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近代中国，实学待兴，崇尚虚诞，迷信盛行，窒塞民智。尤其广大农村有病就延女巫，巫祝盛行。知识分子多学习儒道等有关政治的学问，但也多兼理佛道，其余皆迷信神权，人们缺乏基本的科学常识和医疗卫生知识。传统社会女权不兴，妇女以文盲居多，更为迷信巫蛊之术，每月有固定日期赴寺庙焚香拜佛，祈福免祸，问病求子，烧香还愿。家中有事，或请巫婆跳神，山水树石皆可奉为神灵。迷信观念、迷信风俗与民众的生活、生产、信仰、政治认同、偶像崇拜等紧密结合，构成了中国人民大众的独特的文化形态。
知识匮乏是迷信盛行的重要原因，梁漱溟分析“知识既缺乏不明白这些现象的所以然，不免为初民思想之遗留，又加以他的夙养，总爱于尚未检验得实的予以十分之肯定，于是就进一步而为有神有鬼等等思想了。”
在近代启蒙者看来，封建统治者“以专制之政，驭迷信之俗”，维系正统信仰秩序、意识形态和正统的话语体系，实现对臣民的教化，控制民众的精神世界，因此迷信为专制政治提供了便利的环境，使中国“成一麻木不仁之世界”
，统治腐朽，人民盲从，发展停滞。
近代知识分子认为人们知识的缺乏，实质就是无科学。“士不知科学，故袭阴阳家符瑞五行之说，惑世诬民，地气风水之谈，乞灵枯骨。农不知科学，故无择种去虫之术。工不知科学，故货弃于地，战斗生事之所需，一一仰给于异国。商不知科学，故惟识罔取近利，未来之胜算，无容心焉。”
可见，他们将迷信与科学作为旧时代旧秩序与新时代新秩序的分界，认为人民的蒙昧阻碍了中国农工商的现代化发展，使中国严重依赖于西方，无法独立自强。科学成为近代精英改造民众思想和行为方式的工具。更有进步思想家开始大力宣扬唯物主义思想，“破宗教之迂说，除愚朦之习见，而后见理即真，卓然独行，流万人之血不顾，犯一世之怒而人恤，惟知有真理真福，而不知其他，伟矣哉，唯物论之功乎！”
高举近代科学旗帜，崇尚知识，追求理性，破除迷信，培育新国民的科学精神，增进新国民的科学素养，成为批判旧秩序的价值形态和重树公理以及担负救亡责任的重要手段。