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《马克思恩格斯文集》第一卷第一版的序言中说：
《手稿》是马克思对涉及哲学、政治经济学和共产主义理论的各种历史文献和思想观点进行系统研究和批判的最初成果
，这是中国马克思主义研究者对《手稿》主要内容的基本界定。在《手稿》中，马克思围绕异化劳动、私有制给工人阶级带来的桎梏以及只有共产主义才能解放工人阶级和整个人类社会的基本思想，提出了一系列新的哲学观点、政治经济学观点和共产主义观点。之后，马克思进一步依据这些观点形成了系统的哲学、政治经济学和共产主义理论。
马克思的《手稿》是在吸取、批判多种学派和多种思想基础上形成的。马克思对政治经济学进行了认证性的批判研究；同时，除了英、法社会主义者的著作外，也
“利用了德国社会主义者的著作”
；最后他还特别提出，他计划写作的《手稿》最后一章“对黑格尔的辩证法和整个哲学的剖析”是极为重要和
“完全必要的”
。因此，马克思对黑格尔哲学、政治经济学和德国社会主义的剖析和批判等内容较充分地构成了《手稿》的思想底色。
马克思在研究政治经济学之时，哲学立场已经发生了转变。他认为，对政治经济学的批判，
“全靠费尔巴哈的发现给它打下真正的基础”
。从费尔巴哈开始的实证的人道主义的批判否定了神学，使人成为最高的对象。当然，随着马克思思想的发展，他在《关于费尔巴哈的提纲》中又扬弃了费尔巴哈的唯物主义。
如果说在写作《手稿》之前，马克思还深受青年黑格尔派的影响的话，那么此时，马克思已经开始批判青年黑格尔派，准备与青年黑格尔派“决裂”了。马克思认为，青年黑格尔派作为“批判的神学家”仍然无法摆脱黑格尔的影响，他们对现实的批判还仅仅是停留于词句的理论的批判，他犀利地讽刺道：
“青年黑格尔派只要同意识的这些幻想进行斗争就行了。”
正是出于对青年黑格尔派的不满以及批判黑格尔辩证法的必要性，马克思决定进一步深入研究和批判黑格尔的辩证法和整个哲学。然而，马克思显然未能如愿完成他的这一计划。这一时期，他主要只对黑格尔的法哲学和国家哲学进行了批判，在他之后的研究和著作之中，特别是在研究政治经济学的方法中，仍然显现出黑格尔对他的影响，甚至在《资本论》中他公开承认
“我是这位大思想家的学生”
。可以这样理解，马克思在《手稿》中专门安排一个章节，且特别放在最后一章来研究、剖析“黑格尔的辩证法和整个哲学”，一方面，是因为对黑格尔辩证法进行批判，需要在研究方法和内容上发现黑格尔辩证法的本质、提炼出黑格尔辩证法的合理内核，以“超越”黑格尔；另一方面，马克思本身也有完成《手稿》后继续批判黑格尔哲学的写作计划，但中途马克思的思想又发生了转变，这个计划最终未能实现。
在担任《莱茵报》编辑时期，马克思初步认识到在市民社会中，物质利益比代表理性的法更具有决定性的意义。1843年，马克思开始研究政治经济学，他阅读了大量古典政治经济学家的著作，如亚当·斯密、大卫·李嘉图和约翰·穆勒等，并在《手稿》中对他们的思想进行了分析。
《手稿》的结构简单来说就是序言、笔记本I、笔记本II、笔记本III。
在笔记本I中，马克思重点关注了工资、资本、利润、地租几个政治经济学的基本概念，并分别从工人和资本家两个角度解读了工资、资本、利润、地租的本质。他提出，在政治经济学家那里，劳动仅仅是一个谋生活动，如果从古典政治经济学的各个前提（如工资等）出发，剥离那些掩盖在财产的物质运动的本质上的“神秘”术语，那么就可以发现——
“工人降低为商品，而且降低为最贱的商品；工人的贫困同他的生产的影响和规模成反比；竞争的必然结果是资本在少数人手中积累起来，也就是垄断的更惊人的恢复；最后，资本家和地租所得者之间、农民和工人之间的区别消失了，而整个社会必然分化为两个阶级，即有产者阶级和没有财产的工人阶级。”
政治经济学家的进步之处在于他们发现了生产、分配、交换和消费的规律，但并未深入说明这些运动之间的本质联系。马克思从国民经济的事实出发，提出工人的劳动最终将生产出与自己对立的东西，政治经济学则掩盖了这种“异化劳动”。对异化劳动和私有财产的研究，马克思比较明显地以费尔巴哈式的人本主义逻辑进行思考，他认为：
“共产主义是私有财产的即人的自我异化的积极的扬弃……这种共产主义，作为完成了的自然主义，等于人道主义，而作为完成了的人道主义，等于自然主义。”
可以看出，至少在《手稿》这一文本中，“类存在物”“人”等词具有同样的含义，都是在当时的“市民社会”即“私有财产”的运动中异化了的本质，这种逻辑显然是深受费尔巴哈影响的。
马克思曾在《手稿》序言中明确说明，《手稿》的写作利用了德国社会主义者威·魏特林、莫·赫斯等人的著作，他列举了魏特林为正义者同盟撰写的纲领性著作《现实的人类和理想的人类》和《和谐与自由的保证》以及赫斯的三篇匿名文章《社会主义和共产主义》《行动的哲学》和《唯一和完全的自由》。尤其是赫斯的观点，与马克思的观点极为相似，其带有宗教色彩的拯救社会的学说对马克思的人类解放观点影响较大。同时，恩格斯的思想，如《政治经济学批判大纲》《国民经济学批判大纲》也极大地影响了马克思的研究。恩格斯用实证的方法分析了资产阶级政治经济学的起源和发展，并提出私有制是资本主义社会一切恶的源头，必须消灭私有制、彻底改革社会制度才能消除资本主义社会的恶。恩格斯实证的研究方法推动了马克思从哲学思辨的研究转向对政治经济学的实证研究。
《手稿》较为充分地吸收了这些研究者的思想，同时马克思也对德国社会主义者的思想进行了批判。除此之外，当时的马克思已经能够熟练使用法文，他阅读了维克托·孔西得朗、皮埃尔-约瑟夫·蒲鲁东和夏尔·傅立叶等法国学者的文献，还通过阅读英国社会主义者罗伯特·欧文等的德译或法译本著作，了解了英、法社会主义者的相关观点。只是在写作《手稿》时期，他对这些观点、著作还不是特别熟悉，因此没有充分利用，但在《共产党宣言》中，马克思对以往的社会主义思想进行了系统的批判和总结。