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长期以来，学术界流传着一句话：医源于巫。证据之一，是《山海经》中，巫师掌管医药：
大荒之中……有灵山，巫咸、巫即、巫朌、巫彭、巫姑、巫真、巫礼、巫抵、巫谢、巫罗，十巫从此升降，百药爰在。 （《山海经·大荒西经》）
第二条是《论语·子路》中，孔子援引南方人的话说：“人而无恒，不可以作巫医。”
然而，这两条都只能说明，在古代，巫师往往兼做医生，而不能说明医疗就是源于巫术。因为在古代，任何科学门类，几乎都掌握在巫师，或者用一个更普遍的词——神职人员手里。其中最典型的，就是天文学。无论是古代中国还是西方，几乎所有的天文学家，同时都是占星家，包括身处近代世界门口的天文学家第谷。然而天文学的知识仍然是科学家族的成员。
有人考察中国古代“医”字的演变，起初写作“毉”，后来写作“醫”，以此证明医源于巫。其实，这只能说明，医学曾经混于巫，而且后来摆脱了巫术的控制。
从许多高级动物都有自我疗病的情况判断，最初的人类也应有一些最简单的自我医疗能力。巫术用于疗病，当是后来发生的事情。由于产生了鬼神观念，鬼神就被认为是致病的重要原因之一。当人类社会出现了分工，也就出现了一部分依靠他们的知识获取生活资料的人士。当时的知识，应该比较简单，一个人几乎能够全部掌握，这就是所谓诞生知识全才的时代。在这些知识中，有医疗的，也有宗教和巫术的。这就是所谓巫医不分的时代，也是所谓医源于巫的现实根据。其实就在这样的时代，巫者医病也不是全用巫术，这和后来巫、医有了比较明确分工的时代，情况也并不相同。《山海经》在介绍“十巫从此升降”的“灵山”的时候，同时指出了“百药爰在”。这样的介绍说明巫与药是有联系的，而且巫是用药的人。而医术和巫术虽然同在一人之身，却仍然是并行而不悖的两套技术。
在《周礼》中，医和巫就分别由不同的人担任，巫一般不再兼任医的工作。而据《左传》等文献记载，鬼神致病说在许多情况下遭到了否定。郑国著名政治家子产否认晋平公的病是山川之神所致，孔子赞扬楚昭王不用巫术祛病，都是医学排斥巫术的著名例子。据《史记·扁鹊仓公列传》，扁鹊明确地把信巫不信医作为疾病致死的原因之一：
故病有六不治：骄恣不论于理，一不治也；轻身重财，二不治也；衣食不能适，三不治也；阴阳并，藏气不定，四不治也；形羸不能服药，五不治也；信巫不信医，六不治也。
虽然在古代，巫术治病一直是一个严重的社会问题，至今也未能绝迹，甚至在某些情况下还会广泛流行。但医生对于巫术的排斥态度，在较早的春秋战国时期已经存在，这是科学进步的重大标志。