《手稿》思想体系中蕴含着从“社会存在”理论出发的两条紧密相连的思考线索:一条是依循“物质生产”问题而展开的,通过这条线索,《手稿》揭示了生产的本质以及生产、消费、分配、流通四个环节辩证统一关系;一条是依循“生产”问题而延伸的,通过这条线索,《手稿》揭示出商品转化为货币,货币转化为资本,资本转化为剩余价值的复杂而隐秘的过程。另外,《手稿》延续了《1844年经济学哲学手稿》中反思资本主义生产的异化视角,用“活劳动”的概念揭示工人异化程度之深。从方法论层面来看,《手稿》蕴含着政治经济学研究关涉的两条道路。一条是从抽象上升到具体的方法,即“抽象的规定在思维行程中导致具体的再现”的规定。一条是“普照的光”的方法,即通过考察一个社会中占据支配地位的生产方式进而把握这个社会的本质特征。