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宗教冲突损害了帝国宪法的作用，导致战争在1618年爆发。然而，这种联系远非直截了当的。16世纪的暴力活动远不如中世纪的大部分时间多，中世纪人目睹了无数的争斗，甚至皇帝都被其封臣废黜。为了理解宗教的作用，我们需要知道信仰问题是如何与关于世俗权威的争论交织在一起的，为此，我们需要研究宗教改革后不同教派身份形成的过程。
所有基督教教派都源于共同的根源，但由于既得的物质利益、对社会地位和声望的关注，以及通过与持有不同观点的人保持距离来保持归属感和界定这种归属感的心理需求，它们形成了各自的动态。神学争议迫使信徒们采取立场，导致每个主要教派强调某个独特的方面。天主教强调组织的首要地位，认为罗马教会是为所有基督徒解释上帝话语的唯一权威机构。而路德宗强调教义的重要性，声称要让上帝之道不受一个迷失方向的教会的曲解。加尔文宗主张实践至上，呼吁在路德的“教义改革”之后还应该有一个“生活改革”，要让行为符合信仰。 [4]
马丁·路德最初对教会的挑战起源于更广泛的重振天主教的尝试，但是他与罗马的决裂迫使教宗在政治上和神学上做出回应。1545—1563年在特伦托召开的枢机主教会议旨在弥合裂痕，但最终做出了将福音派列为异端的判决。特伦托会议的最终法令集中于界定天主教，并设计了一个计划，试图通过重振天主教生活来消灭异端。一个核心问题是关于圣餐礼的争议，关于基督在最后的晚餐上对面包和葡萄酒的提及。这个问题至关重要，因为弥撒是天主教集体崇拜行为的核心，将神父和社区联系在一起。大会的法令肯定了教会的首要地位，认为神父的行为祝圣了面饼，将面饼转化成了存在于礼拜仪式现场的基督身体。接受这个“特伦托式弥撒”也就意味着服从教宗对教义的其他裁决。与之相伴的还有中世纪圣餐仪式的复兴，在基督圣体节（Corpus Christi）的游行上体现得最为明显，这个节日的时间是天主圣三节之后的星期四，节日当天，信众走在宗教旗帜和肖像后面，在神父的主持下一起庆祝弥撒。
大会颁布了一系列法令来平息路德的批评，即神职人员不能担当上帝和信徒之间的调解人。教育得到了扩展，以帮助神父理解官方教义，不至于误导教众。主教们应该服务于他们的教区，而非剥削它们。卡洛·博罗默（Carlo Borromeo，1538—1584）被视为效仿的榜样。他是米兰80年来第一位居住在这座城市的大主教，他会定期访问各个教堂，赞助宗教活动，融入社区，鼓励更积极的基督教生活。现代告解室
就是他的发明，这极大地增加了告解的吸引力，让告解不再是公开的耻辱行为，而是对个人进行宗教指导的机会。他带头反击瑞士的异端邪说，并很快自己也成了崇拜的焦点，他先是被提升为枢机主教，在死后又于1610年被教宗承认为圣徒。圣徒崇拜本身就成了特伦托式天主教的标志，虔诚人物不仅被看作模范角色，还被认为是在上帝面前的代求者。
地方圣徒进一步强化了宗教认同感，并协助天主教应对福音派的集体主义。尽管礼拜仪式仍以拉丁语进行，但崇拜的其他方面都以方言进行，还伴有音乐、歌唱和其他旨在加强团结的活动。朝圣活动重新开始，尤其是在魏恩加滕和瓦尔迪恩的两个流血心脏圣祠，它们在宗教改革中幸存了下来。巴伐利亚公爵和美因茨选帝侯保护了它们，使得这些诸侯能够展示他们的天主教身份。16世纪90年代，访客人数已经达到每年1万人，到17世纪20年代，这一数字上升到两倍或三倍，这两地在整个战争期间一直人流络绎不绝，除了被瑞典占领的三年是例外。神圣家族也占据了更重要的地位。约瑟夫的神圣品格得到了强调，他被视为所有基督教家庭的忠实捍卫者和监护人，而圣母崇拜达到了新的高度，多瑙河畔旧厄廷和帕绍这两个朝圣地得到了发展。玛利亚宗教互助会的规模也扩大了，除了神职人员，现在它也接受平信徒，促进了天主教在社区中的整合。到1650年，科隆的互助会会员增加到了2000人，而当时科隆的人口大约为4.5万人。
特伦托改革延伸到天主教会的核心，教宗不仅对新教做出了反应，也对欧洲力量平衡的变化做出了反应，改革了教廷并扩大了外交网络。 [5] 西班牙在1559年战胜法国后，控制了教宗国周围的意大利领土，加强了哈布斯堡王朝对教宗的控制，教宗没有忘记，在1527年洗劫了他的首都的是皇帝的士兵，而不是新教暴徒。教宗认识到天主教需要哈布斯堡王朝作为西班牙和奥地利，以及它们在美洲和印度的海外新帝国的统治者。教宗把自己看作普世教父（ padre commune ），要利用自己的影响力在基督教社区内促成和解。但是政治形势迫使他只能通过各天主教统治者开展工作，而教宗怀疑其中许多人将王朝利益置于教派利益之上。他把法国和其余独立的意大利统治者视为制衡哈布斯堡王朝的力量，被迫将主动权交给其他统治者，以促进天主教在各地的利益。
在新教宣传中，三十年战争是教宗的十字军东征，而耶稣会士则是教宗的冲锋队。耶稣会最初是由依纳爵·罗耀拉（Ignatius Loyola）发起，并于1540年根据教宗法令正式建立的。 [6] 耶稣会有一个明确的使命，即根除新教，他们的创始人将其视为“灵魂的流行病”。耶稣会将首先通过将新教徒和一些不合作的天主教徒从关键位置上赶走，来消除“感染”的病因，然后通过促进天主教生活和教义的活力来恢复教会的“健康”。这样的策略明显非常具有政治性，这使耶稣会有别于嘉布遣会这样的天主教教团，后者延续了方济各会在普通人中间开展工作的传统。枢机主教博罗默派嘉布遣会士前往阿尔卑斯山的村庄，自16世纪80年代以来，他们一直在那里致力于恢复瑞士人和蒂罗尔的哈布斯堡臣民的天主教信仰。相反，耶稣会士从最高层的政治阶层开展工作，他们相信若能赢得一个地区的统治者和精英，社会中的其他阶层就会逐渐跟随。根据罗耀拉的命令，一名耶稣会士于1552年接受了葡萄牙国王告解神父的职位，开启了一系列积极寻求这种职位的政策。新教徒认为这是教宗的阴谋，很快就把告解神父描绘成施展不相称的影响力的邪恶顾问。
甚至在天主教徒中，耶稣会也引起了敌意。更传统的教团憎恨那些爱出风头的耶稣会士，认为他们是通过政治关系获得一系列教堂、学校和其他资产的。还有许多人对他们明显的激进主义感到震惊。1594年，一名精神错乱的前耶稣会士试图暗杀法国的亨利四世，而另一名成员在五年后出版的一本书中为谋杀暴君辩护，因此人们很容易相信他们也是其他阴谋——比如1605年的英国火药阴谋——的幕后黑手。然而，耶稣会士不得不将他们的反宗教改革使命与他们的等级制世界观调和起来，并发展出一种独特的方式来扮演告解神父的角色。他们相信魔鬼诱使君主向异端让步。如果这种情况发生了，他们向君主保证，假如这种让步在政治上是必要的，那么只要一有机会就撤销这种让步，上帝就会原谅他。这样的论点打开了实用主义的大门，可以用表面上的妥协来掩盖好斗的本质。这也符合不同告解神父的不同性格，毕竟他们需要和君主们保持非常私人的关系。灵活务实的马丁·贝坎（Martin Becan）从1620年开始为费迪南德二世服务，但他之后是激进强硬派威廉·拉莫麦尼（Wilhelm Lamormaini），拉莫麦尼一直担任皇帝的告解神父，直到1637年皇帝去世。费迪南德的儿子和继任者选择了约翰尼斯·甘斯（Johannes Gans），后者以热爱美食和更世俗的生活方式而闻名。此外，耶稣会这种不间断地垄断告解神父职位的情况不见于欧洲其他地方，在那里，他们的影响力远小于他们在帝国易于渗透的政治结构中所能得到的。
耶稣会在帝国内迅速扩大，1556年罗耀拉去世时，耶稣会共有1000名成员，帝国内有50名；到1615年，全世界共有13,100名成员，帝国内有1600名。他们的主要职务不是告解神父，而是教师，耶稣会的主要影响来自其作为平信徒和神职人员的教育者的角色。三十年战争爆发时，莱茵兰有22所耶稣会学院，到1630年，德意志南部还有20所，奥地利和波希米亚有23所。入学人数也急剧增加，特里尔学院的学生人数从1561年的135人跃升至1577年的1000人。这些学院为耶稣会在高等教育领域扩张提供了基础，耶稣会士说服统治者授予耶稣会学院以大学地位，这样他们就能够招募来自更富裕和社会背景更好的学生。他们的成功引起了注意，并被邀请接管其他挣扎中的机构。例如，英戈尔施塔特和迪林根的人文学院都是在16世纪中期委托给耶稣会的，而他们在维也纳的活动让他们接管了那里的大学。耶稣会学院的扩张归功于一系列教学方法，这些方法在今天看来是显而易见的，但在当时却是最前沿的。所有耶稣会士都是大学毕业生，所有学院都采用共同的课程，将已有的文法学校的人文主义模式与更深入系统的神学和哲学研究结合起来。任何通过入学考试的人都可以上学，无须缴纳学费。学生们根据能力被分配到不同的班级，学生可以升级，同时每个学校都有一名以上的老师，使得在常规的教学计划之外还可以提供专家指导。这个教育项目在整个德意志社会具有广泛的吸引力，但是那些想要担任更高教会职位的人经常会前往耶稣会的日耳曼学院（ Collegium Germanicum ）。日耳曼学院于1552年在罗马成立，由教宗资助。尽管在三十年战争期间入学人数下降了，但日耳曼学院对帝国教会产生了深远的影响，在17世纪上半叶提供了大约七分之一的主教座堂法政牧师成员。和他们在告解神父方面的影响一样，耶稣会通过教育施加的影响力需要在语境中考虑。帝国内还存在其他天主教大学；1527年后的一个世纪里，新教领地上建立了八所大学；整个帝国的学生总数从1500年的2700人增加到1618年的8000人，这个数字直到19世纪才再次达到。 [7]
耶稣会的影响也被德意志天主教的其他传统削弱了。世俗天主教统治者热衷于打击异端邪说，因为宗教异议一般被视为煽动叛乱的第一步，但是宗教改革的蔓延在很大程度上把天主教限制在帝国的教会领地里。到16世纪中叶，除了哈布斯堡王朝的领土，只有巴伐利亚和洛林仍然是天主教世俗领主的领地。巴伐利亚和哈布斯堡王朝成了耶稣会在帝国内的主要赞助者，因为许多教会诸侯对耶稣会士怀有疑虑。尽管教会领地数量众多，但相对较小，政治机构也不发达。这些地区的政治很大程度上掌握在主教座堂圣职团或修道院圣职团成员手中，他们负责选举主教和修道院长。其他学院教堂（collegiate churches）和宗教机构的存在也分散了管辖权。例如，施派尔的五所学院教堂控制了四分之一的教区，而特里尔大主教辖区的一半都被整合进了不归选帝侯控制的机构和修道院中。 [8] 特伦托会议法令增强了主教监督自治机构和教区神父——他们经常反对别人干涉他们的事务——的权力。帝国大多数中高层神职人员将信仰与生活方式和地方利益联系在一起。这一级别的天主教人士与他们所在地区的贵族精英有着密切联系，共享他们世俗的、文艺复兴式的人文主义观点。长期以来，一直有将非长子和未婚女儿安置在帝国教会的做法，这些人可以得到合适的社会地位和优渥的收入。作为帝国机构，宗教机构和主教座堂圣职团都在帝国宪法中有自己的位置，拥有自己的权利和特权。他们行使地方和特殊的政治管辖权，并与耶稣会士对罗马的忠诚发生冲突。修道院或主教辖区的选举取决于相应的修道院和主教座堂圣职团成员，而这些法政牧师更喜欢和他们观点类似的候选人。就连模范特伦托式枢机主教博罗默，也对教宗的普世主义主张持暧昧态度，他代表了主张应该由资深教士统治教会的会议至上派传统，而这一传统被特伦托会议教宗至高无上的主张所扼杀。帝国教会的政治影响力鼓励了其主要教士不待在自己教区的做法，他们只要有可能就尽量谋得有俸圣职，获得新的教区。特伦托会议的改革只是缓慢地进行，而且只是被选择性实施，仅在17世纪后期，三十年战争结束后很久，才产生了重要影响。
特伦托改革在基层也遭到了强烈反对，在那里，神父作为社区成员生活，他们意识到自己的地位很大程度上取决于教区居民如何对待他们。他们看到的是日常生活中的人，这些人经常被敦促教派统一的好斗分子忽视或误解。教义被改造，以适应当地的实际情况，符合地方的实际和物质利益，导致了多元化，也增加了天主教在帝国内部的力量。
路德改革试图消除的，正是这种异端。路德想改革现有的教会，而非创建一个新的教会，只有当教宗拒绝同意他对教义的解释时，他才质疑教宗的权威。教义在路德宗中处于中心地位，正是这点使其区别于罗马教会，并维持了一个独特的信徒群体。路德视《圣经》为所有真理的来源，并把它翻译成德语，以使它免受教宗的曲解。路德的追随者认为自己是一个福音派运动，只是后来才逐渐采用了“新教”（Protestant）的名字，这个名字源于路德宗诸侯对1529年施派尔帝国议会中天主教多数派采取行动反对异端的决定的正式抗议。争论迫使路德宗信徒在一系列书面声明中界定了他们的信仰，其中最早的是1530年在奥格斯堡的帝国议会上向皇帝提交的《奥格斯堡信纲》（Confession of Augsburg）。
路德强调直接来自《圣经》的上帝话语，削弱了神父作为中间人的作用，并将圣礼简化为只有洗礼和圣餐礼。关于后者，他接受了天主教关于真实临在
的教义，但增加了平信徒对仪式的参与度。路德宗的其他教义也朝着新的方向发展，最重要的是因信称义的概念。这将称义（拯救）与圣化（善行）分开，认为进入天堂是上帝赐予人类的礼物，不可能通过人类行为挣得的。因此，个体不需要陷入罪恶、告解、悔罪和苦修的循环，因为只有上帝决定了谁会被拯救。信徒们应该集中精力过美好的基督徒生活，而不是通过悔罪、善行或购买赎罪券这样的行为来不断为“善死”（good death）做准备。这些想法产生的影响并不都是路德所希望的。路德提出的信徒皆神父的概念含蓄地挑战了现有的政治和宗教等级，为民众激进主义提供了神学基础，最终导致了1524年至1526年的德意志农民战争。农民战争是一次试图解决地方不满的尝试，其中有一个强大的政治愿景，即追求一个在皇帝和“普通人”之间没有任何领主的帝国。尽管被新教和天主教诸侯残酷镇压了，但叛乱对帝国造成了持久的影响。统治者同意让普通民众就自己的不满向法院申诉，从而进一步把领地约束在帝国司法系统中，同时还加强了等级制帝国宪法。这一经历也从根本上改变了路德宗，使其转向更加保守的方向。神学家们重申了世俗权威在监督平信徒和神职人员方面的作用，同时加强了神职人员作为真正教义监护人的地位。
[9]
鉴于帝国内部政治权威四分五裂的状态，每块接受了新信仰的领地都有独立的路德宗教会结构。领地统治者与罗马决裂，承担起了以前领地所在教区的主教或大主教的监督职责。鉴于路德教区分了世俗和宗教事务，主教权力被授予了两个新机构。宗教事务的管理委托给了一个由神学家组成的审议会议（consistory），他们会审查教区牧师，看后者是否讲授得到认可的教义。每位牧师每年至少要进行两百场布道，包括每个星期天两场。布道的草稿必须送交审议会议批准，教堂里也安装了沙漏，以确保教区居民不被敷衍了事。定期布道制度加强了信徒群体的信心，也给世俗当局一个机会，让他们可以方便地传播他们的法令。因此路德宗的教派化冲动可以与国家加强社会纪律的举动相吻合，教会权威和国家权威都寻求服从、节俭和道德。新增的神职人员的薪水来自没收属于统治者政治管辖范围内的天主教会的资产。这一过程以前被称为世俗化，但是这是一个颇具误导性的标签，因为它和英国宗教改革的方案不同，在英国，亨利八世出售修道院土地是用来补贴国家开支的。在德意志，没收天主教会的部分资产被转用于支付诸侯家户或宫廷音乐的费用，但是其他资产被合并到路德宗的“教会财产”（ Kirchengut ）中，并被委托给一个教会理事会，该理事会使用这些资产来维持地区教会。 [10] 一些在路德宗教义中找不到根据的宗教实践被中止，例如天主教修道院中为死者举行的弥撒仪式，但是类似天主教机构开展的其他活动，如救济穷人、提供医院和教育，都被扩大了。
诸侯的政治领导对于捍卫帝国内部的路德宗也是必要的。查理五世皇帝试图通过主持神学家会议来解决教义争议。然而他们未能达成一致，皇帝援引了公共和平法律，因为天主教徒指控新教徒盗窃他们教会的财产，并在他们的臣民中煽动叛乱。1521年，查理五世在沃尔姆斯帝国议会上传唤路德，让他回应教宗的指控。皇帝的最终判决基于他作为信仰捍卫者的传统角色。路德被判为异端，并被置于帝国最高的世俗制裁——帝国禁令之下，他成了一名罪犯，在公共和平的框架下受到追捕和惩罚。
路德宗在诸侯和帝国城市之间的传播加深了分裂，破坏了皇帝判决所依据的法律和宗教的统一。新教徒否认教宗拥有评判教义的权利，声称他们服从上帝，而这种服从高于他们对皇帝的忠诚。宗教改革的政治故事本质上是一系列新教徒试图通过帝国宪法来推迟或废除查理五世1521年的沃尔姆斯法令。尽管新教领地面积更大，人口也更多，但在帝国机构中的数量不如规模较小但数量更多的天主教领地。1531年，在帝国枢密法院面临起诉的威胁迫使萨克森选帝侯、黑森领地伯爵以及其他路德宗诸侯和城市组成了施马尔卡尔登同盟，这开创了一个重要的先例，即在帝国宪法之外成立了一个新教守护同盟。皇帝一直忙于处理法国和奥斯曼帝国的问题，直到1546年才带着一支庞大的军队返回德意志，并在1547年4月的米尔贝格战役中击败了萨克森选帝侯。这场胜利使得查理五世可以用他的方案来强行解决帝国问题。
一份妥协的信仰声明平息了理论上的争议，这份声明被称为《奥格斯堡临时协定》（Augsburg Interim），因为在教宗批准之前，它被认为是临时的。尽管《临时协定》对新教做出了一些让步，但在大多数问题上，它广泛认可了天主教的解释。与此同时，帝国进行了重组，使哈布斯堡王朝更容易管理它。勃艮第和哈布斯堡在意大利的领地被分配给西班牙，而查理的儿子腓力被指定为西班牙的继承人。奥地利、波希米亚和匈牙利被留给查理的弟弟费迪南德，而其余的非哈布斯堡王朝所有的帝国政治体和皇帝形成了一个特殊联盟。萨克森选帝侯的头衔则从反对查理的韦廷家族的长子恩斯特分支被剥夺，并授予在施马尔卡尔登战争中支持皇帝的幼系阿尔布雷希特分支的莫里茨（Moritz）公爵。 [11]
皇帝如此强有力地展示权威令人感到警惕，甚至对其受益者来说也是如此。查理拒绝释放莫里茨公爵的岳父黑森领地伯爵，因此莫里茨在个人动机和政治动机的双重推动下，密谋推翻部分《临时协定》。1552年2月，他通过允许法国占领帝国西部边境的梅斯、图尔和凡尔登主教辖区，赢得了法国的支持。因为查理在帝国内的支持变少了，他选择撤退到因斯布鲁克，留下他的弟弟费迪南德与叛军谈判。费迪南德于1552年6月在《帕绍和约》中批准了莫里茨的要求：确认他的选帝侯头衔，释放他的岳父，暂停《临时协定》，并召集另一个帝国议会来达成最终协议。越来越失望的查理将主动权交给了他更温和务实的弟弟，后者于1555年达成了《奥格斯堡宗教和约》（见下文）。第二年，皇帝将帝国政府交给费迪南德，自己退休到西班牙。两年后，他的去世将哈布斯堡王朝分为奥地利和西班牙两个分支，费迪南德被选帝侯认可为新皇帝。
这些事件对德意志路德宗来说是一场深刻的危机。像萨克森的莫里茨这样有争议的人物有可能让诸侯对宗教运动的领导声名扫地。而武装反对皇帝又使宗教忠诚和政治忠诚陷入冲突。丢给法国的三块领地从未得到皇帝承认，这表明寻求外部帮助捍卫宗教自由是危险的。更根本的是，未能就政治行动达成一致助长了教义上的分歧。路德于1546年去世，恰逢一个危机时刻，因为他的追随者面临着一个严峻的选择，要么妥协他们的核心信仰，要么挑战皇帝，让帝国陷入内战。实用主义者追随菲利普·梅兰希顿（Philipp Melanchthon），他代表了路德宗的伊拉斯谟式人文主义一派，已经准备接受传统宗教的一些外围元素，以换取在帝国宪法内的承认。他们的对手自称是真路德宗（Gnesio Lutherans，Gnesio在希腊语中指“真实的东西”），坚持1530年最初的《奥格斯堡信纲》，拒绝接受梅兰希顿于10年后在路德默许下所做的《奥格斯堡信纲修订版》（Augsburg Confession Variata）。对他们来说，《临时协定》只是走向完全灭亡的第一步，他们倾向于持一种末世的看法，认为在真正的基督徒和敌基督者之间存在着一场最后的斗争。他们的象征是马格德堡市，该市在1552年11月被帝国军队占领之前一直无视《临时协定》。
双方派别都为这些冲突而分裂。真路德宗清洗了其更极端的成员，后者通常被称为弗拉奇派（Flacians），这个名字来自克罗地亚人马蒂亚斯·弗拉齐乌斯（Matthias Flacius），他因为看到了畸形婴儿这样的事情，认为人类正在身体上堕落，这预示着世界末日即将到来。而那些更为正统的成员来自宗教改革后长大成人的年轻人，他们在新的路德教会机构中开始自己的职业生涯。他们放弃了梅兰希顿派最终与天主教徒和解的希望，而是试图去让天主教徒改宗。一些路德宗信徒因为不确定性回归了天主教，或者信奉更极端的福音派信仰。作为福音派诸侯的领袖，萨克森选帝侯试图在1573年后促成妥协。萨克森宫廷传教士在1577年至1580年间编纂了《协和书》（ Konkordienbuch ），该书认可了真路德宗关于其信仰的解释，拒绝了弗拉奇派和梅兰希顿派的大多数观点。萨克森努力赢得了新教帝国政治体的认可，到1583年，说服了20位诸侯、30位其他领主和40个城市接受这项新声明。 [12]
反对者将这种强加正统观念的行为批评为《不和之书》（Book of Discord），声称它牺牲了宗教改革真正改变基督教生活的潜力。寻求这种“第二次宗教改革”的人与法国改教家约翰·加尔文（Jean Calvin）的神学联系在一起，他的思想在《奥格斯堡宗教和约》签署之后传播到了德意志地区。大约在1560年左右，普法尔茨选帝侯的皈依给新运动带来了相当大的推动，并帮助确保了帝国内的加尔文宗是由诸侯而不是更卑微的人领导的，这不同于欧洲其他地方。到1618年，大约有20位伯爵和小诸侯跟随了选帝侯的榜样，但是黑森领地伯爵（1603）和勃兰登堡选帝侯（1613）是其他仅有的公开信奉新信仰的重要统治者。
他们自称归正宗，因为加尔文宗一词有非法教派的意味。他们的目标是通过根除仪式和教义中的“天主教迷信”的残余来完成路德的改革。主祭坛和神职人员的法衣被逐出教堂，而绘画和雕塑被打碎，以表明这些宗教物品本身毫无能力。牧师选择了严肃的学院装，表现为有资格布道和教导的专业人士。一些有着悠久历史的教义元素被排斥，例如婴儿接受洗礼时的驱邪仪式和做弥撒时真实临在的概念——加尔文宗憎恶基督的身体存在于圣餐中这样的想法，因为这意味着当酒和薄饼通过教众的消化系统时，基督的身体会变成排泄物。圣餐礼变成了一个纪念仪式，教区居民围着桌子吃饭，东弗里斯兰人甚至喝啤酒而不是葡萄酒。
然而，像路德一样，加尔文也在新的方向上发展了一些天主教思想。其中在政治上最重要的是他对预定论的强调。这给了他的宗教充满活力的自信，同时在一些追随者心中种下了怀疑和迟疑不决的种子。早期的基督教会谴责了这样一种观点，即人们仅仅通过自身的功德和遵循基督教教义就可以获得永恒的回报。圣奥古斯丁认为，只有上帝决定了谁被拯救，而且，因为这一决定发生在出生之前，因此有些人注定是要被拯救的“选民”。加尔文拒绝了这条天主教的解释，因为这意味着上帝不够强大而无法拯救被遗弃的人，他发展了自己的双重预定学说，在这种学说中，上帝同时选择了选民和被遗弃者。他反对个人猜测自己的命运，认为信徒只需相信上帝，信仰会引导他们远离罪恶，走向一种遵守戒律的生活。然而，怀疑不会轻易消失，这导致许多加尔文宗信徒在面对逆境时自信心会崩溃，因为他们认为，这些个人的挫折表明他们不在上帝的选民之列。
伴随着这些信念的还有一种新的生活信条。加尔文给日内瓦教会的重组提供了一个范本，其他地方的追随者在不同程度上复制了这个范本。帝国“第二次宗教改革”是由诸侯主导的，这意味着德意志加尔文宗教徒通常已经有了一个新教教会结构，因为新信仰的皈依者来自路德宗信徒，而不是天主教徒。大多数皈依加尔文宗者都是直到最近才建立了一个路德宗教会，他们只是在原有教会基础上进行改造。一个相互监督的制度建立了起来，鼓励教区居民和牧师报告彼此对教义的忠诚和道德标准。这些社会纪律管理方法在16世纪后期对诸侯和城市当局很有吸引力，因为他们努力控制通货膨胀、人口增长、就业不足和贫困加剧带来的问题。路德宗和天主教徒也同样希望教义上的纯洁性与道德上的革新相一致，但是纪律驱动与加尔文神学的其他方面相结合，使其追随者相信自己是早期教会的真正继承者。
加尔文宗的国际特征加强了其基要主义倾向，它的追随者分散在欧洲各地，在哪里都不占多数。路德宗可以从人文主义民族传统中找到依据，把真实和诚实视为真正的德意志（ Teutsch ）特征，与外国人（ Welsch ）——尤其是阿尔卑斯山以南的人——的狡猾形成鲜明对比。丹麦人和瑞典人也有类似的文化传统，而且与其德意志同宗一样，他们也可以把各自的新路德教会与民族对罗马的蔑视联系起来。相比之下，加尔文宗扎根于各城市和诸侯领地，没有一个明显的中心。每个新社区都希望从其他地方已经获得官方地位的社区获得指导和支持。作为主要的帝国政治体成员，普法尔茨选帝侯对德意志加尔文宗来说是最明显的选择，1563年的《海德堡教义问答》（Heidelberg Catechism）成为帝国的主要模式，自16世纪80年代以来开始取代来自日内瓦的影响。1560年至1610年间，有200多名匈牙利和500多名法国学生就读于海德堡大学，加强了普法尔茨选帝侯在其他地方信徒中的地位。选帝侯还建立了新的弗兰肯塔尔镇，欢迎逃离战乱的法国胡格诺派和尼德兰加尔文宗难民；法国和尼德兰分别于1562年和1566年爆发了宗教战争。加尔文宗教徒习惯于通过《圣经》的例子来解释当代事件，他们把自己看作以色列人。学生和难民有着共同的在路上艰难生活和在新社区找到一个家的经历，这在他们之间建立了一种联系，即使在个体返回家园或搬到别处之后，这种联系仍会持续。信徒们认为他们自己的地方斗争是更广泛的正义与邪恶斗争的一部分，尤其是当西班牙干预法国和尼德兰内战时，他们更加觉得自己面临着同样的国际天主教阴谋，在每一个转折点正义者都在遭受挫败。
到16世纪后期，各种互相竞争的基督教派系出现，这表明社会正被宗教深深分裂。日常生活的许多方面都变得教派化，在各社区之间甚至社区内部设置了无形的障碍。一个人的信仰可以从他或她的名字中看出，约瑟夫和玛利亚在天主教徒中越来越受欢迎，加尔文宗教徒拒绝了圣徒的名字，而是从《旧约》中选择了亚伯拉罕、但以理、撒迦利亚、拉结、撒拉等名字。路德的《圣经》译本将他的萨克森方言传遍了德意志中部和部分北部地区，成了正确的书面形式，耶稣会对高级德语的标准化在南部巩固了其地位。当一个地区改变了宗教信仰时，它的书面语言也随之改变，对个人皈依者来说也是如此，比如小说家格里梅尔斯豪森，他从小信奉路德宗，但在三十年战争中改信了天主教。其他艺术活动也部分被教派化了。加尔文宗教徒拒绝一切戏剧，而路德宗在学校中，耶稣会在学院中使用戏剧。天主教的布道集中在圣母和圣徒身上，而路德宗和加尔文宗的则集中在道德上。 [13]
最明显的分歧莫过于计时。教宗格列高列十三世下令在1582年10月15日将日期提前十天，此后新年将从1月1日开始，而不是3月25日，以便使历法符合科学计算。哈布斯堡王朝和德意志地区天主教徒在1584年采用了新的公历，但是，尽管像约翰尼斯·开普勒（Johannes Kepler）这样的新教科学家赞成改革，但新教神职人员拒绝任何来自罗马的东西，还有一些轻信的人相信教宗试图偷走他们生命中的十天。自《奥格斯堡宗教和约》以来，路德宗信徒和天主教徒正式生活在一个帝国中，这种差异变得更加明显。奥格斯堡十分之九的人口是路德宗信徒，但是《奥格斯堡宗教和约》使得这座城市正式成了一个双教派城市。经过艰难的谈判，城市长官于1586年实施了新的历法，但是新教徒继续庆祝“他们的”星期天，并去边境之外的教堂做礼拜。
然而，有相当多的证据表明，当时社会没有像18世纪初那样教派化。在17世纪30年代被瑞典占领之前，奥格斯堡不同教派之间的通婚和社会交往仍然相当普遍。新教徒和天主教徒在同一个酒馆里一起喝酒，没有法院有教派斗殴的记录。只有在《威斯特伐利亚和约》之后，当地方法官将这种双教派的并行方式在法律上推向极端时，手工艺行会才隔离开来。来自其他地区的证据表明，奥格斯堡的市民在这种务实的态度上并不是独一无二的。 [14] 有些人在表面上遵从当地教派，而在内心中则是异见者。其他人选择了他们认为在日常生活中最有意义和最有用的信仰和实践，而不考虑其是否正统。商人视利润高于宗教虔诚，不管是谁只要愿意买他们都会卖。虽然不可能完全逃避审查，但帝国的政治分裂还是为传播和接受各种观点提供了机会。
也许最重要的是，所有教派的基要主义者都在努力往一个有着前宗教改革时代丰富遗产的社会上打上自己独特的思想和行为印记。15世纪传播的人文主义教育理念继续影响着学校、大学和文学团体，无论这些机构所属的教派是什么。尽管课程内容可能有所不同，但教学形式至少提供了一些共同之处。此外，富有的人继续保持着在学习期间就读几所学校的传统，而不考虑它们的所属教派。对古典形式的普遍尊崇有助于将思想交流提升到宗派冲突之上，甚至在战争期间，皇帝也选择把帝国桂冠诗人的头衔授予新教徒。 [15] 人文主义者中还有伊拉斯谟的例子，他追求更私人的信仰，不受神职人员的监督。费迪南德一世及其继任者马克西米连二世都赞助了一些人文主义学者，这些人在分裂的教派中寻找共同的元素，以作为联合基督徒的基础。当帝国享受和平的时候，法国和尼德兰陷入教派分裂导致的暴力——特别是1572年的圣巴塞洛缪大屠杀，天主教徒在巴黎的一个胡格诺派婚礼上大开杀戒——这让人们进一步思考。皇帝的主要军事顾问拉扎鲁斯·冯·施文迪（Lazarus von Schwendi）写道，这种暴力会削弱帝国对抗奥斯曼人的能力，而奥斯曼人则对所有基督徒都构成了威胁。他的宽容提议表明了一种类似于法国政治派（ politique ）立场的方法，即通过将对一个强大君主国的忠诚置于宗教利益之上来寻求和平。然而，还有其他人走得更远。帝国财长撒迦利亚·盖兹科夫勒（Zacharias Geizkofler，从名字可以看出他是一个新教徒）认为世俗权威无权干涉良心事务，宽容应该来自相互理解，而不是政治上的权宜之计。
虽然盖兹科夫勒是少数派，但很明显，16世纪的欧洲人同时生活在多个精神世界中，他们可以接受不同的想法而不试图去调和它们。在今天看来不合逻辑和不相容的事情在当时不一定显得如此。敌对气氛无疑在增长，特别是当那些只知道一个教派分裂的世界的人于1580年左右长大成人并占据要位之后。但是我们不可能将1618年战争的爆发直接归因于这种情绪。为了理解宗教和战争之间的联系，我们需要回顾《奥格斯堡宗教和约》，并研究教派分歧是如何与宪法争端交织在一起的。