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先秦时期，古人对气象状况进行分类，并且认为人的疾病成因，与气候相关。
《尚书·洪范》把气象状况分为五类：
八、庶征：曰雨，曰旸，曰燠，曰寒，曰风。
《左传·昭公元年》载，秦国大夫医和论述疾病成因时，把气象状况分为六类：
天有六气，降生五味，发为五色，征为五声，淫生六疾。六气，曰阴、阳、风、雨、晦、明也。分为四时，序为五节，过则为灾。
这五类或六类，是古代文献中对气象状况最早的分类之一。其中所谓“分为四时”，是说一年的四个季节，乃是天的阴阳等六气的表现。“序为五节”，杜预注认为是“得五行之节”。孔颖达《正义》认为，一年有三百六十五日，“序之为五行，每行得七十二日有余。土无定方，分王四季，故每季之末有十八日，为土正王日”。这样的注解是否符合原意，今天已难以查考了。可以明确的是，所谓“淫生六疾”“过则为灾”，就是说，如果气候状况不正常，就会导致疾病。
这是中国古代最早的病因说，也是中国医学病因学的基础理论。
在《管子》一书中，则把一年的气候状况分为五段，每段七十二日。至少在战国时期，就形成了二十四节气的划分。由于《逸周书·时训解》明确地讲到了二十四节气的名字（立春、雨水、惊蛰、春分、清明、谷雨、立夏、小满、芒种、夏至、小暑、大暑、立秋、处暑、白露、秋分、寒露、霜降、立冬、小雪、大雪、冬至、小寒、大寒），因此，二十四节气的形成时代可能要早得多。《逸周书·时训解》还有“七十二候”说，把时间段缩短到五天之内：
立春之日，东风解冻。又五日，蛰虫始振。又五日，鱼上冰。
雨水之日，獭祭鱼。又五日，鸿雁来。又五日，草木萌动。
二十四节气、七十二候也是对于气象变化的人为划分。这种划分的根据，是我国，主要是中原一带气候逐年循环变化的实际，它反映着我国先民对于所在地气候状况的认识。由于这种认识的正确性，所以二十四节气、七十二候迄今仍然在一定范围内流传和使用。由于中国古代医学认为气候的变化是导致疾病的原因，所以对气候的划分也具有重要的医学意义。
中国古人在长期生产和生活的实践中，至少在战国时期，就形成了所谓“人与天地参”的思想。这种思想表明，人在自然界，也是在至上神面前，不只是一个被动的、听命的角色，而是可以和自然界或至上神并列的、参与自然界种种变化的力量。
“人与天地参”思想的前身，首先是“天工人代”思想。天工人代思想首先见于《尚书·皋陶谟》，是皋陶对大禹的告诫：
无教逸欲有邦，兢兢业业，一日二日万几。无旷庶官。天工，人其代之。
署名孔安国的《尚书传》解释道，这是“言人代天理官”。孔颖达《正义》：“此官乃是天官，人其代天治之。”苏轼《书传》：“天有是事，则人有此官。官非其人，与无官同，是废天事也，而可乎！”蔡沈《书经集传》：“天工，天之工也。人君代天理物，庶官所治，无非天事。苟一职之或旷，则天工废矣，可不深戒哉！”也就是说，治国的各种事务，是天的工作，由人来完成。
这里所说的天，有时也称天地，既是和人对立的整个自然界，也是人们信仰的至上神。因此，天工人代，是一个政治问题上的宗教观念，也是一个人在自然界地位的科学概念，表现在生产领域，就是认为，人能够在一定程度上，靠努力掌握自己的命运。
《墨子·非命下》指出，王公大人治理国家，“强必治，不强必乱”。卿大夫做官，“强必贵，不强必贱”。农夫种田，“强必富，不强必贫。强必饱，不强必饥”。妇女纺织，“强必富，不强必贫。强必暖，不强必寒”。墨子不否认上天意志的存在，但认为人自身的努力，对于自己的命运，具有重要的，甚至决定性的意义，因为上天喜欢的，就是这种努力奋斗的人。而且无论是治国还是生产，都是一个道理。墨子的言论表明，人们正是从国家的兴亡中，从生产的效果中看到，人的努力和上天的意志，具有同等重要的意义。
图2-1 墨子像（《列仙全传》，明万历二十八年[1600]刻本）
对人在世界上地位的认识，在战国时期被概括为“人与天地参”的命题。被认为是孔子之孙子思所作的《中庸》指出：
唯天下至诚，为能尽其性；能尽其性，则能尽人之性；能尽人之性，则能尽物之性；能尽物之性，则可以赞天地之化育；可以赞天地之化育，则可以与天地参矣。
所谓“尽其性”，就是清楚地认识到自己的本性并且充分发挥出来。“尽人之性”，就是清楚地认识别人的本性并且使之充分发挥出来。“尽物之性”，就不仅要充分发挥人的本性，而且要充分发挥所有物的本性。物，和人相对，主要指自然物。也就是说，从自身开始，弄清人和物的本性，就可以赞助天地的“化育”工作。朱熹《四书章句集注》：“赞，犹助也。与天地参，谓与天地并立为三也。”也就是说，在化育包括人在内的万物这个工作中，人，和天，和地，具有同等重要的作用，因而并立为三。所以天、地、人，在中国古代，被称为“三才”。
从宗教的意义上说，天地是神祇。但人并不是只能听从神祇的意志，而是和天地神祇一道，担负着创造人类幸福的工作：
夫大人者，与天地合其德，与日月合其明，与四时合其序，与鬼神合其吉凶。先天而天弗违，后天而奉天时。天且弗违，而况于人乎？况于鬼神乎？ （《周易·乾·文言》）
在荀子看来，天地也是大神：
故天之所覆，地之所载，莫不尽其美，致其用，上以饰贤良，下以养百姓而安乐之，夫是之谓大神。 （《荀子·王制》）
唐代杨倞注：“能变通裁制万物，故曰大神也。”
但人可以和天地相参：
故天地生君子，君子理天地。君子者，天地之参也，万物之总也，民之父母也。 （《荀子·王制》）
不仅是君子，一般人，只要师法圣人或君子，就能和天地神明相参：
并一而不贰，则通于神明，参于天地矣。 （《荀子·儒效》）
至此为止，《中庸》、《周易》和《荀子》所说的与天地参、可以赞天地化育的，还只是圣人或大人、君子或儒者。
以上所论，多是在政治和道德领域。在生产领域，与天地参的，就不仅是圣人和君子的事业。《荀子·富国》道：
今是土之生五谷也，人善治之，则亩数盆，一岁而再获之；然后瓜桃枣李一本数以盆鼓，然后荤菜百疏以泽量，然后六畜禽兽一而剸车，鼋鼍鱼鳖鳅鳣以时别一而成群，然后飞鸟凫雁若烟海，然后昆虫万物生其间，可以相食养者不可胜数也。
这样的事，是农夫的事。然而农夫这样的事，又是关系国家贫富的大事：
兼足天下之道在明分。掩地表亩，刺草殖谷，多粪肥田，是农夫众庶之事也。守时力民，进事长功，和齐百姓，使民不偷，是将率之事也。高者不旱，下者不水，寒暑和节，而五谷以时孰，是天下之事也。 （《荀子·富国》）
圣君贤相，如果能领导好这些事情，即使有水旱灾害，百姓也不会有饥寒之苦。无饥寒之苦，国家统治就稳定，政权就巩固。在这里，农夫的工作，和将帅、君相的工作，具有同等重要的意义。
在这种情况下，与其希望上天降给自己幸福，不如自己动手，创造自己的幸福：
大天而思之，孰与物畜而制之？从天而颂之，孰与制天命而用之？望时而待之，孰与应时而使之？因物而多之，孰与骋能而化之？思物而物之，孰与理物而勿失之也？愿于物之所以生，孰与有物之所以成？故错人而思天，则失万物之情。 （《荀子·天论》）
荀子是个儒者。和所有儒者一样，认为天是大神，最高神。天命也是存在的。但问题是如何对待天命，在荀子看来，正确的办法是“制”。制，杨倞注：“颂者，美盛德也。从天而美其盛德，岂如制裁天之所命，而我用之。谓若曲者为轮，直者为桷，任材而用也。”也就是说，“制天命”的意思，就是根据天所能给予的，加以合理利用。这就是赞天地化育，与天地相参。因为天是公正的，天、地和人，各有自己的职责：
天行有常，不为尧存，不为桀亡。应之以治则吉，应之以乱则凶。强本而节用，则天不能贫。养备而动时，则天不能病。修道而不贰，则天不能祸。故水旱不能使之饥，寒暑不能使之疾，祅怪不能使之凶。
本荒而用侈，则天不能使之富。养略而动罕，则天不能使之全。倍道而妄行，则天不能使之吉。故水旱未至而饥，寒暑未薄而疾，祅怪未至而凶。受时与治世同，而殃祸与治世异，不可以怨天，其道然也。 （《荀子·天论》）
天的职责，是人所不能干预，也不该妄想去干预的。人的职责，则是必须尽力去做的。人而不尽人的职责，就一定会遇到贫病凶险；尽到了人的职责，就一定会富有和健康。在这里，所有人都是一样的。这是中国古人对人在天地之神面前的作用的基本看法，也是对人在自然界位置的基本认识。其中的“养备而动时，则天不能病”“修道而不贰，则天不能祸”“寒暑不能使之疾”，则具有重要的医学意义。因此，“人与天地参”的思想，也是中国古代医学的基本指导思想。
相对于自然界，人是认识的主体。然而人体也是自然界的一部分，对人体的认识，也就成为自然科学的重要内容之一。在中国古代，对人体的认识还没有从医学中分离出来，而是医学的组成部分和医术的基础。
在中国古人看来，疾病，是人体偏离了正常的自然状态。要归复正常，首先要明白偏离的原因。先秦时期，古人已经清楚地认识到“知病因”的重要。《墨子·兼爱上》：
譬之如医之攻人之疾者然，必知疾之所自起，焉能攻之？不知疾之所自起，则弗能攻。
不过在墨子看来，患病的原因是多种多样的：“子墨子曰：‘虽使我有病，何遽不明？人之所得于病者多方，有得之寒暑，有得之劳苦。’”（《墨子·公孟》）对病因做出理论说明的先秦文献，是《左传·昭公元年》记载的著名医生医和的言论。在论述“天有六气，降生五味……淫生六疾。六气，曰阴、阳、风、雨、晦、明也……过则为灾”之后，医和继续说道：
阴淫寒疾，阳淫热疾，风淫末疾，雨淫腹疾，晦淫惑疾，明淫心疾。女，阳物而晦时，淫则生内热惑蛊之疾。今君不节不时，能无及此乎？ （《左传·昭公元年》）
这是一段著名的病因论。晋平公病重，先是郑国大夫子产来探望，认为是“出入饮食哀乐之事”引起的，不是山川鬼神作怪。然后就是医和，认为病因是生活“不节不时”，即荒淫过度引起。并由此上溯到根本，认为六气过度，是疾病的原因。其中阴、阳、风、雨，基本上是气候因素。晦，杜预注：“夜也。”“晦淫惑疾”，是说“宴寝过节，则心惑乱”，即夜间生活不节制，特别是性欲过度。明，杜预注：“昼也。”“明淫心疾”，是“思虑烦多，心劳生疾”。这样的病因说，奠定了后世医学病因说的基础。
探讨病因之后，就是对疾病本身的认识。在逻辑上，明白了病因才好给疾病分类。在历史和实践中，人们则是先认识了疾病，然后才去寻找病因。
《山海经》中，对疾病已经有了分类的苗头。不过大多只是随病定名，还没有系统的区分。据《山海经》记载，到商周时代，对疾病已经有了更高的自觉。据《左传》，医和按六气将疾病分为寒、热、末、腹、惑、心六类。《周礼》则按季节把病分为痟首疾（春）、痒疥疾（夏）、疟寒疾（秋）、嗽上气疾（冬）。《吕氏春秋》按部位把病分为肿、风（头部），挶、聋（耳部），鼽、窒（鼻），胀、府（腹），痿、蹶（足）等。
相应于疾病分类，药物也有了分类。《周礼·疾医》将药物主要按味道分为六类：
凡药，以酸养骨，以辛养筋，以咸养脉，以苦养气，以甘养肉，以滑养窍。
相应于疾病和药物的分类，是医疗的分科。据《周礼》，宫廷医生分为食医、疾医和疡医。食医是营养医，疾医相当于内科，疡医相当于外科。主管治疗动物疾病的是兽医。据《史记·扁鹊仓公列传》，扁鹊根据病人需要，曾经做过“带下医”（妇科）、“耳目痹医”（耳鼻科）、小儿医（儿科）等。每一科治疗一类疾病，大类下面又有小类。比如疡医，“掌肿疡、溃疡、金疡、折疡之祝药劀杀之齐”。
这些分类，是后代疾病和医药的分类、医疗的分科的出发点，同时也经受着医疗实践的检验。
现代医学，解剖学是医疗的基础。然而历史和实践的顺序，也是在对疾病有了相当的认识之后，才有解剖学的发展。
从《周礼》和《吕氏春秋》对疾病的分类来看，对人体部位的认识还都局限于肉眼可见的外部形态，如头、耳、腹、足等。谈到疾病的治疗，则已经涉及人的内脏：
两之以九窍之变，参之以九藏之动。 （《周礼·天官冢宰·疾医》）
《庄子》一书，则认为人有六脏：
百骸、九窍、六藏，赅而存焉，吾谁与为亲？ （《庄子·齐物论》）
但更多的，是五脏：
多方乎仁义而用之者，列于五藏哉！ （《庄子·骈拇》）
多方骈枝于五藏之情者，淫僻于仁义之行。 （同上）
故君子苟能无解其五藏，无擢其聪明…… （《庄子·在宥》）
尧舜于是乎股无胈，胫无毛，以养天下之形，愁其五藏以为仁义…… （同上）
《吕氏春秋》则认为人有五脏，且还提到了六腑和三百六十节：
五曰：凡人三百六十节，九窍、五藏、六府。肌肤欲其比也…… （《吕氏春秋·恃君览·达郁》）
三百六十节，显然是为了拼凑与每年三百六十余日的对应。五脏六腑，则成为后来中国医学人体解剖的标准数据。
《史记·扁鹊仓公列传》载，扁鹊服用了神人的药，可以看见鬼神，看病时能够“尽见五藏症结”。这是神话，但说明先秦时代的医学要求了解人体内部结构的迫切愿望。
古代治疗的方法有多种。《周礼·疾医》“以五味、五谷、五药养其病”，表明合理的食物也是治疗方法之一。然而最普遍和基本的方法，还是服药。《吕氏春秋·慎大览·察今》：“譬之若良医，病万变，药亦万变。病变而药不变，向之寿民，今为殇子矣。”据先秦文献所载，改变的不仅是药，还有治疗的方法。
《吕氏春秋·仲冬纪·至忠》载，齐愍王“病痏”，召名医文挚治疗。文挚“不解屦登床，履王衣，问王之疾。王怒而不与言。文挚因出辞以重怒王。王叱而起，疾乃遂已”，这是一种精神疗法。
服药之外，中国医学的一大特色，就是针灸，也叫针砭，说明最初是用石器的锋锐部刺激人体，达到治疗的效果。随着金属的发明，石器被金属针代替。先秦时期，针灸技术也有了重大进步。《史记·扁鹊仓公列传》载，扁鹊用针灸治好了虢国太子的“尸厥”，使之“起死回生”。在针灸治疗中，逐渐发展出中医特有的经络系统。马王堆汉墓出土的医书中，有《足臂十一脉灸经》《阴阳十一脉灸经》《脉法》《阴阳脉死候》等书，说明在此以前，医学对脉象的认识已经接近《黄帝内经》的水平。
先秦医学还认识到疾病有个发展过程。《韩非子·喻老》载，扁鹊见蔡桓侯，发现蔡桓侯“疾在腠理”，并告诫说：“不治将恐深。”蔡桓侯以为他是要骗钱，没有理会。后来，桓侯的病由腠理发展到“血脉”，又发展到“肠胃间”，最后到“骨髄”，终于不治而死。
蔡桓侯的病是否真的如此发展，可以讨论。但认识到疾病有个发展过程，主张有病应该及早治疗，在今天，仍然是医学的重要课题。
诊病的方法，起初主要是“视”。《周礼·天官冢宰·疾医》：“以五气、五声、五色视其死生。”视的部位，尽可能全面：“两之以九窍之变，参之以九藏之动。”据《史记·扁鹊仓公列传》，扁鹊诊病的方法有“望色”“听声”“写形”。然后进行推理：“闻病之阳，论得其阴。闻病之阴，论得其阳。”其中“望色”“写形”可归于“视”的范围，新增加的，就是“听”，即“听声”。《史记·扁鹊仓公列传》多次谈到脉象，但先秦文献中，尚未见切脉的记载。
随着医疗技术的发展，医术，已经完成了脱离巫术而自立的过程。
长期以来，学术界流传着一句话：医源于巫。证据之一，是《山海经》中，巫师掌管医药：
大荒之中……有灵山，巫咸、巫即、巫朌、巫彭、巫姑、巫真、巫礼、巫抵、巫谢、巫罗，十巫从此升降，百药爰在。 （《山海经·大荒西经》）
第二条是《论语·子路》中，孔子援引南方人的话说：“人而无恒，不可以作巫医。”
然而，这两条都只能说明，在古代，巫师往往兼做医生，而不能说明医疗就是源于巫术。因为在古代，任何科学门类，几乎都掌握在巫师，或者用一个更普遍的词——神职人员手里。其中最典型的，就是天文学。无论是古代中国还是西方，几乎所有的天文学家，同时都是占星家，包括身处近代世界门口的天文学家第谷。然而天文学的知识仍然是科学家族的成员。
有人考察中国古代“医”字的演变，起初写作“毉”，后来写作“醫”，以此证明医源于巫。其实，这只能说明，医学曾经混于巫，而且后来摆脱了巫术的控制。
从许多高级动物都有自我疗病的情况判断，最初的人类也应有一些最简单的自我医疗能力。巫术用于疗病，当是后来发生的事情。由于产生了鬼神观念，鬼神就被认为是致病的重要原因之一。当人类社会出现了分工，也就出现了一部分依靠他们的知识获取生活资料的人士。当时的知识，应该比较简单，一个人几乎能够全部掌握，这就是所谓诞生知识全才的时代。在这些知识中，有医疗的，也有宗教和巫术的。这就是所谓巫医不分的时代，也是所谓医源于巫的现实根据。其实就在这样的时代，巫者医病也不是全用巫术，这和后来巫、医有了比较明确分工的时代，情况也并不相同。《山海经》在介绍“十巫从此升降”的“灵山”的时候，同时指出了“百药爰在”。这样的介绍说明巫与药是有联系的，而且巫是用药的人。而医术和巫术虽然同在一人之身，却仍然是并行而不悖的两套技术。
在《周礼》中，医和巫就分别由不同的人担任，巫一般不再兼任医的工作。而据《左传》等文献记载，鬼神致病说在许多情况下遭到了否定。郑国著名政治家子产否认晋平公的病是山川之神所致，孔子赞扬楚昭王不用巫术祛病，都是医学排斥巫术的著名例子。据《史记·扁鹊仓公列传》，扁鹊明确地把信巫不信医作为疾病致死的原因之一：
故病有六不治：骄恣不论于理，一不治也；轻身重财，二不治也；衣食不能适，三不治也；阴阳并，藏气不定，四不治也；形羸不能服药，五不治也；信巫不信医，六不治也。
虽然在古代，巫术治病一直是一个严重的社会问题，至今也未能绝迹，甚至在某些情况下还会广泛流行。但医生对于巫术的排斥态度，在较早的春秋战国时期已经存在，这是科学进步的重大标志。