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韦尔夫家族早先试图获得整个希尔德斯海姆主教辖区，但已经遭到挫败，他们在1523年获得了希尔德斯海姆24个区中的21个区，使得主教只拥有城镇周围的其余三个区。希尔德斯海姆镇于1542年皈依路德宗，并接受了韦尔夫人的保护。剩余的天主教法政牧师面临彻底被清除的危险，他们于1573年选举了巴伐利亚的恩斯特为主教。 [11] 新主教是巴伐利亚的阿尔布雷希特五世公爵的第七个儿子。与新教徒不同，天主教统治者仍然可以选择将儿子送入帝国教会，以抵消采取长子继承权带来的问题。恩斯特本人显然不是枢机主教博罗默那样的后特伦托式主教，但由于巴伐利亚致力于天主教复兴，给教宗留下了深刻印象，教宗认为其统治王朝比接受《奥格斯堡和约》的奥地利哈布斯堡王朝更好。教宗和西班牙都支持恩斯特，以确保德意志主教辖区不落入新教教区长官之手。希尔德斯海姆是恩斯特得到的第二个主教教区；1566年，他12岁时就已经成为弗赖辛的主教。随后1581年，他又被选为列日主教，但他的主要目标是科隆，在那里，一场有争议的选举导致了自施马尔卡尔登战争以来帝国的第一次重大宗派暴力。
天主教徒因为彼此竞争，推迟了弗兰肯的改革，同样的竞争关系也使新教可以渗透到科隆选侯区。恩斯特1577年试图在科隆参选，但遭到约翰·冯·曼德沙伊德（Johann von Manderscheid）的反对，后者已经是斯特拉斯堡的主教，最终让格布哈特·特鲁克泽斯·冯·瓦尔德堡（Gebhard Truchsess von Waldburg）以微弱优势获胜。西班牙对此并不太担心，因为特鲁克泽斯看起来是一个与耶稣会有密切联系的好天主教徒，而恩斯特甚至没有被按立。然而，新大主教爱上了一位修女艾格尼丝·冯·曼斯菲尔德（Agnes von Mansfeld），并于1582年2月与她结婚，导致当地人口分裂成两派。文艺复兴时期的天主教容忍豢养情妇，但这超出了它所能忍受的范围。争论使特鲁克泽斯变得激进，他召集了一支军队，夺取了位于波恩的首府，然后于12月19日宣布皈依加尔文宗。他宣称自己不会将领地传给他的继承人，显然期待皇帝接受他为另一个新教教区长官，但是科隆作为一个选侯国非常重要，同时，他皈依的是加尔文宗而不是路德宗，这导致问题进一步激化。德意志人现在不得不面对《奥格斯堡和约》的模棱两可之处，但科隆争端并不是朝着不可避免的战争迈出的一步，而是揭示了问题的复杂性，以及这种复杂性又是如何防止两极分化形成两个明确的对立派系的。
教宗于1583年4月1日罢免了特鲁克泽斯，这立即让剩余的天主教选帝侯感到震惊，他们和其新教同事一起怀疑，是否有人有权罢免帝国的最高诸侯之一。 [12] 与此同时，特鲁克泽斯对加尔文宗的选择疏远了路德宗信徒，他们担心这会使皇帝对新教教区长官的默许站不住脚，而这种担心是有道理的。他们拒绝像普法尔茨那样用教派分歧来解释当下局势，尽管特鲁克泽斯的皈依让新教在选帝侯团中占到多数。普法尔茨选帝侯召集了一支7000人的军队，派出了1000人来支援波恩的特鲁克泽斯，而信奉加尔文宗的韦特劳诸伯爵和尼德兰人也表示支持。然而，萨克森和勃兰登堡的反对阻止了黑森—卡塞尔等其他地区加入进来，甚至大多数普法尔茨军官也拒绝进入科隆领地，因为帝国下令解散军队。
巴伐利亚抓住了机会，不仅要求将特鲁克泽斯撤职，而且要求用恩斯特替换他。西班牙意识到了自己的错误，现在担心靠近科隆的西班牙之路的安全。它派遣了3000名步兵（其中有年轻的蒂利，他当时是一名掌旗官），而大教堂圣职团则召集起来选举新大主教。在天主教徒中，这种热情远非普遍。大多数主教和修道院长对恩斯特关于向他的战争基金捐款的呼吁反应迟缓，而皇帝鲁道夫反对西班牙的干预，也不愿意在巴伐利亚公然的巩固王朝统治的做法面前让步。然而，哈布斯堡候选人完全没有机会
，不情愿的皇帝最终认可了1583年5月23日当选的恩斯特。恩斯特征集了军队，于12月发动进攻，在当地天主教贵族的帮助下，在下个月占领了波恩，迫使特鲁克泽斯逃往尼德兰。1583年11月选帝侯路德维希去世，普法尔茨在这个关键时刻陷入了瘫痪，政府留给了他7岁的儿子。其他选帝侯采取了一致行动，在1585年1月承认了恩斯特，1585年5月，恩斯特在西班牙和教宗的支持下被选为明斯特主教，获得了他的第五个主教辖区。
纽伦堡和蒂罗尔于1584年从两派共同参与的兰茨贝格联盟退出，以示抗议。尽管直到1598年，兰茨贝格联盟仍正式存在，但实际上已经崩溃，这表明帝国温和的中间立场正在受到侵蚀。然而，它的消亡与其说是教派两极分化的结果，不如说是源于对鲁道夫处理这件事的方式的幻灭。事情最终通过武力解决，这让人们对帝国机构解决复杂问题的能力产生了怀疑。西班牙的干预扩大了外国势力对帝国政治的参与。西班牙还在选侯国中留下了军队，因为特鲁克泽斯的支持者和尼德兰援助人员仍在几个城镇中坚持抵抗。恩斯特获得了明斯特主教辖区，加深了西班牙的参与，因为他现在控制了尼德兰共和国以东附近横跨莱茵河下游的大片领土。尼德兰人认为恩斯特是西班牙的盟友，并把他的土地视为敌人的领土。西班牙感到有义务保护他，而多年没有得到适当报酬的西班牙士兵看到了在富裕的教会土地上夺取供给的机会。战斗一直限于小规模的越境袭击，直到1587年12月，600名新教徒占领了只有140名西班牙人驻守的波恩。经过6个月的围困，帕尔马公爵派遣了一支庞大的部队于次年9月夺回了这座城市。1590年2月，他向北移动，占领了莱茵贝格，这是一块属于科隆的飞地，提供了穿越莱茵河的通道，并为随后西班牙从东方包围尼德兰共和国的战役提供了便利。帝国的领土完整受到了损害，但只是在其西北角。损失是有限的，因为西班牙和尼德兰都不想卷入德意志政治。西班牙甚至屈服于新教的抗议，没有将波恩变成一个大型设防基地。 [13]
科隆发生争端之后，斯特拉斯堡主教辖区也出现了类似的问题，给鲁道夫的声望造成了更大的损害。斯特拉斯堡主教辖区位于莱茵河上游，环绕着新教城市斯特拉斯堡，包含了莱茵河上最靠北的永久桥梁。像科隆一样，它因靠近西班牙之路吸引了国际关注，但是，就像帝国政治中经常发生的那样，真正的争端开始于个人仇恨，而远非大国的关切。
特鲁克泽斯是斯特拉斯堡大教堂圣职团的执事，在科隆支持他的3名法政牧师也是其圣职团成员，其他成员是11名新教徒和7名天主教徒。1592年曼德沙伊德主教去世后，事情发展到了顶点。新教多数派担心洛林的查理公爵的存在，他被天主教少数派接受为法政牧师，因此有权竞选主教。查理是枢机主教和梅斯主教，已经是一个有着广泛人脉、有权势的人物（他因为婚姻与凯瑟琳·德·美第奇以及巴伐利亚公爵威廉五世都有亲属关系）。新教徒担心自己会成为西班牙—洛林—巴伐利亚阴谋的受害者，像科隆的同事一样被从职位上赶走。他们聚集了一些支持者，袭击了斯特拉斯堡市内的主教机构。他们安全地躲在城市防御工事后面，选举了当地新教学院一名15岁的学生约翰·格奥尔格（Johann Georg）为新主教。约翰·格奥尔格是现任勃兰登堡选帝侯的孙子，这一选择旨在争取帝国内部路德宗的支持。他们还指望得到符腾堡的帮助，符腾堡在阿尔萨斯拥有小块飞地，而且在法国天主教联盟1587—1588年蹂躏了蒙贝利亚后，强烈反对洛林。王朝利益隐藏在新教团结的薄薄的表皮下面。符腾堡公爵弗里德里希一世利用了年轻主教岌岌可危的处境，借了他33万弗洛林的贷款，要求得到主教辖区的控制权。符腾堡公爵还要求得到上基希尔地区，这样就能在公爵领和阿尔萨斯飞地之间建立一个通道，而弗里德里希一世6岁的儿子被封为法政牧师，并被任命为约翰·格奥尔格的继任者。 [14] 与此同时，天主教法政牧师逃往强大的主教城镇萨韦尔讷，正式选举洛林的查理为对立主教。
接下来的争论并不是新教徒和天主教徒之间的直接较量，而是洛林、约翰·格奥尔格和符腾堡之间的三方斗争，而局外人则寻求和平解决方案。安哈尔特的克里斯蒂安（Chrsitian of Anhalt）控制了约翰·格奥尔格在当地招募的少数军队，并设法阻止洛林在1592年占领整个主教辖区。由于鲁道夫无力调解，法国的亨利四世在第二年促成了一次临时分治方案，把萨韦尔讷和其他6个区交给洛林，包括上基希尔在内的剩下6个区留给约翰·格奥尔格。随后，符腾堡利用其财政实力，通过进一步谈判修改了这一协议，导致1604年达成了另外两项协议。约翰·格奥尔格将所有领地交给符腾堡，以换取一份年金和偿还债务。符腾堡再把主教辖区移交给洛林，而洛林允许符腾堡保留上基希尔30年。
这场所谓的“主教之战”看起来比科隆争端更为温和。所有各方仍然愿意谈判，让物质利益和王朝利益决定最终结果。尽管如此，公共和平再次遭到破坏，鲁道夫在帝国中的地位进一步受损。更糟糕的是，在1598—1599年“西班牙冬天”之后，天主教在斯特拉斯堡的胜利让人们担心，有一个协调一致反对德意志新教徒的反宗教改革运动。
1583年后西班牙对莱茵河地区的干预表明，法国内战和尼德兰的战争正在蔓延到德意志地区。丹麦和英国非常警觉地看待这些事件。丹麦和英国领导人害怕西班牙人或耶稣会士在自己国家活动，自然也倾向于认为天主教阴谋也延伸到德意志地区。1585年，英国与尼德兰叛军结盟，并向法国胡格诺派提供资金和志愿者。丹麦通过普法尔茨为胡格诺派输送资金，两国都希望与德意志诸侯建立更紧密的联系，这些诸侯在新教徒的考量中的重要性远远超过了他们对任何联盟可能做出的实际贡献。 [15] 激进派的一个核心观点是教宗打算首先攻击作为宗教改革发源地的德意志。德意志诸侯在这一点上也享有比1648年后更高的国际地位。尽管他们的地位明显不如那些主权君主，但仍然是国际政治的一部分，而且也经常出行到外国。他们的领土位于欧洲的中心，可以通往斯堪的纳维亚半岛、尼德兰和法国，这使得其领土成为对抗天主教威胁的理想基地，而德意志志愿者和雇佣军在所有新教军队中的存在也维持了他们的军事声誉。
事实上，这样一个国际新教联盟的前景只是一种幻想。丹麦教会和英国教会有着不同的国家轨迹，两国君主有着不同的政治野心，这些都阻碍了这两个潜在的外国支持者之间达成任何坚定的协议。一方变得更加激进的同时，另一方的热情往往在减弱，使得它们无法达成利益的同步。尽管科隆和斯特拉斯堡争端的紧迫性显而易见，但围绕保守派路德宗《协和书》的争议成了一个新的绊脚石，在1582年之后，这个绊脚石成了更大的麻烦。德意志新教徒之间想要结成任何联盟，都依赖外部的赞助，但是英国和丹麦都不会资助任何一个团体，除非这个团体同时包括萨克森和普法尔茨。然而，由于普法尔茨对萨克森未能在争端中支持科隆表示不满，两位最主要的德意志新教诸侯之间的裂痕越来越大。随着普法尔茨政府从普法尔茨—劳滕幼系分支转移到约翰·卡齐米尔手中，事情变得更加糟糕。约翰·卡齐米尔在1583年至1592年间担任摄政，他周围都是西方宗教战争中的流亡者和退伍军人，而不是此前统治普法尔茨的人。他从好斗分子的角度来看世界，没有什么耐心去考虑帝国传统上建立在共识上的政治运作，并大力扭转上一任选帝侯重新引入路德宗的做法，甚至在1592年引发了上普法尔茨的叛乱。这种极端主义的倾向使普法尔茨进一步疏远了帝国中的潜在盟友，同时也因个人的挫败而更加强烈。1583年，萨克森选帝侯的侄女和女儿与加尔文宗的奥兰治的威廉和约翰·卡齐米尔的婚姻都失败了。
由于无法在选帝侯团中与萨克森合作，普法尔茨恢复了在帝国的正式宪法框架之外建立一个单独的福音政治体（ corpus evangelicorum ）的政策。在推进教派目的方面，新教徒现在有了明确选择。他们可以选择追随萨克森，通过帝国机构来维护现状，或者加入普法尔茨完全建立在共同信仰上的新团体，该团体在帝国议会和行政圈议会之外单独举行大会。在16世纪80年代之后，越来越明显的是，大多数诸侯更喜欢萨克森模式，而不是对抗性的普法尔茨模式。萨克森在1587年与黑森—卡塞尔重新建立了旧的联盟，从而将前施马尔卡尔登联盟的另一个领袖纳入其阵营。符腾堡、波美拉尼亚、梅克伦堡和韦廷王朝恩斯特分支都支持萨克森，萨克森于1614年将其联盟扩大到包括勃兰登堡。
现在很多事情都取决于萨克森选帝侯的态度，随着1586年克里斯蒂安一世的继位，有迹象表明，萨克森可能与普法尔茨和解。新选帝侯拒绝了他父亲的菲利普派路德宗的正统思想，但也从未公开宣布皈依加尔文宗，他的最终意图仍不清楚。在继位之前，他已经嗜酒和赌博成瘾，也无力控制自己宫廷上的个人竞争行为，这使得其他人可以发挥更大的影响力。他的书记官尼古劳斯·克雷尔（Nikolaus Krell）也支持菲利普派，并推出一本新的《圣经》，以对抗1589年以来日益高涨的民众反对情绪。选侯国内部的重新定位和帝国政治方向的改变同时发生，萨克森在1590年2月与普法尔茨谈判，于第二年1月形成了托尔高联盟（Union of Torgau）。这一举动被解释为激进的一步，预示着强大的、统一的新教阵线的出现。 [16] 克里斯蒂安比他的父亲更愿意与普法尔茨合作，但托尔高协议并不代表他转向了普法尔茨式的激进主义，而是他为了引导新伙伴走上更温和道路的步骤。尽管联盟向法国派遣了一支远征军，但由于现在亨利四世已经成为国王，这一步也不显得那么激进。此外，他们在帝国的合作仅限于向鲁道夫联合发出抗议，寻求通过宪法手段安抚新教徒的不满。在其他新教统治者中，只有黑森—卡塞尔支持联盟，而联盟本身也在克里斯蒂安于1591年9月去世后瓦解。
克里斯蒂安的意外死亡立即引发谣言，说他是被萨克森路德宗教会毒死的，以阻止加尔文宗的第二次宗教改革，此时联盟的脆弱性尽显无遗。即使他活得更久，联盟也不太可能对帝国权威构成严重挑战，因为1593年土耳其战争的爆发让鲁道夫获得了广泛支持。克里斯蒂安死后留下三个儿子，长子克里斯蒂安二世只有8岁。魏玛的弗里德里希·威廉和男孩的外祖父勃兰登堡选帝侯约翰·格奥尔格共同成为摄政。克里斯蒂安二世的母亲，勃兰登堡的索菲（Sophie of Brandenburg），在1591—1593年策划了一场针对菲利普派和加尔文宗的清洗运动，监禁了克雷尔。现在所有牧师都必须宣誓效忠《协和书》，这些措施在反加尔文宗的暴动中得到广泛的支持。萨克森不仅恢复了以前在帝国政治中的立场，在政治上也不再采取主动，因为摄政王不愿意冒任何风险。克里斯蒂安二世延续了家庭的酗酒传统，甚至比他的父亲更软弱而没有主见，让他的母亲能够维持萨克森对鲁道夫的支持。正如一位萨克森枢密院议员在1610年指出的那样，“政治上我们是天主教徒”。
唯一切实的回报是帝国宫廷议会确认了对克雷尔的死刑判决，无视了英国伊丽莎白一世和亨利四世的宽恕请求，尽管没有任何证据表明有阴谋存在。索菲确信克雷尔腐蚀了她的丈夫，1601年10月9日在德累斯顿的主广场公开处决克雷尔时，索菲坐在主人的位置。这种个人复仇行为被广泛解释为萨克森反对加尔文宗的决心。
萨克森专注于清算旧怨，这为普法尔茨重新开始组织另一个教派联盟的努力提供了政治舞台。随着萨克森保守主义与日益增长的普法尔茨好战主义形成鲜明对比，新教政治再次分化。新普法尔茨选帝侯弗里德里希四世并不是一个明显的激进分子。虽然他被培养成一个路德宗信徒，但在约翰·卡齐米尔的影响下，他皈依了加尔文宗。而直到1592年，卡齐米尔的摄政才结束。然而，弗里德里希从来没有接受加尔文宗的工作伦理，他喜怒无常，经常生病，尤其是1602年以后。弗里德里希热爱宫廷盛大场景，导致预算严重超支，1613年时已经负债180万弗洛林。 [17] 宫廷的扩张也使得在摄政期间已经存在的贵族成分占据了上风，极大地改变了普法尔茨政治的特征。在此之前，普法尔茨政府由一个于1557年成立的枢密院（ Oberrat ）掌控，主要由在人文主义大学接受教育的平民充当职员。他们的集体决策一般倾向于保持谨慎，而弗里德里希四世日益依赖贵族出身的朝臣和军人，使得个人的影响力大为增加。而选帝侯日益糟糕的健康状况加剧了这一情况，这再次唤醒了他的宗教热情，并使他倾向于从教派角度来看问题。
一个人特别吸引了选帝侯的注意和青睐：安哈尔特的克里斯蒂安，他是导致三十年战争爆发过程中最重要的人物之一。他通常被斥为鲁莽的阴谋家，但毫无疑问，如果波希米亚冒险获得成功，他会被认为是一位有远见的战略家。他待在普法尔茨，这也体现了众多新教诸侯面临的一个共同问题。尽管他为选帝侯服务，但他本人是阿斯坎尼（Askanier）家族的王子，阿斯坎尼家族有一千多年的历史，曾经是帝国最强大的王朝之一。到16世纪末，它已经沦落到统治安哈尔特，一个夹在勃兰登堡和萨克森之间的小公国的地步。由于他们没有采用长子继承权，甚至这一小块土地也是四分五裂的，在1586年后，克里斯蒂安及其兄弟们共同分享这一小块地盘。对这样一个有抱负的人来说，他分到的贝恩堡实在是太狭小了，克里斯蒂安寻求一个更有声望的宫廷，去扮演更重要的角色。
1586年，他先是去了萨克森，在那里皈依了加尔文宗，以特别的热情拥抱了新信仰，相信有一个关于“普世知识”的神奇的系统。他和许多狂热的加尔文宗信徒一样，相信可以通过根据《圣经》正确地解释事件，来辨认出神的旨意。1591年，他被授予萨克森—普法尔茨联合部队的指挥权，以协助亨利四世。和此前所有的德意志远征军一样，没有一个支持者真的提供了金钱，安哈尔特只能自己支付130万塔勒的费用。直至1818年，他的后代仍在向法国索偿这笔债务。 [18] 然而，长达11个月的战役让他结识了很多国际加尔文宗的主要成员，尤其是拿骚—锡根伯爵约翰。在短暂的斯特拉斯堡主教之战中，他指挥了新教势力，1593年，他还准备接受鲁道夫的提议，指挥军队对抗土耳其人。约翰伯爵说服了他，让他相信这与新教事业背道而驰，并在1595年促成了他被任命为上普法尔茨总督。
这个职位让克里斯蒂安展示了他无可争议的才华。上普法尔茨于1329年被普法尔茨选侯国获得，位于选侯国以东相当远的地方，由一个位于安贝格的政府单独管理，而下普法尔茨则由海德堡统治。上普法尔茨的宗教传统也完全不同，虽然在下普法尔茨，路德宗只存在于宫廷中，但它在上普法尔茨确实很受欢迎，上普法尔茨还强烈反对约翰·卡齐米尔强行推广加尔文宗。安哈尔特将机智和狡猾结合在一起，重新赢得了他们的忠诚，而且非常成功，以至于地方等级会议对后来的波希米亚冒险给予了强力支持。 [19] 安哈尔特担任总督相当成功，这提升了他在海德堡宫廷的地位，在那里，随着他的门生和其他与国际加尔文宗相关的人物被任命，他的影响力越来越大。
到16世纪90年代末，安哈尔特已经能够重拾约翰·卡齐米尔的激进政策，并从这一政策出发，合乎逻辑地组建了一个由普法尔茨领导的新教联盟。为了说服其他诸侯放弃萨克森的宪政路线，安哈尔特试图证明现有的机构不再维护新教利益。他故意选择帝国司法作为战场，因为《奥格斯堡和约》依赖帝国通过法院和平仲裁解决争端的能力。很有可能的是，他或者至少是普法尔茨政府中的其他人，真的相信现有的机构不仅固有地对新教徒抱有偏见，而且已经沦为了耶稣会反宗教改革的工具。然而，通过将帝国司法政治化，安哈尔特大大加剧了帝国内部的紧张局势。
通过将1598年之后的境况与之前40年作比较，可以看出普法尔茨计划的影响。在《奥格斯堡和约》中，帝国枢密法院负责解决涉及宗教问题的案件。法院大部分人员都是天主教徒，因为要由每个行政圈的领地提名新法官来填补空缺。在三十年战争之前的30年里，由于各领地选择其同宗信徒，只有三分之一的法官是新教徒，这大致反映了新教徒在诸侯中的比例。尽管如此，新教领地继续支付其维持法院的定期捐款。而且，在1559年至1570年间，一系列天主教徒被选为首席法官时，新教徒也没有抗议。直到1576年，普法尔茨才严肃地建议引入宗教平等原则，要求天主教徒和新教徒轮流担任首席法官。 [20] 皇帝拒绝了这一建议，因为这不仅是对皇帝特权的攻击，而且也没必要，因为宗教敏感的案件已经交由一个议事组——一个由三名新教法官和三名天主教法官组成的复审小组——进行审判。如果议事组未能就裁决达成一致，他们必须将此事提交给另一个小组，这个小组中两个教派成员同样各占一半。这个程序非常成功，以至于在1559年至1589年间，只有七起针对法院判决的正式投诉。
1598年普法尔茨挑出了所谓的“四修道院纠纷”（ Vierklösterstreit ），这其中没有一个案例与过去成功解决的案例截然不同。第一起案件发生于1597年1月，涉及一项不利于奥埃廷根伯爵的判决，法院命令伯爵归还加尔都西会修道院，他于1556年将修道院世俗化，因此在《奥格斯堡和约》规定的标准年之后。在第二起案件中，法院做出了类似的判决，命令1568年侵占加尔默罗会修道院的希尔施霍恩帝国骑士返还修道院。第三项判决指示斯特拉斯堡市不要干涉其城墙内的抹大拉的玛丽亚女修道院的内部事务。最后一项判决中，法院要求巴登边疆伯爵和埃伯施泰因伯爵释放弗劳伦娜女修道院院长，他们逮捕了这名女修道院院长，理由是她私生活不检点。所有的决定都是在双教派审查小组中根据多数票做出的，这表明一些新教法官支持其天主教同事。
普法尔茨提出了一些基于教派而非法律上的异议，将这些案件政治化了。法院根据财产权和管辖权对每一个案件进行了判决，但所有这些案件都涉及关于教会财产的目的和用途的根本分歧。此外，他们认为判决缺乏有效性，因为上诉程序已经崩溃。这一程序被称为巡查（Visitation），建立于1532年，并在《奥格斯堡和约》中得到了确认。一个特别委员会对帝国枢密法院的案例进行年度审查，而委员会的成员则由帝国所有政治体成员中的人员轮流担当。科隆争端之后，1588年轮到马格德堡的路德宗教区长官担当时，鲁道夫阻止了他上任，因此拖延了审查进程。天主教徒和新教徒一样希望有法院正常运作，在1594年的帝国议会上，提议将巡查权委托给帝国代表团（imperial Deputation）。这是另一个由来自所有政治体的成员组成的委员会，负责在帝国议会休会期间处理一些特殊事务。鉴于新教徒目前在帝国代表团中的成员甚至少于巡查小组，他们拒绝了这一提议，认为这是另一起针对他们的天主教阴谋。
然而，这不仅仅是一个教派问题，它也暴露了帝国宪法中的一个严重缺陷。帝国枢密法院并不是一个现代宪法意义上的最高法院，它无权通过提供自己对法律的解释来处理法律漏洞，或解决新问题。相反，它负责执行帝国议会通过的现有立法，而最终判决权是皇帝的特权。由于忧郁症患者鲁道夫拒绝判决，此事被发回帝国议会，使得一些较小的问题也会引发激烈的政治辩论。这四起案件中的新教诉讼人只是要求在帝国代表团的组成中引入平等原则，以确保上诉的公平，但是他们的要求被普法尔茨忽视了，普法尔茨联合勃兰登堡和不伦瑞克，质疑该机构审查案件的权力。1601年，这一举动使帝国代表团瘫痪，使得普法尔茨可以将此事提交1603年3月至7月间召开的下一届帝国议会。
普法尔茨领导人希望这四起修道院争端最终能说服怀疑者放弃萨克森路线，加入一个单独的新教派系。自1594年帝国议会以来，普法尔茨已经主持了六次新教代表大会，讨论在正式帝国机构中应该采取何种策略。虽然代表们接受了普法尔茨拒绝支持反抗土耳其人的政策，但萨克森对大会的抵制使得大会的决定在很大程度上毫无意义。西班牙入侵莱茵河下游地区确实促使安斯巴赫和黑森—卡塞尔在1596年开始了谈判，以成立一个新的新教联盟，但是再一次地，没有萨克森的参与，丹麦和英国都不会支持这个计划。1603年帝国议会重新召开，好斗派缺乏支持的状态暴露无遗。刚刚成为英格兰国王的苏格兰詹姆斯六世礼貌地拒绝了安哈尔特提出的领导新联盟的邀请。法国拒绝了类似的提议，因为安哈尔特庇护了布永公爵，一位胡格诺派的重要贵族，布永公爵在默兹河上的色当拥有自己的主权领地，领导了一场反对亨利四世的阴谋。由于担心自己孤立无援，安斯巴赫和黑森—卡塞尔在最后一刻反悔，拒绝加入普法尔茨反对重新支援对抗土耳其人的资金的计划。气氛变得如此恶劣，以至于1603年4月当萨克森选帝侯克里斯蒂安二世骑马外出有人向他开枪时，萨克森立即指控安哈尔特策划暗杀。
萨克森得到了众多温和派天主教徒的协助，他们对帝国代表团的瓦解感到震惊，不想给普法尔茨代表一个策划抗议的借口。
尽管这次帝国议会和往常一样，以一份帝国决议书结束，列出了所有参与者认可的决定，但有明显的迹象表明，旧的基于共识的政治文化面临着巨大的压力。普法尔茨的行为加剧了天主教徒的怀疑，他们越发认为所有新教徒本质上都不可理喻，导致他们越来越不愿意容忍对《奥格斯堡和约》的侵犯。威廉五世于1594年让他24岁的儿子马克西米连进入巴伐利亚政府，并在4年后将巴伐利亚政府完全交给了他，自己则退隐去过虔诚沉思的宗教生活，此时天主教的不妥协态度越来越强烈。 [21] 不同于16、17世纪之交的其他主要人物，马克西米连公爵见证了整个三十年战争，是最有影响力和最有活力的德意志天主教诸侯。关于他的性格有一些争论。所有人都同意他非常有决心且野心勃勃，而他的主要传记作者迪特尔·阿尔布雷希特（Dieter Albrecht）过分强调了他天生的谨慎和小心翼翼。
马克西米连像他的妹夫施蒂里亚的费迪南德一样，笃信天主教，采取了一种自我惩罚式的宗教路线，每天花几个小时祷告或参加弥撒。他尤为敬拜圣母，在1616年宣布她为巴伐利亚的主保，并在1645年以自己的鲜血写下一份誓言，献身于她，这份誓言存放在旧厄廷圣祠的一个银帐幕中。在做出重大决定之前，马克西米连都会寻求圣母的代求，例如，在多瑙沃特的干预（1607）和上普法尔茨的入侵（1621）上选择的时期都与她的日历上的重要日期相吻合。然而，和费迪南德一样，马克西米连的个人虔诚并不妨碍他与信仰不同的人对话。1601年，他安排了路德宗和天主教神学家之间著名的争论，邀请两种信仰的主要思想家来到雷根斯堡会面，寻求共同点。阿尔布雷希特正确地认为，马克西米连和费迪南德一样，都采用法律视角看待政治行为，这使他无论在心理上还是在实际上都倾向于尊重皇帝。和同时代的萨克森选帝侯一样，马克西米连仍然认为帝国是一个神授的等级制度，天然地依赖皇帝的指导。他不愿意在没有事先得到皇帝批准的情况下采取行动，在采取行动之前倾向于得到皇帝的明确批准，并在失败的情况下致力于谈判保障措施。
这种态度使巴伐利亚保持幕后的位置，没有轻举妄动，而且巴伐利亚公爵不太可能有建立一个独立的天主教派系的长期计划。但是很明显，像萨克森选帝侯和普法尔茨选帝侯一样，马克西米连确信自己的教派目标和王朝目标符合天主教会和整个帝国的更广泛利益。公爵认为，天主教徒自1555年以来已经放弃了太多的立场，现在是他们采取坚定立场防止帝国陷入混乱的时候了。这一立场受到了1586年慕尼黑出版的一本名为《论自主》（ Autonomia ）的书的影响，该书的作者是帝国宫廷议会秘书安德烈亚斯·厄斯腾贝格（Andreas Erstenberger），他批评了法国天主教政治派为安抚胡格诺派而采取的宽容态度。对厄斯滕伯格来说，不可能有所谓的“自主”，因为良心自由就意味着自由地效力于魔鬼。巴伐利亚领导了1593—1594年帝国议会中的其他天主教徒，威胁说如果马格德堡教区长官被允许上任，他们将会退出。这一行动意味着拒绝承认所有教区长官，而此举是将主教辖区重新交到天主教手中的前兆。马克西米连在1597—1598年的下一届帝国议会上延续了这一路线，当时他坚持多数投票的有效性，而反对普法尔茨提出的“分离各派”的要求。
1604年至1608年间，一系列帝国判决恢复了天主教对《奥格斯堡和约》中关于帝国城市的条款的解释，加强了天主教的立场。新教徒认为这些条款允许良心自由，而天主教徒则指出其他条款，认为城市的宗教必须保持1555年的状态。路德宗一直对城市市民很有吸引力，他们是路德宗的首批追随者之一。路德宗在1555年后蔓延到阿伦、科尔马、埃森、阿格诺等地，虽然这些城市正式上依然是天主教城市。例如，到1602年，多特蒙德只剩下30名天主教徒，而在考夫博伊伦，当地80名天主教徒要面对700名新教徒，在多瑙沃特的4000人中，只有16个家庭仍然忠于罗马。虽然每个案例都有其各自的地方色彩，但都涉及类似的问题。天主教少数派面临着武装团伙不断增加的威胁，特别是在议会选举期间，因此市民政府往往会落入新教徒手中，例如1581年在亚琛发生的那样。这些新议员在执政后，颁布了有利于他们信仰的立法，例如，阻止采用格列高列历，或者拒绝给予新天主教徒公民身份，例如多瑙沃特就是这样，尽管它在正式上是一个双教派城市。天主教人口的减少使他们的机构变得脆弱，使得新教徒能够控制医院、学校、教堂和其他宝贵的资产。这种行为通过帝国司法重重叠叠的管辖权网络产生了更广泛的影响。例如，到1605年，多瑙沃特仅存的天主教教堂属于圣十字本笃会修道院，该修道院声称自己不受该市管辖，而是处于奥格斯堡主教的保护之下。
帝国枢密法院的瘫痪让帝国宫廷议会成了唯一一个还在完全运作的帝国法院。宫廷议会总部设在维也纳，其人员全部都由哈布斯堡王朝任命，他们既是法官又是皇帝的政治顾问。它不仅比帝国枢密法院更快，而且它的判决得到了皇帝的直接支持。由于这个原因，它接受的案件数量从16世纪80年代中期之前的每年250起增加到1590年的500起，之后略有下降。而其中政治敏感案件的数量从1585年前的每年25起增加到17世纪初的60起。尽管新教徒都认可帝国宫廷议会足以胜任解决封建法问题，但他们并不完全信任它，总是将宗教案件提交给帝国枢密法院，因为后者享有更大的司法独立权。 [22] 然而，帝国城市的直接领主是鲁道夫，因此受制于他的权威，以前的皇帝就曾干预过帝国城市，改写其帝民宪法和恢复秩序。因此，人们普遍认为，在1604年后，当帝国宫廷议会发布了一系列反对亚琛、多特蒙德、埃斯林根、汉堡和考夫博伊伦的新教议会的命令的时候，鲁道夫是在自己的权限范围之内行事的。
像四修道院纠纷一样，这些个别案件并不特别严重，变得如此严重是因为普法尔茨将这些案件政治化，以动员人们支持其组建教派联盟的计划。多瑙沃特一案如此有争议性，是因为它发生在其他一些城市的天主教复辟之后，也因为鲁道夫对这件事处理不当，导致他被人们指责为专断裁决。这起事件是由一场宗教游行引发的，和奥地利的游行一样，这象征着一场控制社区的斗争。奥格斯堡主教克内林根（Knöringen）和迪林根大学的耶稣会士鼓励圣十字修道院院长重新开始在圣马可日游行。市议会在1605年5月裁定，修士只能带着卷起的旗帜游行。在奥格斯堡主教的支持下，修道院院长向帝国宫廷议会提出上诉，帝国宫廷议会让城市议会陈述案情，同时命令后者在此期间不要扰乱游行。当地天主教徒认为这默许了他们的立场，并于1606年4月展开旗帜游行。接下来的“旗帜之战”中，新教市民撕毁了旗帜，将修士们赶回修道院。帝国宫廷议会于9月3日裁定，市民的行为明显破坏了和平，驳回了城市议会关于它无力遏制暴民的论点。
鲁道夫在这时的干预将一个普通地方案件变成了一部高层政治的戏剧。巴伐利亚的马克西米连早在1604年就已经执行了针对考夫博伊伦的命令，1607年3月17日，皇帝授权他在多瑙沃特也这样做。马克西米连看起来是一个忠诚的天主教徒，而鲁道夫想在“兄弟之争”之后赢得巴伐利亚的支持。然而，鲁道夫的决定违反了惯例，这类帝国事务一般是委托给行政圈中的主要诸侯来执行裁决。由于多瑙沃特位于施瓦本行政圈，而不是巴伐利亚行政圈，符腾堡公爵弗里德里希认为这是故意在怠慢他，并试图动员德意志南部新教徒表示抗议。鲁道夫犹豫了一下，在这个过程中丢脸了，而马克西米连没有得到明确的命令是不会行动的。与此同时，多瑙沃特的新教好斗派对他们议会明显的胆怯感到愤怒，在1607年4月煽动了一场骚乱，驱逐了一些被派来调查之前骚乱的巴伐利亚代表。马克西米连现在有了他需要的借口，但仍在等待，直到鲁道夫不情愿地将这座城市置于帝国禁令之下，然后终于命令巴伐利亚在12月1日采取行动。马克西米连现在不得不迅速行动，因为帝国议会已经召开，他担心这件事会被提交给那里。鲁道夫做出决定后的一周内，6500名巴伐利亚士兵开始行军。他们快到时，煽动者逃跑了，巴伐利亚士兵于12月17日没有任何障碍地进入了多瑙沃特。
这一事件损害了帝国宫廷议会的声誉，使得普法尔茨指控它也是诸多腐败机构中的一个。尽管鲁道夫真心希望能够和平解决，但他对这件事的处理非常不当。他还拒绝听从萨克森的建议，没有发表声明否认他的判决是基于教派考虑的。鲁道夫膨胀的威严感使他认为没有必要解释自己的行为。最后是巴伐利亚这么做了，这损害了皇帝的信誉，并引发了人们对皇帝独断裁决的担忧。
尽管这一事件被广泛认为直接导致了教派联盟的形成， [23] 但施瓦本新教徒对符腾堡的抗议没有表现出多少热情，并于1609年再次与天主教同事在行政圈会议上集会。马克西米连也试图避免激化局势。他把多瑙沃特的教区教堂交还天主教控制，但他一直避免镇压路德宗，直到1609年才开始，而且那时也是因为他想吞并这座城市。鲁道夫将多瑙沃特置于巴伐利亚的管理之下，直到城市付清马克西米连的开销。这种安排是帝国司法体系的一部分，因为帝国司法依赖有罪方支付执行法院裁决的领地的费用。然而，马克西米连故意开支过度的惩罚性远征花了30多万弗洛林，而多瑙沃特年收入为1.5万弗洛林，根本不可能还清。公爵留在了那里，1609年后，他已经从所有官方文件中删除了这座城市的帝国头衔。由于他现在把市民视为自己的臣民，他对尊重他们的信仰没有感到任何不对劲的地方。
即使是现在，安哈尔特仍发现自己很难争取到人们对教派联盟的支持。1605年与勃兰登堡和尼德兰人达成的协议胎死腹中，因为勃兰登堡将自己的王朝利益置于国际新教利益之上，把原计划交给尼德兰人的款项交给了波兰人，以保证自己能继承普鲁士公爵领。符腾堡和巴登—杜尔拉赫倾向于与普法尔茨—诺伊堡达成一个地方协议，使得普法尔茨在1607年与安斯巴赫、拜罗伊特和纽伦堡缔结的协议范围有限，仅限于保护上普法尔茨免受巴伐利亚可能的攻击。
尽管如此，多瑙沃特事件与“兄弟之争”同时发生，使萨克森确信必须采取措施来维护新教利益。在即将召开的帝国议会中，鲁道夫选择了施蒂里亚的费迪南德大公为他的代表，这表明皇帝的提议没有什么可期待的。萨克森现在接受了普法尔茨的论点，即多数投票不应该适用于与宗教相关的议题。和托尔高联盟的情形一样，这并不表明萨克森开始转向好战路线，因为萨克森的威望意味着它现在成了普法尔茨项目的发言人，当然会用更温和的语言表达这一点的。普法尔茨采取了类似的立场，甚至与美因茨选帝侯举行了会谈，以平息有争议的问题。
帝国议会于1608年2月召开，费迪南德大公回应了新教徒关于正式确认《奥格斯堡和约》的要求。费迪南德表示愿意承认，前提是新教徒归还自1552年之后夺取的所有的天主教财产。费迪南德的提议表明天主教立场显著强硬，即归还土地应该基于对《奥格斯堡和约》的明确解释，而不是后来帝国法院的个别案例。人们正确地认识到，这一立场是1629年费迪南德在其政治和军事实力达到鼎盛时颁布的《归还教产敕令》（Restitution Edict）的起源。 [24] 面对这一立场，萨克森的温和态度变得站不住脚，主动权重新回到普法尔茨手中，他们提出了一系列要求，包括鲁道夫应该对匈牙利新教徒给予宽容，虽然实际上匈牙利处在帝国议会的管辖范围之外。在高涨的情绪面前，萨克森和美因茨选帝侯要求保持理智的努力无济于事，最终普法尔茨退场，紧随其后的是黑森—卡塞尔、巴登—杜尔拉赫和其他人。许多温和的天主教徒被激怒了，现在转而支持巴伐利亚和奥格斯堡主教这样的好斗派。