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支配明代思想界的儒家学说为朱子学。因为永乐时，坊间有《四书五经大全》一书，其内容悉依据朱子学说而编纂。当时之科举考试悉依据这《四书五经大全》之说行之。故士林的思想无出乎《四书五经大全》以外者。象山之学，当时视为禅学，视为异端。但朱子博古通今，明初的宗朱学者，从说格物穷理，实际只就朱子所著的《近思录》或此等书而研究，其学识非常浅陋。阳明出版《古本大学》时，当时的学者，尚有不知除朱子的《大学章句》之外有《古本大学》者。由此可知，当时学者的固陋。故徒说“居敬穷理”，而不知反省其心。阳明初研究佛老，后认道家长生不老之说的可笑，又悟佛家的弃人伦出家思想的反乎自然，因绍述象山的“心即理”说，标榜“致良知”，说“知行合一”之说，以反抗朱子之说。兹提要揭其学说与朱子学说迥异之点于后。
朱子对于“理气”之说，视为二物，而立二元论。阳明的理气观，则认为一物的两面，而倡对等的一元论。
朱子的“性论”，谓性的本体即“未发之中”，不可以“善”“恶”名。其所为善，是已发之和，偶然与阳明之说，大致相同。但阳明谓性体的发用，必借气行之。故告子的所谓“四端”，即不外乎气。故性即气、气即性，二者如二，二实为一。禀受后之性，是不可分的。关于此点，朱子号称禀受后之性为气质之性，而认性、气的不可离，然性、气之间犹设截然的区别。故其观点，因以不同。这是因为朱子执理气二元论，阳明执理气一元论，由此而生的自然的归结。
“心”与“理”的关系，朱子认为虚灵气中具有性的理者为心，即寓于理的气中者为心。换句话说，即理与气相合，而成为心，将两者区别而观。阳明则据象山之说，认为心即理，视心与理二者为同一之物。朱子之说，认心主乎一，而实管乎天下之理；阳明之说，认心虚灵不昧，众理具而万事出。
致知格物之说，朱子认“知”为知识之知，“物”为事事物物，致知格物为“即物穷理”之意。万物之理，号“皆备于吾心”，然不学，则不知理，故即物穷理，以开发吾心。阳明认“知”为良知，格物之“格”为“正”之意，故物为意之所在。吾人的良知灵昭明觉，但蔽于物欲，即失其真，故当格物，去人欲，存天理，复其良知于至极。致良知的工夫，静坐固有效，但不过其一法。此外，必在事上磨炼。这一点，与宋儒的致知格物专事静坐者不同。
“知行合一”说为阳明的主张。朱子则主张“先知而后行”说。这是由于对格致的认识各异而然。盖朱子认“知”为经验的知识，故广穷事物之理，即至于知，故倡“先知后行”说。阳明认“致知”为致我的良知于意之所在的事物上，故有“知行合一”说。
阳明在大人教育论中，释《大学》一书中所论为“大人之学”，《大学》是谈圣道、伟人修养论的书，与朱子之释《大学》为“大学教育论”之见不同。朱子之所谓“大学”，是与小学相对而言的大学。朱子认《大学》三纲领之“在亲民”中的“亲民”二字应改为“新民”；阳明则主张仍存其旧，作“亲民”二字，亲民则所以明明德，为明明德的手段。又“止于至善”，朱子认为至善当于事事物物中求之，阳明在至善为本然之性，为良知，“止至善”则为复本然之性。再朱子研究《大学》一书，以“格物致知”为主眼，阳明则以“诚意”为眼目，格物只为诚意之功。诚意之极不过止于至善。至于“至善”之则，为致知。
