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在秦汉时期的典籍中，阴阳适用的范围被扩大了，各种各样的自然现象都被认为与阴阳有关。比起先秦典籍中那些简单的叙述，此时期的说法更为复杂。
积阳之热气生火，火气之精者为日；积阴之寒气为水，水气之精者为月……
天之偏气，怒者为风；地之含气，和者为雨。阴阳相薄，感而为雷，激而为霆，乱而为雾。阳气胜则散而为雨露，阴气胜则凝而为霜雪……
阳气为火，阴气为水。水胜，故夏至湿；火胜，故冬至燥。
此处将阴阳与水火挂钩，将气与风挂钩，将阴阳与雷、霆、雾挂钩。还提出了水、雨的来源——“积阴之寒气为水”，“地之含气，和者为雨”。
甲子气燥浊，丙子气燥阳，戊子气湿浊，庚子气燥寒，壬子气清寒。
丙子干甲子，蛰虫早出，故雷早行。戊子干甲子，胎夭卵毈，鸟虫多伤。庚子干甲子，有兵。壬子干甲子，春有霜。
戊子干丙子，霆。庚子干丙子，夷。壬子干丙子，雹。甲子干丙子，地动。
庚子干戊子，五谷有殃。壬子干戊子，夏寒雨霜。甲子干戊子，介虫不为。丙子干戊子，大旱，苽封熯。
壬子干庚子，大刚，鱼不为。甲子干庚子，草木再死再生。丙子干庚子，草木复荣。戊子干庚子，岁或存或亡。
甲子干壬子，冬乃不藏。丙子干壬子，星坠。戊子干壬子，蛰虫冬出其乡。庚子干壬子，冬雷其乡。
此处论述干支组合性质时提及阳、寒，显然与阴阳有关。这里有几处值得注意的地方：
第一，此处首先将干支与气绑定，单独列出了五种干支组合的属性。这里似乎是一种具有规律性的总结说明。也就是说，无论在哪个时间尺度上，这五种干支组合都具有如此属性。
第二，“丙子干甲子”等说法中的“干”即“干涉”（实际上“干”往往还意味着这种干涉是“不利”的），可以理解为现代的“交互作用”之意。换句话说，这里提出了干支组合之间的交互作用，这种说法非常罕见。
第三，“丙子干甲子”中的“甲子”可能是日时间尺度上的干支组合。“甲子”“丙子”“戊子”“庚子”“壬子”分别是一岁中五个甲子的首日。
第四，“丙子干甲子”中的“丙子”可能是岁时间尺度上的干支组合。首先，“丙子”不可能是日，因为其后的“甲子”已经是日了，而对于日来说，每天只对应唯一一种干支组合，因此无法自己与自己交互作用。其次，由于文中内容大致上按五行、五季顺序排列，而子月固定为十一月，故“丙子”只有一个，无法“干”四个“甲子”，因此“丙子”不能发生于月时间尺度上。再次，也不能发生在时时间尺度上，因为根据文中内容来看，这个时间尺度显得过小。所以，此处“丙子”应当是岁时间尺度上的干支组合，其他同理。
结合前述四点，这段文字先是说干支组合之气的一般性质是如何的，然后描述了岁时间尺度上的干支之气与日时间尺度上的干支之气的交互结果或交互作用是怎样的。那么，通过上文可以推导出一个具有科学意味的观点：不同时间尺度上的干支之气存在交互作用。
第五，原文只涉及岁、日时间尺度上不同天干之间的相“干”。而实际上，甲子岁也有甲子日，那么岁、日时间尺度上相同天干之间的相“干”，即“甲子干甲子”，原文却没有提及。这或许是因为古人认为干支组合与自身碰到不算“不利”。
第六，关于“甲子气燥浊，丙子气燥阳”等说法，笔者倾向于认为难以成立（见第十章第一节“雾”的分析）。
是故天不发其阴，则万物不生；天不发其阳，则万物不成。天圆地方，道在中央，日为德，月为刑，月归而万物死，日至而万物生。
因为日为阳精，月为阴精，所以实际上“日德月刑”即“阳德阴刑”。另外一种与“日德月刑”之说类似的说法是“日为德，辰为刑”。
夏日至则阴乘阳，是以万物就而死。冬日至则阳乘阴，是以万物仰而生。昼者阳之分，夜者阴之分。是以阳气胜则日修而夜短，阴气胜则日短而夜修。
这里提出通过昼夜的长短来确定阴阳二气的比例。这是一个很合理的说法，有利于分析判断其他相关说法的合理性，值得高度重视。
帝张四维，运之以斗，月徙一辰，复反其所。正月指寅，十二月指丑，一岁而匝，终而复始。指寅，则万物螾，律受太蔟。太蔟者，蔟而未出也……指丑，丑者，纽也，律受大吕。大吕者，旅旅而去也。其加卯酉，则阴阳分，日夜平矣。故曰规生矩杀，衡长权藏，绳居中央，为四时根。
此处将北斗视为一个动力装置和指示装置。《汉书·律历志》亦有类似的说法：“玉衡杓建，天之纲也；日月初躔，星之纪也。纲纪之交，以原始造设，合乐用焉。”《淮南子》遵循夏历，因此这里的正月指寅。
土地各以其类生，是故山气多男，泽气多女，障气多喑，风气多聋，林气多癃，木气多伛，岸下气多肿，石气多力，险阻气多瘿，暑气多夭，寒气多寿，谷气多痹，丘气多狂，衍气多仁，陵气多贪。轻土多利，重土多迟，清水音小，浊水音大，湍水人轻，迟水人重，中土多圣人。皆象其气，皆应其类。故南方有不死之草，北方有不释之冰，东方有君子之国，西方有形残之尸。
此处提出了很多种类的“气”，并且提出了人们处于不同的气中便有不同的属性之说。此处的科学意味在于将气与人类体质、性格等属性挂钩。
昼生者类父，夜生者似母。至阴生牝，至阳生牡。
此处认为出生时间与人格特征之间存在特定关系：白天出生之人，性格男性化；夜晚出生之人，性格女性化。这种说法是一种带有科学意味的猜测。
正土之气也，御乎埃天，埃天五百岁生缺，……阴阳相薄为雷，激扬为电，……而合于黄海。
偏土之气，御乎清天，清天八百岁生青曾……阴阳相薄为雷，激扬为电，上者就下，流水就通，而合于青海。
牡土之气，御于赤天，赤天七百岁生赤丹……阴阳相薄为雷，激扬为电，上者就下，流水就通，而合于赤海。
弱土之气，御于白天，白天九百岁生白礜……阴阳相薄为雷，激扬为电，上者就下，流水就通，而合于白海。
牝土之气，御于玄天，玄天六百岁生玄砥……阴阳相薄为雷，激扬为电，……而合于玄海。
这里关于五种土气的说法比较奇特，不见于别处。由五行与五色的对应关系，可以知“正土之气、偏土之气、牡土之气、弱土之气、牝土之气”分别对应“中央土五（百）、东方木八（百）、南方火七（百）、西方金九（百）、北方水六（百）”。这里面的数字搭配法则不太清楚，只能看出：木八与火七之和为十五，金九与水六之和为十五，二者相等。由于五种土气后面统一搭配了“千岁”（上面引文中未显示），而前面数字却各有差异，显示出其逻辑不太一致。另外，“正土”搭配“中央”是合理的；“牡土”即“阳土”，搭配“南方”也算合理；“牝土”即“阴土”，搭配“北方”也算合理。至于其他二气的搭配，理由尚未可知。
六合：孟春与孟秋为合，仲春与仲秋为合，季春与季秋为合，孟夏与孟冬为合，仲夏与仲冬为合，季夏与季冬为合。孟春始赢，孟秋始缩；仲春始出，仲秋始内；季春大出，季秋大内；孟夏始缓，孟冬始急；仲夏至修，仲冬至短；季夏德毕，季冬刑毕。故正月失政，七月凉风不至；……春行夏令，泄；行秋令，水；行冬令，肃。夏行春令，风；行秋令，芜；行冬令，格。秋行夏令，华；行春令，荣；行冬令，耗。冬行春令，泄；行夏令，旱；行秋令，雾。
上文有三点值得注意：
第一，提出了“孟春与孟秋为合”等六合之说。上文还有具体的说明，能看出二者性质相反，如“孟春始赢，孟秋始缩”等。
第二，关于“正月失政，七月凉风不至”等的含义。“正月失政，七月凉风不至”一般理解为人世间“正月”行政之令与“七月”气象之间的对应关系。不过，这种说法恐怕难以成立。这是因为，一国之内的“政”是完全相同或大致相同的，而一国之气象却是多种多样的，所以二者之间很难如此准确对应。其他月份同理。
第三，关于“春行夏令”等的理解。有人认为此处的“令”是人世间的行政之令。也有人认为，此处的“令”是将气象之主宰拟人化，从而认为气象变化受其号令。按照后面这种理解，“春行夏令”就是指春时出现了夏时之气，并受其主宰。
人大怒破阴，大喜坠阳，薄气发喑，惊怖为狂。
人大怒破阴，大喜坠阳，大忧内崩，大怖生狂。
此处将阴阳与情绪等状态挂钩。
通体于天地，同精于阴阳，一和于四时，明照于日月，与造化者相雌雄。是以天覆以德，地载以乐，四时不失其叙，风雨不降其虐，日月淑清而扬光，五星循轨而不失其行。
“通体于天地，同精于阴阳”的含义是（人）不仅与天地相通，而且与天地一样，都是来自阴阳之精，从而将天地与阴阳建立了关系。
夫目妄视则淫，耳妄听则惑，口妄言则乱。夫三关者，不可不慎守也。若欲规之，乃是离之；若欲饰之，乃是贼之。天气为魂，地气为魄，反之玄房，各处其宅，守而勿失，上通太一。
此处涉及魂魄与阴阳二气之间的关系。“天气为魂，地气为魄”似乎是说，“魂”为“阳炁”，“魄”为“阴炁”。
阳气起于东北，尽于西南；阴气起于西南，尽于东北。阴阳之始，皆调适相似，日长其类，以侵相远，或热焦沙，或寒凝水，故圣人谨慎其所积。
此处涉及阴阳与方位之间的关系，但其阴阳终始点不妥（详细说明见第四章第一节）。
寒暑与和，三而成物；日月与星，三而成光；天地与人，三而成德。
“寒暑与和”指的是“寒气”“暑气”“和气”三物。
天两有阴阳之施，身亦两有贪仁之性。天有阴阳禁，身有情欲，与天道一也。是以阴之行不得干春夏，而月之魄常厌于日光。
此处将阳、阴搭配仁、贪。
故阳气出于东北，入于西北，发于孟春，毕于孟冬，而物莫不应是。阳始出，物亦始出；阳方盛，物亦方盛；阳初衰，物亦初衰。物随阳而出入，数随阳而终始，三王之正随阳而更起。以此见之，贵阳而贱阴也。故数日者，据昼而不据夜；数岁者，据阳而不据阴。
此处阳气的出入方位同样不妥。另外，还提出了“贵阳而贱阴”之说，即“贵阳”论。
阳气起于北方，至南方而盛，盛极而合乎阴。阴气起乎中夏，至中冬而盛，盛极而合乎阳。……天气先盛牡而后施精，故其精固；地气盛牝而后化，故其化良。是故阴阳之会，冬合北方而物动于下，夏合南方而物动于上。上下之大动，皆在日至之后。为寒则凝冰袭地，为热则焦沙烂石。气之精至于是，故天地之化，春气生而百物皆出，夏气养而百物皆长，秋气杀而百物皆死，冬气收而百物皆藏。
此处“阳气起于北方”宜改为“阳气起于正北”。夏至、冬至“阴阳之会”之说如果理解为“阳自冬至到夏至才有，阴自夏至到冬至才有，因此二者在夏至、冬至相会”则不妥，四时之中阴阳皆有之说更为妥当。
《五行》篇云：
五行者，何谓也？谓金、木、水、火、土也。言行者，欲言为天行气之义也。地之承天，犹妻之事夫，臣之事君也，谓其位卑。卑者亲视事，故自周于一行，尊于天也。《尚书》：“一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。”水位在北方，北方者，阴气在黄泉之下，任养万物；水之为言准也，养物平均，有准则也。木在东方。东方者，阴阳气始动，万物始生。木之为言触也，阳气动跃，触地而出也。火在南方，南方者，阳在上，万物垂枝。火之为言委随也，言万物布施；火之为言化也，阳气用事，万物变化也。金在西方，西方者，阴始起，万物禁止。金之为言禁也。土在中央者，土主吐含万物。土之为言吐也。何以知东方生？《乐记》曰：“春生，夏长，秋收，冬藏。”土所以不名时者，地土之别名也，比于五行最尊，故不自居职也。《元命苞》曰：“土无位而道在，故大一不与化，人主不任部职。”
此处解释了五行的含义，试图将“五物”与“五气”建立有效的联系。不过，这种联系有些牵强，尤其是阴气与金之间的关系，乃是通过所谓的“禁”来建立的。其他还有几个需要注意的地方：
第一，阴阳气的终始方位有问题。
第二，“言行者，欲言为天行气之义也”，是给五行的“行”作了解释。这种说法有重要的参考意义。考虑到战国《行气铭》，“五行”之“行”的原义，有可能是“气”之“行”，即“气”的流动、行动。也就是说，“五行”的原义可能是“气的五种行动方式、流动方式”。
第三，“阴阳气始动”中的“阴”字极有可能由后人窜入。
第四，提及“水—阴气”“木—阳气”“火—阳气”“金—阴气”之搭配，但未提及土与何种气进行搭配。
水味所以咸何？是其性也。所以北方咸者，万物咸与，所以坚之也，犹五味得咸乃坚也。木味所以酸何？东方，万物之生也，酸者以达生也，犹五味得酸乃达也。火味所以苦何？南方主长养，苦者所以长养也，犹五味须苦可以养也。金味所以辛何？西方煞伤成物，辛所以煞伤之也，犹五味得辛乃委煞也。土味所以甘何？中央者，中和也，故甘，犹五味以甘为主也。
这里提及五行与五味的搭配：北方—水—咸，东方—木—酸，南方—火—苦，西方—金—辛，中央—土—甘。
少阳见寅。寅者，演也……卯者，茂也……辰，震也……其日甲乙者，万物孚甲也；乙者，物蕃屈有节欲出。时为春，春之为言蠢蠢动也。位在东方。其色青。其音角。角者，气动耀也……
阴中阳，故太阳见于巳。巳者，物必起……午，物满长……未，味也……其日丙丁者，其物炳明丁者，强也。时为夏，夏之言大也。位在南方。其色赤。其音徵。徵，止也，阳度极也……
故少阴见于申。申者，身也……酉者，老物收敛……戌者，灭也……其日庚辛。庚者，物更也；辛者，阴始成。时为秋，秋之为言愁亡也。其位西方。其色白。其音商。商者，强也……
故太阴见于亥。亥者，仰也……子者，孳也……丑者，纽也……其日壬癸。壬者，阴始任。癸者，揆度也。时为冬，冬之为言终也。其位在北方。其音羽，羽之为言舒，言万物始孳……
土为中宫。其日戊己。戊者，茂也；己，抑屈起。其音宫，宫者，中也。其帝黄帝。其神后土。
这里有几个需要注意的观点：
第一，提出了五行与阴阳（少阳、太阳、少阴、太阴）、五方、地支的对应关系：木对应少阳、东方、寅卯辰；火对应太阳、南方、巳午未；金对应少阴、西方、申酉戌；水对应太阴、北方、亥子丑；土对应天干之戊己，没有对应的地支。可以认为，木、火、金、水与少阳、太阳、少阴、太阴的对应是合理的。
第二，五行与天干的对应不妥。上文认为木对应甲乙，火对应丙丁，金对应庚辛，水对应壬癸，土对应戊己。从逻辑统一角度来说，首先，天干内部需要统一。甲乙、丙丁、庚辛、壬癸都在四方，戊己也必须在四方。其次，天干与地支需要逻辑统一。地支全部对应四方，自然要求天干也全部对应四方。综合上述两点，便可发现原文中存在一个矛盾：所谓的“土为中宫”的“中宫”，实际上是要求土位于四方之中央；而五行之土要想与其他四行呼应，则必然要求戊己在四方而不在中央。最后，土对应天干之戊己，却又不对应任何地支，也反映了此处逻辑不统一。
四时为时，五行为节，故木王即谓之春，金王即谓之秋，土尊不任职，君不居部，故时有四也。
此处提出木、火、金、水各“王”（主宰）四季中的一季，各自与东、南、西、北搭配，而土不与四时搭配，也就是说其不与四方搭配，即与中央搭配。
《诛伐》篇云：
冬至，所以休兵不举事。闭开啇旅不行何，此日阳气微弱。王者承天理物，故率天下静，不复行役，扶助微气成万物也。故《孝经谶》曰：“夏至阴气始动。冬至阳气始萌。”《易》曰：“先王以至日闭开，啇旅不行。”夏至阴始起。反大热何。阴气始起，阳气推而上。故大热也。冬至阳始起，阴气推而上。故大寒也。
这里试图用阴阳二气的变动来解释为何夏至大热、冬至大寒。这里认为，夏至之所以大热，是因为“阳气推而上”，而“阴气始起”。“推而上”的意思并不太清楚，大概是指“阳气推开了某种压制，从地下爬升而上”，或“阳气有力地增加”。冬至同理。这种说法注意到了一岁之中最重要的两至之时同时有阴阳二气，用二气之间的空间位置关系来解释气温变化。尽管较为笼统，但也算是一种有特色的说法。
《灾变》篇云：
霜之为言亡也，阳以散云。雹之为言合也，阴气专精，积合为雹。
日食者必杀之何？阴侵阳也。鼓用牲于社。社者众阴之主，以朱丝萦之，鸣鼓攻之，以阳责阴也。……日食、大水则鼓于用牲于社，大旱则云祭未雨，非苟虚也，助阳责下，求阴道也。月食救之者，阴失明也，故角尾交日。月食救之者，谓夫人击镜，传人击杖，庶人之妻楔搔。
这里用阴阳来解释“霜”“云”“雹”。
“阳以散云”大概是基于以下逻辑：从有云转为无云时往往是天气逐渐转晴，而晴天自然有太阳出来，而太阳与阳有关。所以很容易联想到，云散是因为阳之出现与增多。
“阴气专精，积合为雹”，大概是因为古人认为阴气寒，而雹亦寒，所以推理出雹是阴气积累的结果。当然，现代科学认为雹（即冰雹）在形成的过程中，需要快速冰冻，温度急剧下降，并不是什么阴气。
至于日食之“阴侵阳”大概是古人利用阴阳思维对日食进行解释。古人认为日为阳，月为阴。当古人看见月亮移动而逐渐挡住太阳最终造成日食时，则自然联想到“阴侵阳”。月食比较不一样，当月亮逐渐失明而直至月食时，人们并不能看见是什么原因导致的，因此只能说“阴失明”。
《八风》篇云：
风者何谓也？风之为言萌也，养物成功，所以象八卦。
阳立于五，极于九，五九四十五日变，变以为风，阴合阳以生风也。距冬至四十五日条风至。条者，王也。……景大也，阳气长养。四十五日凉风至，凉寒也，行阴气也。四十五日昌盍风至，戒收藏也。四十五日不周风至，不周者，不交也，阴阳未合化也。四十五日广莫风至，广莫者，大也，开阳气也。
故曰：条风至地暖，明庶风至万物产，清明风至物形干，景风至棘造实，凉风至黍禾干，昌阖风至生荠麦，不周风至蛰虫匿，广莫风至万物伏。是以王者承顺之，条风至则出轻刑、解稽留，明庶风至则修封疆、埋田畴，清明风至出币帛、使诸侯，景风至则爵有德、封有功，凉风至报地德，祀四乡，昌盍风至则申象刑、饰囷仓，不周风至则筑宫室、修城郭，广莫风至则断大辟、行狱刑。
此处根据八卦提出八风，其理由是“风之为言萌也，养物成功”，所以“象八卦”，即风养物，取象于八卦。这里提出风形成的原因：一种情况是阳（气）独自可以成风（“阳立于五，极于九，五九四十五日变，变以为风”），另一种情况需要阴阳相合（“阴合阳以生风”）。根据以上两点，还可以推理出：阴气独自也可以成风。这个推论可供参考。
《文质》篇云：
璜所以征召何？璜者，半璧，位在北方，北阴极而阳始起……璋以发兵何？璋半圭，位在南方，南方阳极而阴始起……
这里提及“北阴极而阳始起”“南方阳极而阴始起”。
《情性》篇云：
故《钩命决》曰：“……阳气者仁，阴气者贪……”
此处认为阳气仁善而阴气贪恶。
《嫁娶》篇云：
男三十而娶，女二十而嫁。阳数奇，阴数偶。男长女幼者，阳舒，阴促。
此处“阳舒，阴促”提及阳、阴的不同属性，阳对应舒缓，阴对应急促，可能对人格心理学研究有一定参考价值。
东汉王充著《论衡》，该书细说微论，解释世俗之疑，辨照是非之理。“衡”字本义是天平，“论衡”就是评定当时言论价值的天平，目的是“冀悟迷惑之心，使知虚实之分”。
《说日》篇引用儒者之言云：
冬日短，夏日长，亦复以阴阳。夏时，阳气多，阴气少，阳气光明，与日同耀，故日出辄无鄣蔽。冬，阴气晦冥，掩日之光，日虽出，犹隐不见，故冬日日短，阴多阳少，与夏相反。
此处“夏时，阳气多，阴气少”“冬日日短，阴多阳少，与夏相反”指出了夏时阳气多阴气少，冬时阴气多阳气少，也就是说，四时皆有阴阳，且冬夏阴阳比例相反。这种说法是合理的。
《订鬼》篇云：
日食阴胜，故攻阴之类。天旱阳胜，故愁阳之党。
此处将阴胜、阳胜视为日食、旱灾的原因。
阴阳渗透在人们生活的方方面面，其适用范围被扩展了，其内容变得更为复杂。阴阳与五行出现了较为牵强的联系，阴阳与干支组合也出现了联系。
尽管阴阳学说的应用场景被扩展了，但是先秦时期已经存在的那些问题并没有解决，反而出现了更多的混乱。