》包括七篇文章：《彖传》《象传》《系辞传》《文言传》《说卦传》《序卦传》《杂卦传》。其中，《彖传》《象传》《系辞传》三篇各分上下，加上另外四篇合成“十翼”。“翼”是“羽翼”的意思，有“辅助”之义。到了汉朝，《周易》的含义扩大，包含了《易经》与《易传》两部分。
彭华教授认为，《易经》里很难说有阴阳思想。他指出，在《易经》里仅有一处用到“阴”字，即《中孚·九二》所云：“鸣鹤在阴，其子和之。”此处的“阴”字，意为暗昧、幽远，通假为“荫”。此句意为雄鹤在树荫下鸣叫，雌鹤（一说幼鹤）循声应和。这里的“阴”并无高远深邃的哲学含义。《易传》全文不见“阴气”一词，“阳气”仅仅出现过一次，即《乾·文言》所云：“潜龙勿用，阳气潜藏。”到了宋朝，出现了先天八卦，据说由陈抟传给邵雍。这套八卦被称为先天八卦，而《周易》里的则被称为后天八卦。《易经》里也没有明显的五行思想。
八卦的科学价值历来有争论，有待学者们进一步研究。
关于道家的来源，《汉书·艺文志》认为，道家大概出于史官；冯友兰先生认为，道家可能出自隐士。
《道德经》，又称《老子》《道德真经》，其作者一般被认为是老子。《道德经》将“道”视为至高无上的本源、本体。在《道德经》里，存在一些非常简略但非常重要的关于阴阳五行的叙述。
（1）经文。
通行本《道德经》第四十章云：
道生一，一生二，二生三，三生万物。万物负阴而抱阳，冲气以为和。
王弼本《道德经》则云：
道生一，一生二，二生三，三生万物。万物负阴而抱阳，沖气以为和。
可以看出前者是“冲”，后者是“沖”。一般认为，“沖通“冲”。帛书老子甲本此处的字有一定残缺，《老子甲本释文》校为“中”，其他多校为“冲”。
（2）古人的解释。
对于此处的“道”“一”“二”“三”，古人有多种多样的看法。兹择其部分看法论述如下：
《列子·天瑞》篇云：“一者，形变之始也。清轻者上为天，浊重者下为地，冲和气者为人。故天地含精，万物化生。”《太平经》云：“元气倪惚自然，共凝成一，名为天也：分而生阴而成地，名为二也；因为上天下地，阴阳相合施生人，名为三也。”
河上公云：“道始生者（一也）”，“一生阴与阳也”，“阴阳生和、清、浊三气，分为天地人”，“天地（人）共生万物也。天施地化，人长养之”，“万物无不负阴而向阳，回心而就日”，“万物中皆有元气，得以和柔，若胸中有藏，骨中有髓，草木中有空虚与气通，故得久生也”。
隋朝杨上善《黄帝内经太素》卷十九《知针石》云：“从道生一，谓之朴也；一分为二，谓天地也：从二生三，谓阴阳和气也；从三以生万物，分为九野、四时、日月乃至万物。”
还有其他很多解释，这里不再赘述。
（3）现代人的解释。
冯友兰先生最初在《中国哲学史》里指出：一为太一，二为天地，三为阴气、阳气、和气之三气。
后来他在《中国哲学史新编》中又指出：一就是气，二就是阴阳二气，三就是阴阳二气之和气。
杨宽先生在《战国史》中指出：“一”是指原始混沌之气，“二”是指“万物负阴而抱阳”的阴阳两气，“三”是指阴阳两气经过相互冲动而形成统一，即“冲气以为和”。
陈鼓应先生在《老子注释及评介》中指出：“一”为“道”；“二”为阴气、阳气，同时也可以指“有无、动静、阴阳等两两相反相成的范畴”；“三”为“阴气、阳气加和气”。他指出：“由统一的‘道’本身产生出两个相互对立的方面，由对立的两方而产生出第三者——和气，进而形成万物，这是一个由抽象到具体，由简单到复杂的过程。从‘道’到万物并不是直接的，中间要通过‘气’来转化，气也是‘道’产生的。”
（4）对“冲”的解读。
回顾古代人、现代人对《道德经》第四十章那一段原文不同的解释可以发现，要想妥当理解其含义，关键在于妥当理解其中“冲”的含义。这一点，显然至关重要。
陶鸿庆先生在《读诸子札记》中指出，《列子·天瑞》所言“清轻者上为天，浊重者下为地，冲和气者为人”中的“冲”应读为“中”。
他引用了《文子·九守》所云“故三皇五帝有戒之器，命曰侑卮。其冲即正，其盈即覆”，指出“冲”即“中”也。他还指出，《文子·精诚》所云“执冲含和”，以及《淮南子·泰族训》所云“执中含和”，都是“冲”与“中”通用的证据。因此，他认为《列子·天瑞》应读为“清轻者上为天，浊重者下为地，中和气者为人”。如此一来，天在上、地在下、人在中，其意通顺。那么，“中气”又是什么呢？他引用《文子·上德》篇所云“冲气以为和，和居中央”的说法，认为“中气”乃“宅和气之中也”。他这句话从字面上理解，似乎是将中气与和气理解为两种不同的东西，中气居于和气之中。
张舜徽先生也有类似的看法，他认为：“冲为盅之借字，谓虚中也。”
笔者认为，陶鸿庆先生将“冲”读为“中”，具有十分重要的意义，为妥当解读前述原文指出了恰当的方向。如果读为“冲”字，容易将其理解为动词，其义为“冲击”“冲动”，从而将“冲气”理解为阴阳二气之相互冲动或相互作用。持这种看法的研究者非常多。而如果将“冲”读为“中”，则含义一般为“中央的”“中间的”，这种理解见于《文子·上德》。因为“冲（中）气以为和”，而“和居中央”，所以《文子·上德》将“中”理解为“中央的”“中间的”。“和居中央”之说，也见于《管子》所云“中央曰土……中正无私，实辅四时……岁掌和，和为雨”，有“中央对应和（气）”之意。
当然，《道德经》“中气”后面的“和气”也提示“中”可作“中和”“中性”之意。
总而言之，《道德经》中的“冲”可读为“中”，这种“中”可以理解为“中间的”或“中性的”。如此一来，“中气”“和气”既不是“阳气”，也不是“阴气”，而是独立的，可以看成第三种气，从而与“阳气”“阴气”呈三足鼎立之势。
这里尤其需要指出的是，因为《文子》《庄子》将“和”理解为阴阳二者之和，所以从那以后，主流观点一直认为，和、和气只不过是阴阳二气调和的产物，没有独立的身份。这样的理解固然可以。
然而，将“中气”“和气”视为独立的第三种气的话，则在理论上有巨大的益处。这是因为，如果“中气”“和气”是独立的第三种气，则《道德经》里提出的并非“阴阳”二气学说，而是“阳中阴”三气学说。这样一来，即可与“阳和阴”或“阳和阴五行”学说
对接。它的核心观点如下：存在阳、和、阴三种独立的气（或“炁”）。阳气包括少阳木气、太阳火气及其他的一些阳气；阴气包括少阴金气、太阴水气以及其他的一些阴气；和气即土气。这里，五气中的木、火、土、金、水只是类比，与这五物没有本质联系。这种学说很好地解释了“阴阳之气”（以及“和气”）与“五行之气”之间的关系，也能解释为何木气、火气都被称为阳气（少阳之气、太阳之气），金气、水气都被称为阴气（少阴之气、太阴之气）。
《道德经》里涉及五行的只有一处：
五色令人目盲；五音令人耳聋；五味令人口爽；驰骋畋猎，令人心发狂；难得之货，令人行妨。是以圣人为腹不为目，故去彼取此。
此处五色、五音、五味是与五行有关的术语，但未具体说明。
《文子》又称《通玄真经》，作者是文子。《文子》一书之主旨在于，解说老子之言，阐发老子思想，继承和发展道家学说。相传文子是和孔子同一时代的人，是老子的学生。
《上仁》篇指出了阴阳是通过“交接”的方式来生成万物的，也提出阴阳相“和”的重要性：
天地之气，莫大于和。和者，阴阳调，日夜分，故万物春分而生，秋分而成。生与成，必得和之精。故积阴不生，积阳不化，阴阳交接，乃能成和。
值得注意的是，此处虽然有“阴”“阳”“和”三个字，但是这里的“和气”并不是独立的，只是阴气与阳气的交和产物。
天气下，地气上，阴阳交通，万物齐同，君子用事，小人消亡，天地之道也。天气不下，地气不上，阴阳不通，万物不昌，小人得势，君子消亡，五谷不植，道德内藏。
天气、地气即阳气、阴气。“天气下，地气上，阴阳交通”是说阳气下降、阴气上升，阴阳才能交接。反之，阳气不下，阴气不上，则阴阳无法交接。这个说法画面感极强，可以称为“阳降阴升”说。这种思想具有一定科学意味，可能与气象有关，值得进一步研究。
《上德》篇提出了“阳吉而阴凶”故而“尚阳”的思想，认为阳是好的，是吉利的，而阴是不好的，是凶恶的。这种现象不仅表现在自然界万物之中，也表现在人类社会兴衰之中。
《文子》一方面认为阴阳可以交接变成调和的和气（“阴阳交接，乃能成和”），另一方面又认为阳吉而阴凶（“阳灭阴，万物肥。阴灭阳，万物衰”），这在理论上似乎存在一定困难：吉气与凶气这两种性质相反的气如何交接变成调和的和气？
《上德》篇提出了阴阳互相转化的思想：
河水深，壤在山。丘陵高，下入渊。阳气盛，变为阴。阴气盛，变为阳。故欲不可盈，乐不可极。忿无恶言，怒无作色，是谓计得。火上炎，水下流，圣人之道，以类相求。圣人偯阳，天下和同。偯阴，天下溺沉。
“阳气盛，变为阴”有三种理解。第一种，“阳气到达极盛后突然全部转为阴气”。第二种，“阳气到达极盛后，部分阳气变成了阴气”。这两种理解在逻辑上有些困难。第三种，“阳气到达极盛后，阳气所在的时空里又出现了阴气”。这种理解看起来更为合理。
《道原》篇认为五音、五味、五色这种“有”“实”是从“无”“虚”中产生出来的。《微明》篇也提及五行，但仅将五行与“地”相联系，隔断了五行与“天”“人”的联系。《微明》篇所引的“中黄子”是以五物来理解五行的。这固然也是一种方法，但是这样一来五行的适用范围、有效性则大为缩减。
此外，《上德》篇也有五行相胜的思想：
金之势胜木，一刃不能残一林；土之势胜水，一掬不能塞江河；水之势胜火，一酌不能救一车之薪。
容易看出，此处五行是指五种粗大的物质。五行相胜有“金胜木”“土胜水”“水胜火”，但显然并不完整，没有提及“木胜土”“火胜金”。
《关尹子》据说为关尹子所作，其《二柱》篇对五行之间的相互关系提出了特别的说法：
木之为物，钻之得火，绞之得水。金之为物，击之得火，熔之得水。金木者，水火之交也。水为精为天，火为神为地，木为魂为人，金为魄为物。运而不已者为时，包而有在者为方。惟土终始之，有解之者，有示之者。
此处提出了五行之间的关系是：木既可以得火，又可以得水；金既可以得火，又可以得水。这种说法与常见的五行相生之说并不相同。此处还提出“水为精为天，火为神为地，木为魂为人，金为魄为物”“土终始之”，这些说法不同于《洪范》的“五物五行”之说。
在《庄子》一书中，“阴阳”一词出现较多。《天运》篇认为阳清而阴浊：“一清一浊，阴阳调和，流光其声……吾又奏之以阴阳之和，烛之以日月之明。”此处清气即阳气，浊气即阴气。而“阴阳之和”意味着只有“阴阳”，而“和”只是“阴阳”之调和，并非独立存在的“和气”。
《田子方》篇提及阴阳二气之交和路径：
至阴肃肃，至阳赫赫；肃肃出乎天，赫赫发乎地；两者交通成和而物生焉，或为之纪而莫见其形。消息满虚，一晦一明，日改月化，日有所为，而莫见其功。
阴、阳之气分别从天、地出发，阳气上升、阴气下降，交通于中而又达于和谐状态，万物由是而生，此即“阳升阴降”说。这可以理解为一种具有科学意味的猜想，相对较为具体且有画面感。
虽然《庄子》与《文子》都承认阴阳二气可以“交通”，但是就阴阳二气的运动轨迹而言，《庄子》的“阳升阴降”与《文子》的“阳降阴升”正好相反：前者认为阳气从地而升，阴气从天而降；后者认为阳气从天而降，阴气从地而升。
《则阳》篇提出了阴阳的交互作用，其文云：
阴阳相照、相盖、相治，四时相代、相生、相杀。欲恶去就，于是桥起；雌雄片合，于是庸有。安危相易，祸福相生，缓急相摩，聚散以成。
此处提及阴阳的交互作用有“相照、相盖、相治”，但比较含糊。后文又提及了“四时相代、相生、相杀”。所谓“相代”，指后一时替代前一时；“相生”指前一时产生后一时；“相杀”指春秋互杀，夏冬互杀。
《大宗师》篇认为阴阳之气对人十分重要：
父母于子，东西南北，唯命之从。阴阳于人，不翅于父母。
《在有》篇云：
人大喜邪？毗于阳。大怒邪？毗于阴。阴阳并毗，四时不至，寒暑之和不成，其反伤人之形乎！
此处将阳与喜相联系，将阴与怒相联系。它的科学意味在于试图在阴阳与人类情绪之间建立联系。
《天地》篇提及五色、五声、五臭、五味，但未具体说明：
失性有五：一曰五色乱目，使目不明；二曰五声乱耳，使耳不聪；三曰五臭薰鼻，困惾中颡；四曰五味浊口，使口厉爽；五曰趣舍滑心，使性飞扬。此五者，皆生之害也。
《黄帝四经》提出了“道生法”。它将宇宙万事万物分为阴阳两方，其《称》篇云：
凡论必以阴阳［明］大义。天阳地阴，春阳秋阴，夏阳冬阴，昼阳夜阴。大国阳，小国阴。重国阳，轻国阴。有事阳而无事阴。信（伸）者阳而屈者阴。君阳臣阴。上阳下阴。男阳［女阴］。［父］阳［子］阴。兄阳弟阴……
阴阳与各种事物产生了联系，体现了阳吉阴凶的观念。这种联系，一部分较为合理，如“天阳地阴，春阳秋阴，夏阳冬阴，昼阳夜阴”，而其他部分看起来较为主观，如“有事阳而无事阴”等。
《鹖冠子》的作者是鹖冠子，据说是战国末年的楚国隐士。其人隐居深山，以鹖羽为冠，故而号曰鹖冠子。
《夜行》篇云“阴阳，气也”，即阴阳被视为气。《度万》篇云“阴阳者，气之正也”，即将阴阳二气的属性理解为好、善。《环流》篇云“阴阳不同气，然其为和同也”，即认为阴阳是不同的气，但是可以“和同”。
《鹖冠子》的五行观并不太统一。《度万》篇云“五气失端，四时不成”，这里是将“五行”视为“五气”。而另外两处则将“五行”视为“五物”，《王鈇》篇云：“天用四时，地用五行。”《天权》篇云：“下因地利，制以五行，左木右金前火后水中土，营军陈，士不失其宜，五度既正，无事不举，招摇在上，缮者作下，取法于天，四时求象，春用苍龙，夏用赤鸟，秋用白虎，冬用元（玄）武……故所肄学兵必先天权，陈以五行，战以五音，左倍宫角，右挟商羽，徵君为随，以朁（或作转）无素之众，陆溺溺人。”
可以看出，《鹖冠子》将五行既理解为“五气”，也理解为“五物”。
《墨子》是记录墨家思想的主要典籍。墨家的阴阳观并没有什么特别之处，而墨家的五行观体现在《贵义》中，天干与五行的对应关系较为完整：
子墨子北之齐，遇日者。日者曰：“帝以今日杀黑龙于北方，而先生之色黑，不可以北。”子墨子不听，遂北，至淄水，不遂而反焉。日者曰：“我谓先生不可以北。”子墨子曰：“南之人不得北，北之人不得南，其色有黑者，有白者，何故皆不遂也？且帝以甲乙杀青龙于东方，以丙丁杀赤龙于南方，以庚辛杀白龙于西方，以壬癸杀黑龙于北方。若用子之言，则是禁天下之行者也，是围心而虚天下也。子之言不可用也。”
在上述文字中，出现了四种对应关系：木对应“甲乙、青龙、东方”，火对应“丙丁、赤龙、南方”，金对应“庚辛、白龙、西方”，水对应“壬癸、黑龙、北方”。值得注意的是，此处没有提及土。
五方与五色的搭配法则在《迎敌祠》篇中也有体现。
阴阳家，其全称应是“阴阳五行家”，“阴阳家”乃简称，有数几种流派，此处只提及五德终始派。
五德终始派以言说王朝政权的德运为内容，主要代表人物是邹衍。邹衍，一作骆衍，战国时期齐国人，曾经游学稷下学宫，备受尊重，被齐人尊称为“谈天衍”。他的主要思想学说是“大九州”说和“五行相胜”说。
邹衍的“大九州”说由西汉司马迁《史记》转述而留存（《盐铁论》《论衡》亦有提及）。《史记·孟子荀卿列传》云：
以为儒者所谓中国者，于天下乃八十一分居其一分耳。中国名曰赤县神州。赤县神州内自有九州，禹之序九州是也，不得为州数。中国外如赤县神州者九，乃所谓九州也。于是有裨海环之，人民禽兽莫能相通者，如一区中者，乃为一州。如此者九，乃有大瀛海环其外，天地之际焉。
按照邹衍的“大九州”说，所谓“中国”，只是一个“赤县神州”。“赤县神州”内有“九州”，即“禹之序九州”，此“九州”不是真正的“九州”。九个“赤县神州”合成的一个大州，才是真正的“九州”。“九州”周围有裨海环绕着，彼此不能相通。九个“九州”又组成“大九州”，其周围有大海环绕着。在那里，才有“天下”八个方面的终极之处。
根据“大九州”说，“中国”只是“大九州”中的八十一分之一而已。“大九州”说可以理解为这样一种具有科学意味的猜测：地球上最初只有一块正方形大陆，且可以细分为九大块、八十一小块。
邹衍以“五行相胜”说作为理论基础提出了“五德终始”说，用来解释历史上朝代更替兴废的原因和规律。邹衍认为，各个王朝都有自己所对应和符合的“德”，即五行之德（“五德”）中的一德，它决定着该王朝的命运，而“五德”按照“五行相胜”的顺序运行。
《吕氏春秋·有始览·应同》记载着邹衍“五德终始”说的大旨：
凡帝王者之将兴也，天必先见祥乎下民。黄帝之时，天先见大螾大蝼。黄帝曰：“土气胜。”土气胜，故其色尚黄，其事则土。及禹之时，天先见草木秋冬不杀。禹曰：“木气胜。”木气胜，故其色尚青，其事则木。及汤之时，天先见金刃生于水。汤曰：“金气胜。”金气胜，故其色尚白，其事则金。及文王之时，天先见火赤乌衔丹书集于周社。文王曰：“火气胜。”火气胜，故其色尚赤，其事则火。代火者必将水，天且先见水气胜。水气胜，故其色尚黑，其事则水。水气至而不知数备，将徙于土。
邹衍的“五德终始”说，始于土终于水，其顺序是土、木、金、火、水，其遵循的是“五行相胜”说。邹衍所理解的五行，既有“五气”的意味，也有“五物”的意味。也就是说，这里的“五气”，看起来是指“五物里面的气”。
要指出的是历史学家发现，早在邹衍之前，春秋末期的史墨已有“火胜金”“水胜火”之论。略早于邹衍的孙膑，其《孙膑兵法·地葆》云：“五壤之胜：青胜黄，黄胜黑，黑胜赤，赤胜白，白胜青。”此二说也已有“五行相胜”之意。
邹衍亦以“五行相生”说来说明自然运动或四时时令的变化。根据彭华教授的研究，《周礼·夏官·司爟》内含此说：“司爟掌行火之政令，四时变国火，以救时疾。”他指出，邹衍所云的“四时变火”说实际上涉及了木火土金水之五行相生。
农家典籍里较少提及阴阳，但提及了五行，并将五行与土壤分类联系起来。
《尚书·禹贡》根据土壤颜色等因素，将九州的土壤分为“黄壤”“白壤”“白坟”“黑坟”等九类，又再细分为三等（上、中、下）九级（从“上上”到“下下”）。《管子·地员》的内容则更为丰富，提出了“九州之土”的分类，把土壤分为上、中、下三等十五类，每类都有青、黄、赤、白、黑五种，并与五音、五色等进行对应。此说可以理解为这样一种有科学意味的猜测：土壤的颜色与五行（之气）有关。
在诸子百家的典籍中，对阴阳五行学说有较多的记载，对阴阳交接提出了一些极具画面感的猜测，并在阴阳互相转化、阴阳互相作用等方面提出了自己的看法。与此同时，产生了五行相生相胜的思想。
纵观先秦时代，人们对阴阳五行的认识呈现一种从模糊到具体、从简单到复杂的变化过程。尽管出现了一些具有科学意味的猜测，但是总的来说缺乏定义，难以验证。
需要关注的是，《道德经》中的“冲”可读为“中”。如果将“中气”“和气”理解为第三种独立的气，则《道德经》提出的是“阳中阴”之说，从而可以呼应从《道德经》中挖掘出来的“阳和阴”或“阳和阴五行”之说（详见第四章）。