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哈布斯堡王朝的主要成员开始相信，他们王朝的未来取决于重振天主教，并将其作为政治忠诚的基础。这一目标并非不切实际，因为等级会议中一直存在天主教少数派，而新教徒之间分歧很大，尽管信仰不同，但大多数新教徒仍然是忠诚的臣民。16世纪70年代谈判得到的宗教自由作为特权被授予各个省份的贵族和城镇，但尚未被各等级的所有成员接受为其集体权利的内在组成部分。等级会议缺乏一个平台来协调一致，以回应哈布斯堡王朝，因为他们自己也未能协调出一个可行的广泛的集会。在这里，1564年的分治实际上对王朝有利，因为它加强了与各行省单独谈判的做法，并确保了奥地利一般性的议会在17世纪早期之后从未重新集结起来。波希米亚拒绝承认王国的其他四个行省的平等地位，这使它在1518年后的近一个世纪里一直未能召开一般性议会。因此，主动权掌握在哈布斯堡手中，只要不同的分支能够共同努力，形成统一战线，就有相当大的成功机会。
作为主支线的领袖，鲁道夫二世在他父亲马克西米连于1576年去世时继位为皇帝，承担起了领导的责任。 [11] 1563年，鲁道夫和弟弟恩斯特（Ernst）被送往马德里，以避免受到新教的传染，同时也为了讨好强大的西班牙哈布斯堡分支。西班牙宫廷严峻的、情感超然的环境给亲眼目睹了严酷的权力现实的两个男孩留下了持久的印象。腓力二世第一次结婚生的儿子唐·卡洛斯（Don Carlos）精神不稳定，对父亲产生了病态的仇恨，此后被监禁。卡洛斯本已虚弱的身体因绝食抗议和监狱看守的干预性补救措施而每况愈下。他于1568年去世，立即引发了谣言，称他是被毒死的，是腓力为了甩掉他这个政治包袱，尼德兰叛乱者后来就公开这样指责腓力。虽然指控肯定是错误的，但是国王的行为还是有一些很可怕的地方，当他的儿子痛苦地死去时，他仍然坐在桌子上忙于国家事务。这件事可能使鲁道夫相信，像他伯父那样严格忠于职守是不可能做到的。当他1571年回到维也纳时，当时人们肯定注意到他的行为举止发生了变化。尽管他已经采取了僵硬的西班牙礼节，但很明显他并不喜欢他伯父的王国。尽管他的亲属给了他很大的压力，要他确定一个合法继承人，但他拒绝娶腓力最喜欢的女儿伊莎贝拉，而是选择了他长久以来的情妇凯瑟琳娜·斯特拉达（Katharina Strada），他和她至少有六个孩子。这样的密切关系是一个例外，因为鲁道夫发现自己越来越难和活人打交道，退缩到了对祖先的夸张崇拜中。那些还能见到他的人（常常是在等了几个月之后），都被他的智慧、好奇心和广博的知识所打动。他成了一个狂热的艺术收藏家、天文学家、炼金术士和诗人的赞助者。他在西班牙的经历让他产生了一种夸张的威严感，这使得他无法将责任委托给那些想帮助他的人。虽然不怕辛苦工作，但他的头脑被太多的想法占据，导致他优柔寡断，尤其是，当他最初的努力未能立即取得成功时，他很可能会受挫气馁。
这一点在他执政伊始就很明显，当时他决定在首都树立推广天主教的榜样。当地教士和平信徒于1577年复兴了基督圣体兄弟会，并计划在第二年5月在维也纳举行游行。鲁道夫走在队伍的前列，两侧是他的弟弟恩斯特和马克西米连，以及巴伐利亚的费迪南德公爵等其他显贵。这明显是对主要是新教徒的当地人口的挑衅，相当于现代奥兰治联盟（Orange Order）
在贝尔法斯特进行游行。拒绝让路的路德宗摊贩被帝国护卫队粗暴地处理，在此过程中一罐代售的牛奶被打翻。随之而来的被称为牛奶战争（Milk War）的骚乱震惊了皇帝，让他在1579—1580年生了一场严重疾病，永久改变了他。尽管他至少有一个私生子也表现出精神分裂倾向，但他是否在临床上患有精神病还是值得怀疑的。更有可能的是，他遭受了同时代人诊断为忧郁症或严重抑郁症的痛苦。
[12]
他自己的智力可能是造成这种痛苦的原因之一，因为他敏锐地意识到他的威严感与他权力有限的严酷现实之间的巨大差距。虽然他和他母亲的关系从来都不好，但是她在1581年前往西班牙之后，他失去了为数不多的几个心腹之一。两年后，他将宫廷搬到布拉格，变得更加孤独，他把自己关在高耸的赫拉德恰尼宫，几天内拒绝见任何人，也不签署重要文件。1591年9月，他的一个化学实验出了事故，烧到了脸颊和胡须，他身边的马厩主管不幸遇难。事故使他陷入更深的绝望，现在他一次把自己关了好几个月。他一直拒绝结婚，这在亲属中引起了越来越多的不安，促使腓力二世在1597年安排了伊莎贝拉与皇帝的另一个弟弟阿尔布雷希特（Albrecht）大公订婚。他们在两年后结婚，这加深了鲁道夫对西班牙的怀疑，最终迫使他直面个人生活中的挫折。随着新世纪的到来，鲁道夫对占星术的痴迷让他越来越偏执，尤其是他将第谷·布拉赫（Tycho Brahe）对1600年9月的预测解读为有暗杀他的阴谋。他的情绪波动更加剧烈，他对朝臣拳脚相向，甚至打伤了其中一人。
鲁道夫迁至布拉格的举动和他后来的精神崩溃，加剧了王朝内部的离心力，因为奥地利政府被移交给了恩斯特大公。无论是恩斯特，还是他在1595年去世之后的继任者马蒂亚斯，都无法将大量时间投入到天主教复兴中来，这一事业现在落到了梅尔基奥尔·克莱斯尔（Melchior Klesl）手中。克莱斯尔是一位来自维也纳的路德宗面包师的儿子，在维也纳大学读书时皈依了天主教，并在耶稣会和哈布斯堡家族的赞助下，于1580年升任母校校长，1588年成为维也纳新城主教，10年后成为维也纳本身的主教。克莱斯尔为人极其精明，同时伶牙俐齿，很容易树敌，尤其是当他开始认为自己是唯一一个有能力为哈布斯堡王朝提供建议的人之后就更是如此，他忽略了正式的机构，自行制定政策。他对马基雅维利和《圣经》一样熟悉，因此经常被描绘成一个穿着教士长袍的世俗政治家。他显然跟枢机主教博罗默相差甚远，1590年后，他待在鲁道夫的宫廷里的时间超过了两个主教辖区中的任何一个。他这种不待在教区的行为本身就说明天主教复兴的步伐缓慢。尽管如此，宗教仍然是他世界观的核心，是正确秩序的基础，而不是任何情感的、神秘的或精神上的依恋。 [13]
克莱斯尔瞄准了维也纳，新教正在那里迅速传播，维也纳有下奥地利等级会议的集会大厅，还有众多路德宗贵族的城镇房屋，成千上万维也纳人还有每周日离开城市到周围的路德宗庄园做礼拜的“出逃”习俗。克莱斯尔以牛奶战争暴乱为借口，建立了一个天主教市议会，并撤销使用集会大厅做路德宗礼拜仪式的许可，而那些在城外做礼拜的人则被罚款。成为校长一年后，克莱斯尔规定只有天主教徒才能从大学毕业。随后，他与新议员合作，将城墙内1200所房屋中的90所移交给教会，用作礼拜或教育场所。 [14] 1612年鲁道夫去世后，宫廷回到维也纳，这进一步加强了天主教在这座城市的存在感。朝臣、贵族和他们的仆人将普通市民从霍夫堡附近非常受欢迎的房产中挤了出来，特别是在17世纪20年代初通货膨胀的年代，当时富有的天主教徒用贬值货币购买了这些房产。从鲁道夫继任以来，天主教徒人数已经翻了两番，到1594年已经达到8000人。
1598年农民抗议的失败促使克莱斯尔将活动深入农村。上奥地利郡尉在武装护送下，前往林茨地区建立天主教教区，并关闭新教等级会议学校。第二年，克莱斯尔带领2.3万名下奥地利朝圣者前往施蒂里亚的玛丽亚采尔，自1617年之后，这成了一项年度活动。其他的朝圣目的地也被开发了，以加强宗教虔诚和政治忠诚之间的联系，特别是那些与奥地利历史和哈布斯堡王朝相关的朝圣地。这些事务上的发展并非没有人反对。1600年，当基督圣体游行被引入林茨时，市民们抓住了神父，将他淹死在河里。就像牛奶战争时的情况一样，这只是为取消更多新教特权提供了一个借口，这一次，所有的学校教师都被逐出了上奥地利。当盐矿工人在萨尔茨卡默古特拆毁工具进行进一步抗议时，1602年2月马蒂亚斯大公派遣了1200名士兵和民兵迫使他们重返工作岗位。然而，尽管奥地利的天主教复兴看起来令人印象深刻，但缺乏坚实的基础，甚至直到1600年，维也纳5万居民中有四分之三的人仍然不服从官方信仰。
天主教在内奥地利取得了更大的成功，在那里，在一开始不幸的开端之后，宗教和政治忠诚的结合得到了更系统的发展。卡尔大公是坚定的天主教徒，但是在债务和边境防御费用的驱使下，他于1578年承认了《布鲁克宗教和约》。他本希望这成为一个秘密，但令他恐惧的是，兴高采烈的等级会议新教成员发布了特许权未经授权的版本，他很快被一位毫不同情他的教宗格列高列十三世逐出教会。受到责罚后，他于1579年10月在慕尼黑会见了他的哥哥蒂罗尔的费迪南德和他的妻舅巴伐利亚的威廉五世公爵。他的亲属们接受了他的解释，即出版的文本歪曲了他的意图，但认为撤销它太危险了。就在三个月前，5000名维也纳人在霍夫堡示威，抗议那里的天主教政策。没有一个大公拥有足够多的军队，他们必须避免任何可能联合起来反对他们的事情发生。哈布斯堡王朝需要一个对抗性不那么强的政策，慕尼黑的会面以一个方案的形式提供了这一政策，该方案成了1618年前所有后续措施的范本。
与会者一致认为，目前的让步已经是可以给予的极限。大公们不会取消现有的特权，而是坚持对其做严格的天主教解释，禁止所有没有被法律明确认可的新教活动。他们不想摧毁等级会议，因为他们无法在没有它的情况下进行统治。相反，新教成员将被孤立，也不会得到任何进一步的优待，而忠诚的天主教徒将得到奖励和提升。在这里，哈布斯堡王朝可以利用他们无可争议的大公、皇家和帝国特权来授予贵族身份，合法化私生子，并且授予学位及其他荣誉。这些权力使得他们的影响力可以扩展到整个帝国，因为大多数诸侯不能创造新的贵族，而只能向皇帝推荐个人以获得特别的青睐。等级会议是一个自我管理的机构，可以自行选择接纳谁为新成员，但是他们必须首先依靠哈布斯堡王朝来将新成员封为贵族，而只有王朝可以从现存的骑士中选出领主，并对教会和帝国城镇施加进一步的影响。大量奥地利贵族家庭在16世纪绝后，这为增加忠诚天主教徒的比例创造了更多机会。例如，在1560年至1620年间，40个新家庭成为内奥地利的贵族，他们主要来自意大利，其中16个成了等级会议成员。
进一步的努力包括确保一群教育程度更高、纪律更严、人数更多的神职人员更加关注普通民众的精神需求，使天主教更具吸引力。教宗格列高列被说服支持该计划，并开始鼓励其他统治者参与。特伦托会议改革的资深推动者吉曼尼科·马拉斯皮纳（Germanico Malaspina）被任命为新的驻内奥地利教廷大使，以说服世俗和教会统治者停止关于管辖权的争吵。尽管马拉斯皮纳很能干，但他无法解决所有的争端，尤其是因为大多数主教也与其主教座堂法政牧师发生了争执。尽管如此，萨尔茨堡还是在1583年与巴伐利亚达成了一项协议，9年后奥地利与帕绍达成了一项协议，这开启了一个关系更和谐的新时代。萨尔茨堡的新任大主教沃尔夫·迪特里希·冯·赖特瑙（Wolf Dietrich von Raitenau）受到激励，于1588年前往罗马，回来的时候充满了反宗教改革的热情，同时他的附属教区也交到了更有改革意识的教士手中，其中最值得注意的是1585年成为塞考主教的马丁·布伦纳（Martin Brenner）。
然而，在慕尼黑达成的计划需要时间才能生效，当卡尔大公在1580年12月突然试图禁止新教徒在帝国城镇中做礼拜时，这种新的团结很快就破灭了。由于担心即将发生叛乱，他的盟友们退缩了，拒绝提供援助。大公缺乏合格的人员，无法在当地取得任何进展，被迫将他的政策限制在他在格拉茨的首都，在那里他招募了一批忠诚的顾问，并将那里的耶稣会学院提升为大学，以培训更多的神父和官员。到1587年，他觉得自己足够强大，可以重新开始，这次他的目标是那些预计阻力较小的小城镇。作为帝国诸侯，他享有《奥格斯堡和约》赋予的宗教改革权，他援引这种权利，在布伦纳主教的保护下成立了一个“改革委员会”，并在军事护卫下在全境巡回安置新的神父，关闭新教学校，并将每个市镇的议会移交给天主教。这些措施被展示为温和且合理的，大公只是希望他的臣民之间实现和平与和解，采取行动只是为了保护天主教信仰和财产不受新教破坏。由于害怕改革委员会扩大到他们的地盘，贵族们几乎没有帮助他们的市民盟友，这些城镇一个接一个地被挑选出来，布伦纳只遇到了一些被动的抵抗，直到1590年5月卡尔生病。格拉茨的一场严重骚乱迫使当局释放了一名被监禁的新教学生。人们意识到了当局的虚弱，混乱很快蔓延到其他城镇，特别是在卡尔于7月去世、他12岁的儿子费迪南德成为新大公之后。等级会议声称他们在摄政时期有介入的传统权利，以不合适为由拒绝了男孩的巴伐利亚亲属的接管，并把政府交给了恩斯特大公，后者不愿意进一步对抗。
当费迪南德在1595年成年时，他似乎不太可能从等级会议手中收复失地，更别说成为他那个时代最有权势的人了。未来的皇帝受到了褒贬不一的评价，尤其是在英语历史学家中，他们赞同当时新教徒的观点，认为他“不过是一个愚蠢的耶稣会信徒”。他的母亲，巴伐利亚的玛丽亚于1590年3月把他送去了英戈尔施塔特的耶稣会学院，以逃避新教影响，但是他父亲的去世迫使他中断学业，回到格拉茨。费迪南德身材矮小，这可能是他害羞的原因。他的家人越来越担心他身体不好，尤其是因为他的两个哥哥年纪轻轻就去世了。这种担心有点多余，因为费迪南德长大后身体健康，成了一名出色的骑手和热情的猎人。与堂兄鲁道夫二世不同，费迪南德非常友好，对他周围的人也很好，他的红色肤色和后来的肥胖加深了人们的这种印象。他越来越喜欢吃食物，尤其是野味和其他丰富的肉类，这使他体重日增，后来还患上了哮喘。与大多数同时代的德意志诸侯不同，他避免酗酒，他的告解神父自豪地说，他从来没有在自己的房间里单独接待过女性。据称，为了平息肉欲，他在结婚前和后来成为鳏夫后，一直穿着粗毛衬衣。教廷大使卡洛·卡拉法（Carlo Carafa）后来报道说：
他晚上10点左右睡觉，这是德意志的习俗；在凌晨4点甚至更早的时候就会起床了……一旦他起床，皇帝陛下就去教堂听两次弥撒，一次是为他第一任妻子的灵魂，尽管她健康状况不佳，却受到了皇帝的温柔的爱。如果碰上节日，皇帝会接受圣餐，为此他会去教堂听德语布道。这通常由耶稣会士提供，持续一个小时。布道结束后，他会留在主祭坛上，通常是一个半小时，伴随着精心挑选的音乐……如果不是什么节日，他就会在两场弥撒后（他从来没有改变过这一点），把上午的其他时间和下午的大部分时间都用来召开宫廷议会。 [15]
在他的一生中，他都维持了享受大餐、工作、狩猎和在有着穿堂风的教堂里进行长时间祷告的习惯；尸检后，他的医生惊讶于他竟然活了这么久。
1595年后，费迪南德连续选择了三个耶稣会士作他的告解神父，但他更多地是虔诚，而非狂热。虽然他致力于推进天主教，但是这种愿望被一种深深的律法主义倾向所调和，这阻止了他偏离他所理解的宪法。虽然他告诉内奥地利的等级会议，他是一个“绝对君主”，但他拒绝接受马基雅维利式的国家理由（Raison d’État），而是认为政治上的成功取决于忠于基督教的原则。1590年格拉茨骚乱期间，一场雷雨驱散了抗议者，避免了天主教徒担心的即将到来的大屠杀，这一事件加强了他对神圣天意的信仰。 [16] 他后来的改革努力的成功加强了他的信念，因为他的大部分顾问原本都预测改革会导致叛乱。然而，他依然怀疑，如果他犯了错误，上帝可能会抛弃他，这使他倾向于采取谨慎态度，并在行动前进行广泛咨询。
费迪南德在继位时立即恢复了旧的君主誓言，而不是遵从1564年修改后的不那么冒犯新教徒的版本，表明了他的意图。他也拒绝承认《布鲁克宗教和约》是领地法律的一部分。没有一个等级会议想要对抗他，并把他的沉默当成了赞同，在1597年接受他为统治者。对费迪南德来说，他们的屈服解除了他良心上的负担，只要他足够强大，就准备撤销《布鲁克宗教和约》中授予的特权。他的政治顾问敦促他谨慎行事，以卡尔大公早先的失败为戒，但是他的主教布伦纳和拉万特的格奥尔格·斯托贝乌斯（Georg Stobaeus）都敦促他遵从自己的良心。费迪南德前往罗马咨询了教宗，并进行了长时间的讨论以确保他的“团队”都做好准备，最终他于1598年4月恢复了改革委员会。为避免1580年和1590年的抗议重演，他做了精心的准备。所有三个内奥地利等级会议都被同时但分开传唤，以让他们有事可做，同时还避免他们联合起来进行反对。每个等级会议都被迫接受在其执行委员会中加入一名天主教神父，之后这些神父阻止了任何反政府的措施。费迪南德并没有回避赤裸裸的武力。两名等级会议官员被扣押并遭受酷刑，直到他们同意放弃格拉茨小学的控制权。费迪南德部署了800人的正规驻军来保护委员会，部队驻扎在抗议的市民家里。1599年，行动进入全面展开阶段，布伦纳轮流造访每个施蒂里亚城镇，驱逐新教教师和牧师，以打破任何抵抗，并设立天主教神父。一旦人们的抵抗激情消退，委员会将会采取更具挑衅性的行动，关闭新教学校，摧毁墓地，拆毁教堂——在艾森埃尔兹的情况特别引人注目，那里的教堂被炸毁了。布伦纳很快就赢得了“异教徒之锤”（ Ketzerhammer ）的绰号，因为他竭尽全力羞辱和诋毁他的敌人，践踏他们珍视的一切：
信众的尸体被挖出来，被狗和猪吃掉；棺材也被挖出来，放在路边，有些用火烧掉；这样的行为既野蛮又不人道。信众的墓地上也竖立着绞刑架和处决罪犯的标记。同样，在新教教堂、布道坛或洗礼盘曾经矗立的地方，都竖立起了最丑陋和最肮脏的场景。 [17]
随着布伦纳在1600年凯旋格拉茨，并将1万本新教书籍付之一炬，事件达到高潮。费迪南德在那年4月与巴伐利亚的威廉五世虔诚而贤惠的女儿玛丽亚·安娜（Maria Anna）结婚，庆典持续了8天，以庆祝他取得的胜利。所有剩下的新教牧师和教师都被驱逐，拒绝皈依的市民也是如此。1598年至1605年间，大约有1.1万人离开了内奥地利各省，有的是被驱逐，有的是自愿流亡。许多人去了帝国的新教领地，比如符腾堡，符腾堡公爵在那里建立了弗罗伊登施塔特（字面意思是“欢乐之城”）来欢迎他们。
从始至终，费迪南德都坚持他对法律的解释（尽管很狭隘）。根据委员会的官方说法，他们针对的是“异端”，而非路德宗，而且直到1609年信奉天主教才成为官员的正式先决条件。布伦纳攻击的也是那些缺乏明确特权的路德宗教会机构，没有触及私人信仰。矿工们得到了特别的让步，以防止地区经济和收入受到破坏。等级会议在1599年已经通过预扣税款和向皇帝上诉来报复。当费迪南德禁止进一步上诉时，238名贵族签署了一份请愿书，威胁要移民，除非他恢复信仰自由。他认为这些人只是虚张声势。事实上，大多数人都只是待在家里，随后1604年第二次税收罢工也失败了。
1600年前后的时局巨变甚至在波希米亚也能感受到，鲁道夫仍然待在宫殿中，置身事外。和在奥地利各省一样，重振天主教的计划针对的是王室城镇，这是等级会议中的薄弱环节。同情天主教的人通过将更激进的兄弟合一会描绘成加尔文宗的第五纵队，在酒饼同领派审议会议中占据了多数。在官方天主教和酒饼同领派教会机构的支持下，哈布斯堡政府开始任命效忠者为王室城镇的地方长官，确保他们对议会的控制，尽管只有在比尔森和布德韦斯两地，天主教人口才占多数。1592年后，基督圣体节游行在布拉格复兴，并很快扩展到其他城镇，当地政要也被迫参加。王室也从许多波希米亚贵族家庭的绝嗣中受益，王室扣押或购买他们的地产，将自己在王国所占的份额从1%增加到1603年的10%以上。而属于教会和王室城镇的比例上升到了9%，使王室控制了大约五分之一的地区。在摩拉维亚，这个比例更大，那里的教会保留了更多的土地。鉴于波希米亚经济资本不足的状况，天主教财富颇具影响力。
波希米亚天主教的特征也在发生变化。1597年至1611年间，七个大地主家庭绝嗣，他们的财富大部分留给了那些更有好斗倾向的人。我们上次提到的挂在赫拉德恰尼城堡窗子外面的威勒姆·斯拉瓦塔，于1604年继承了纽豪斯（赫拉德茨）家族遗产，而卡尔·利希滕施泰因（Karl Liechtenstein）于16世纪90年代在摩拉维亚获得了博斯科维茨（Boskowitz）家族的财富。许多年轻一代都是改宗者，包括叛乱爆发时掌权的人。利希滕施泰因后来成为波希米亚总督，而他从小是波希米亚兄弟合一会成员，他的弟弟冈达克也是如此，后者于1602年皈依天主教，并于1620年成为财政部长。来自下奥地利的米夏埃尔·阿道夫·冯·阿尔丹（Michael Adolf von Althann）于1598年在克莱斯尔的帮助下改信天主教，1606年被任命为格兰总督，1610年成为帝国伯爵。另一个下奥地利人，弗朗茨·克里斯托夫·冯·克芬许勒（Franz Christoph von Khevenhüller）改信了天主教，并被任命为驻西班牙大使，随后回国撰写了《费迪南德年鉴》（ Annales Ferdinandei ），这是一本内容广泛的费迪南德二世传记。施蒂里亚的路德宗信徒约翰·乌尔里希·冯·埃根贝格（Johann Ulrich von Eggenberg）同样在16世纪90年代成为天主教徒，并在1597年成为费迪南德最亲密的顾问。另一位施蒂里亚人马克西米连·冯·特劳特曼斯多夫（Maximilian von Trauttmannsdorff），后来成了哈布斯堡君主国最重要的政治家，原本也是一名路德宗信徒，但在布伦纳发起改革委员会运动期间跟随父母接受天主教。斯拉瓦塔年轻时在锡耶纳学习时，是因为个人信念而改变信仰的，但是其他人在更小的时候就改宗了，比如彼得·帕兹马尼（Péter Pázmány），他在12岁时在耶稣会的影响下拥抱了天主教。1616年，帕兹马尼接替了费伦茨·福尔加奇（Ferenc Forgách，另一个改宗者！）担任枢机主教和格兰大主教，领导匈牙利天主教改革。到1610年，改宗使得天主教人口在贵族中的比例提高，在上奥地利占十分之一，在波希米亚占五分之一，在下奥地利占四分之一。
财富和官职的积累使得好斗分子更加大胆地将新教徒排除在政府之外。1599年8月24日，圣巴塞洛缪大屠杀周年纪念日，驻布拉格的教廷大使说服反复无常的鲁道夫任命兹登科·洛布科维茨（Zdenko Lobkowitz）为波希米亚书记官。1600年，受他对西班牙政治理论家的解读的启发，洛布科维茨敦促皇帝解雇新教顾问，重新取缔波希米亚兄弟合一会。教士位置空缺由新的充满活力的人填补。1598年，摩拉维亚教会奥尔米茨主教的职位被授予弗朗茨·迪特里希施泰因（Franz Dietrichstein），他是耶稣会日耳曼学院的毕业生，拥有整个摩拉维亚十三分之一的土地。好斗的沃尔夫冈·塞伦德（Wolfgang Selender）被任命为布劳瑙的修道院院长，而克洛斯特格拉布（赫罗布）、特普拉和斯特拉霍夫的相关修道院则被交给大主教约翰·罗赫留斯（Johann Lohelius），他在布拉格举行了一次会议，以促进特伦托式宗教改革。尽管在1594年时，摩拉维亚的所有关键政府职位都被新教徒占据，但十年后，行政职位全都由天主教徒掌管。
从表面上看，随着新世纪的到来，好斗分子看起来似乎很有希望。慕尼黑的计划在内奥地利相当成功，在上奥地利和下奥地利进展也不错，并开始在波希米亚和摩拉维亚取得成效。但是这些政策疏远了许多以前忠诚的新教徒，而此时除了克罗地亚和蒂罗尔，天主教徒人数仍处劣势，最多只占四分之一。持续的势头取决于统治家族内部的团结，而有明显的迹象表明，这种团结即将崩溃。鲁道夫无法提供必要的领导能力。虽然他赞成天主教复兴，但在理智上，他属于16世纪70年代温和的气候，而不属于1600年前后两极分化的宗教环境。虽然他被哄骗支持好斗措施，但随后就欢迎天文学家约翰尼斯·开普勒——一位刚刚被费迪南德大公驱逐出施蒂里亚的路德宗信徒——的到来。随着压力的增加，他全神贯注于琐事，花了几个月的时间设计一个新的帝国王冠，尽管此时在纽伦堡已经有一个安全保存的非常好的王冠。 [18] 与此同时，他与弟弟和堂亲之间的关系迅速冷却，因为君主国陷入了与土耳其人的长期战争，最终在1606年后引发了一场重大危机。
[1] A. Kohler, Ferdinand I. 1503–1564 (Munich, 2003), pp.177–84, 297–303, 311; P. Rauscher, Zwischen Ständen und Gläubigern. Die kaiserlichen Finanzen unter Ferdinand I. und Maximilian II. (1556–1576) (Munich, 2004).
[2] 如果要泛泛的介绍的话，可以参照J. Bérenger, A History of the Habsburg Empire 1273–1700 (London, 1994), and C. Ingrao, The Habsburg Monarchy 1618–1815 (Cambridge, 2000). 还有两份关于这个时代的出色的细节研究：R.J.W. Evans, The Making of the Habsburg Monarchy 1550–1700 (Oxford, 1977); T. Winkelbauer, Ständefreiheit und Fürstenmacht. Länder und Untertanen des Hauses Habsburg im konfessionellen Zeitalter (Österreichische Geschichte 1522–1699) (2 vols., Vienna, 2003). 关于奥地利在德意志西部的飞地，见H. Maier and V. Press (eds.), Vorderösterreich in der frühen Neuzeit (Sigmaringen, 1989).
[3] 见the three pieces by J. Pánek, ‘Das Ständewesen und die Gesellschaft in den Böhmischen Ländern in der Zeit vor der Schlacht auf dem Weissen Berg (1526–1620)’, Historica. Les sciences historiques en Tchécoslovaquie , 20 (1985), 73–120; ‘Das politische System des böhmischen Staates im ersten Jahrhundert der habsburgischen Herrschaft (1526–1620)’, MIÖG , 97 (1989), 53–82; ‘Der böhmische Staat und das Reich in der frühen Neuzeit’, in V. Press (ed.), Alternativen zur Reichsverfassung in der frühen Neuzeit? (Munich, 1995), pp.169–78, and J. Bahlcke, ‘Das Herzogtum Schlesien im politischen System der böhmischen Krone’, Zeitschrift für Ostmitteleuropa-Forschung , 44 (1995), 27–55.
[4] L. Kontler, A History of Hungary (Basingstoke, 2002); E. Pamlényi (ed.), A History of Hungary (London, 1975).哈布斯堡属匈牙利的其余31个郡占地超过9.2万平方千米，居民超过120万。另外三个斯洛文尼亚郡与西南部独立的克罗地亚王国相连，总面积为2.5万平方千米，有30万名臣民。
[5] 关于对哈布斯堡行省和德意志领地上的等级会议的最好介绍，见the collection of essays edited by R.J.W. Evans and T.V. Thomas, Crown, Church and Estates (New York, 1990).
[6] R. Schwarz, The Imperial Privy Council in the Seventeenth Century (Cambridge, Mass., 1943), p.280.
[7] Adam von Puchheim 转引自K. MacHardy, War, Religion and Court Patronage in Habsburg Austria. The social and cultural dimensions of political interaction, 1521–1622 (Basingstoke, 2003), p.51. 关于贵族的地方权力也可见T. Winkelbauer, ‘Sozialdiszplinierung und Konfessionalisierung durch Grundherren in den österreichischen und böhmischen Ländern im 16. und 17. Jahrhundert’, ZHF , 19 (1992), 317–39.
[8] 关于新教在奥地利领地上的传播，见K. Benda, ‘Hungary in turmoil, 1580–1620’, European Studies Review , 8 (1978), 281–304; D.P. Daniel, ‘Calvinism in Hungary: the theological and ecclesiastical transition to the Reformed faith’, in A. Pettegree (ed.), Calvinism in Europe 1540–1620 (Cambridge, 1996), pp.205–30, 和他的‘Ecumenicity or orthodoxy: the dilemma of the Protestants in the lands of the Austrian Habsburgs’, Church History , 49 (1980), 387–400; K. Maag (ed.), The Reformation in Eastern and Central Europe (Aldershot, 1997); J.E. Patrouch, A Negotiated Settlement. The Counter-Reformation in Upper Austria under the Habsburgs (Boston, 2000); R. Pörtner, The Counter-Reformation in Central Europe. Styria 1580–1630 (Oxford, 2001); Z.V. David, Finding the Middle Way. The Utraquists’ liberal challenge to Rome and Luther (Washington, DC and Baltimore, 2003).
[9] O. Pickl, ‘Fiskus, Kirche und Staat in Innerösterreich im Zeitalter der Reformation und Gegenreformation’, in H. Kellenbenz and P. Prodi (eds.), Fiskus, Kirche und Staat im konfessionellen Zeitalter (Berlin, 1994), pp.91–110, at p.97.
[10] 尽管W.W. Hagen的著作主要关注勃兰登堡，对于理解这些过程也是非常重要的： Ordinary Prussians. Brandenburg Junkers and villagers 1500–1840 (Cambridge, 2002). 关于奥地利的这些情形，见H. Rebel, Peasant Classes. The bureaucratization of property and family relations under early Habsburgs absolutism, 1511–1636 (Princeton, 1983), and T. Winkelbauer, ‘Krise der Aristokratie? Zum Strukturwandel des Adels in den böhmischen und niederösterreichischen Ländern im 16. und 17. Jahrhundert’, MIÖG , 100 (1992), 328–53.
[11] 尽管鲁道夫统治时期的政治仍未得到充分研究，但R. J.W. Evans, Rudolf II and His World (2nd edn, London, 1997)对他的个性和智力兴趣有很好的描述。而H. Trevor- Roper, Princes and Artists. Patronage at four Habsburg courts 1517–1633 (London, 1976), pp.79–115和P. Marshall, The Theatre of the World. Alchemy, astrology and magic in Renaissance Prague (London, 2006)描绘了他作为艺术赞助人的角色。在A. Schindling and W. Ziegler (eds.), Die Kaiser der Neuzeit 1519–1918 (Munich, 1990)的著作中，还有关于鲁道夫和其他皇帝的简短传记。关于其他的部分，另见H. Louthan, The Quest for Compromise. Peacemaking in Counter-Reformation Vienna (Cambridge, 1997).
[12] H.C.E. Midlefort, Mad Princes of Renaissance Germany (Charlottesville, Va., 1994).
[13] This is the conclusion of H. Angermeier, ‘Politik, Religion und Reich bei Kardinal Melchior Khlesl’, ZSRG GA , 110 (1993), 249–330; J. Rainer, ‘Kardinal Melchior Klesl (1552–1630). Vom“Generalreformator” zum“Ausgleichspolitiker”’, RömischeQuartalschrift , 59 (1964), 14–35.
[14] 城墙外还有1000栋较小的房屋，周围还有2700栋房屋和村舍。见A. Weigl (ed.), Wien im Dreißigjährigen Krieg (Vienna, 2001).
[15] Viscount Doncaster to Sir Robert Naunton, 30 May 1619, in S.R. Gardiner (ed.), Letters and Other Documents Illustrating the Relations Between England and Germany at the Commencement of the Thirty Years War (London, 1865; reprint New York, 1968), p.103. J. Franzl, Ferdinand II: Kaiser im Zwiespalt der Zeit (Graz, 1978)提供了一个概论。费迪南德的性格和政策在R. Bireley, Religion and Politics in the Age of the Counterreformation. Emperor Ferdinand II, William Lamormaini, S.J., and the formation of imperial policy (Chapel Hill, 1981), 以及他的‘Confessional absolutism in the Habsburg lands in the seventeenth century’, in C. Ingrao (ed.), State and Society in Early Modern Austria (W. Lafayette, Ind., 1994), pp.36–53中有从天主教视角的详细描述。另见G. Franz, ‘Glaube und Recht im politischen Denken Kaiser Ferdinands II.’, ARG , 49 (1958), 258–69; P.K. Monod, The Power of Kings. Monarchy and religion in Europe 1589–1715 (New Haven, 1999), pp.81–93; K. Repgen (ed.), Das Herrscherbild im 17. Jahrhundert (Münster, 1991); A. Wandruszska, ‘Zum“Absolutismus” Ferdinands II.’, Mitteilungen des Oberösterreichischen Landesarchivs , 14 (1984), 261–8; H. Sturmberger, Land ob der Enns und Österreich (Linz, 1979), pp.154–87. Carafa’s account from 1628 is quoted at length in F. von Hurter, Friedensbestrebungen Kaiser Ferdinands II . (Vienna, 1860), pp.212ff.
[16] Pörtner, Counter-Reformation in Central Europe , p.95.
[17] The protest of the Styrian Estates, published in English translation in 1620 as ‘Two very lamentable relations’, reprinted in C. A Macartney (ed.), The Habsburg and Hohenzollern Dynasties in the Seventeenth and Eighteenth Centuries (London, 1970), pp.13–22.
[18] 这是查理曼的王冠，在皇帝加冕之间存放在纽伦堡。鲁道夫的前任们在其他礼仪场合都戴着“私人王冠”，但是君主国的债务导致这些王冠被熔化。鲁道夫从1602年起的王冠历经三十年战争和随后的金融危机的变迁，在1804年奥地利采用了一个独立的世袭皇位时，成为奥地利的国家王冠。见G.J. Kugler, Die Reichskrone (Vienna, 1968).
