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然而更难以认识的，是各个器官的功能。据《素问》记载，心，是“合脉也”（《黄帝内经·素问·五脏生成》）。也就是说，心和血液的流动有关。“肺者，气之本”，即肺是呼吸器官。肝，“以生血气”，即肝是造血的器官。“脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱者，仓廪之本，营之居也”（《黄帝内经·素问·六节脏象论》）这些都属于消化系统，如同人体的粮仓。“营之居”，即营气，营养身体的物质来源。这些认识，大体上都是正确的。
关于人体呼吸，《素问·平人气象论》载：“人一呼脉再动，一吸脉亦再动。呼吸、定息脉五动，闰以太息。”这是人的正常状态。这样的人，称为“平人”，即无病的人。假如跳动快了或是慢了，就是不正常。不正常，就可能是病态。这个数值和现代医学认为每分钟呼吸18—20次，每呼吸一次脉搏跳动约4次的数值，也大体一致。然而若遇到“动静、勇怯”或者“惊恐、恚劳”，脉搏的跳动都会发生变化：“皆为变也。”（《黄帝内经·素问·经脉别论》）这些都说明，《素问》对于人体的呼吸，曾经进行了认真的考察，并且得出了大体正确的结论。
依《素问》，维持人体健康的，有两种因素。一种是营气，也称“荣气”，是营养身体、使身体如同草木旺盛繁荣的气。这种气，是由食物产生的：
荣者，水谷之精气也。和调于五脏，洒陈于六府，乃能入于脉也。故循脉上下，贯五脏、络六府也。 （《黄帝内经·素问·痹论》）
也就是说，通过脉，即血管，把营养送到身体各个部位。第二种是卫气：
卫者，水谷之悍气也。其气慓疾滑利，不能入于脉也。故循皮肤之中，分肉之间，熏于肓膜，散于胸腹。逆其气则病，从其气则愈。 （《黄帝内经·素问·痹论》）
这是对人体免疫系统的认识。
使人得病的因素，被称为“邪气”。与邪气相对的气，是正气、精气、荣气、卫气等维持人体健康的因素。如果仅仅谈到与疾病相关，则精气、荣气（营气）、卫气等，也都可以统称为正气。宋代问世的《素问》遗篇《刺法论》有“正气存内，邪不可干”的话。虽然有人怀疑宋代才问世的《刺法论》是否就是《素问》中的原文，但“正气存内，邪不可干”倒是精练地概括了《素问》对于健康和疾病之间关系的认识，所以也得到不少医家的赞同。
当然，所谓“正气存内”，不仅仅是“存”而已，因为人体任何时候都不会没有正气。这句话的实际意思是，假如正气出了问题，邪气就会乘虚而入，使人患病。而所谓正气出了问题，当时能够认知的，主要就是所谓“虚实”之间：
故曰：不知年之所加，气之盛衰虚实之所起，不可以为工矣。 （《黄帝内经·素问·六节脏象论》）
所谓“不可以为工”，就是说，不可以做医生，或者不能够做一个好医生。因为医生治病的手段，就是调节气的虚实：
黄帝曰：余闻虚实以决死生。 （《黄帝内经·素问·玉机真藏论》）
（岐伯曰）故人有三部，部有三候，以决死生，以处百病，以调虚实，而除邪疾。 （《黄帝内经·素问·三部九候论》）
三部，指人体上、中、下三个部分。每部三候，即三个候气，亦指诊病的部位。全身总共有九个用于候气诊病的部位，所以是“三部九候”。通过这些部位的诊断，可以察知人的病情，判断人的死生。但要治疗，还是通过调节虚实，来除掉“邪疾”。
这是来自实践的经验总结，也是当时的医学能够达到的最高水平的，对于生理、病理的认识。
《素问》还发现，人体疾病的病理，不仅是正气的虚实问题。在健康和疾病各种因素之间，还存在着一种“胜复”的关系：
气有胜复。胜复之作，有德有化，有用有变。变，则邪气居之。……夫物之生，从于化；物之极，由乎变。变化之相薄，成败之所由也。 （《黄帝内经·素问·六微旨大论》）
也就是说，气的胜复，与邪气的是否入侵、健康的是否保持（“成败”）密切相关。什么叫胜复？《素问》的解释是：
夫气之胜也，微者随之，甚者制之。气之复也，和者平之，暴者夺之，皆随胜气安其屈伏。无问其数，以平为期。 （《黄帝内经·素问·至真要大论》）
所谓“气有胜复”，译成现在的语言，就是有关健康和疾病的诸种物质因素之间，不停地发生着相互作用。在这相互作用中，某些因素有时强胜了，其他因素或是跟随，或是被制约。不过，这种状态不是永恒的，有可能恢复。恢复到正常状态时，那“强暴”的因素会被消除。只是什么时候会被消除，则没有一定：“胜至则复，无常数也。”（《黄帝内经·素问·至真要大论》）
到此为止，可以说，这仅仅是对医学实践经验事实的理论升华。自从医和首先讲出“天有六气，降生五味”开始，体内、体外物质因素的相互作用以及与疾病和健康的关系，不仅是医生，甚至肯留心的普通人，也能感受到。据医和说，这天之六气，“淫生六疾”。也就是说，过分了，就会导致疾病。淫，是过分、过度的意思，也是胜的一种。在当时的思想氛围中，这种种物质因素，也都有一个共同的名字：气。所谓气的胜复，也就是各种物质因素的相互作用及其后果。
对各种物质因素的分类，汉代的哲学已经概括为阴阳五行体系，并且得到了社会主流意识的承认。说到气的胜复，更不能不使人联想到五行的生克。于是就有了进一步的理论升华，这就是张仲景《伤寒论·序》中提到的《阴阳大论》。
《阴阳大论》不仅把五脏配五行，而且把声、色、臭、味，甚至神志性情、虫鱼草木等，都配在一个系统之内，认为它们之间存在着生克、传变关系，直到演变为六十年一甲子的五运六气理论等。而这升华了的五行理论，也就离医学实际更远了。在那没有经验事实支持的地方，就只好靠臆测来填补。这也就是今天的所谓西医专家，以及许多中医专家认为的应该改进甚至应该抛弃的部分。《阴阳大论》后来被唐代王冰补入《素问》，成为经典的一部分。这一部分曾在宋代风行一时，后来也遭到不少医学家的批评和否定。
至此为止，我们看到，汉代的医学家怎样由对脏腑、病因的认识，一步步理论升华到脱离实际甚至虚构的地步。然而就在这样的虚构理论中，我们也看到了合理的思想。那就是人与自然界是一个整体。人，是自然界的一部分。所以讲医论病，首先要讲讲自然界。
在中国古人的眼里，自然界就是指人以外的天地万物，或者简称为天。天，是物质的气的凝聚。气分阴阳两类。轻清的是阳，上升凝聚为天；重浊的是阴，下降为地。人，也是气的凝聚，人体中也存在着阴阳两种气，或者两种互相对立的因素。无论在自然界还是人体，阴阳二气的平衡状态才是正常的状态。平衡被破坏，在天地万物，就是灾害；在人体，就是疾病。这样的认识，应该说是合理的。
不过，阴阳两种气并不是真有明确界限的两种物质，而是因时因地对于两种对立因素的划分。所以《素问》中又讲阴中有阳，阳中有阴，阴可转化为阳，阳也可转化为阴。情况究竟如何，要具体情况具体分析。但始终存在着两种对立因素，则是可以感觉到的事实。
人生活于自然界中，自然界诸因素的影响，是疾病的外因。自然界中，或者说天地之间，山河大地是不能动的，但是充满着气。气的流动就是风。风的形成，与温度相关。在古代取暖、保暖条件都非常有限的情况下，与温度相关的气的流动，风，就成为疾病的起始原因或主要原因：“风者百病之始”（《黄帝内经·素问·骨空论》），“风者百病之长”（《黄帝内经·素问·风论篇》）。实际上，所谓风为“百病之始”或“百病之长”，指的是寒。温暖、和煦的春风，不会使人得病，至少不是百病之始。所以被尊为中医临床医学鼻祖的张仲景，把自己主要致力于临床治病的著作命名为《伤寒论》。而通常所认为的中医病因的“六因论”：“百病之生也，皆生于风寒暑湿燥火”（《黄帝内经·素问·至真要大论》），就是以“风寒”为首。人感受风寒得病，中医称之为“感冒”。感冒的意思，就是感受了风寒。
在细菌病因说已被广泛接受的时代，说感冒是因为风寒，在一些人看来简直是迷信！然而只要想想古代的生活条件，就不会嘲笑中医的这个结论。即使现在，感冒病毒要想肆虐，也必有相应的自然条件。想一想为什么秋冬季是感冒病的高发期，就不会轻薄中国古人的结论。
当然，致人疾病的气候因素不仅是风寒。风寒不过是“始”，是“长”。此外，还有“暑湿燥火”，也就是天气太热、太湿或者太干燥等，也会致人生病。这是常识，也确实是致病的因素。
依《黄帝内经》，风寒的侵袭，先由皮肤，然后向里。如不及时采取措施，就会由小感冒发展成为大病甚至死亡。于是有了所谓“传变”、生克等理论建树。疾病的传变，是否就像经文说得那么规范？恐怕稍微有点独立思考精神的医生都不会那么教条。但病情有个发展过程，则不仅仅是医生也知道的道理。
气候的变化，最明显的就是一年四季：“夫四时阴阳者，万物之根本也。”（《黄帝内经·素问·四气调神大论》）因此，无论是诊断还是治疗，也都必须考虑四季气候不同这个因素。当时的哲学、科学理论都认为一年四季是由阴阳五行之气的运转造成的。由这里出发，理论家们也就不得不将医学理论上升到阴阳五行。于是医学理论又缥缈起来。然而四季气候不同，疾病的发生也有区别；不仅是四季变化，还包括白天和黑夜，气候状况不同，人们发病的情况也有所不同；还有地区的差别。依《黄帝内经》，海边和西北缺水的地区，人们得病的情况不同，诊断、治疗也应有所区别。虽然在这些地方，都不必恪守教条主义，但原则上，也是不错的。在今天，则更应该扩大范围，中国和外国的情况不同、外国各个国家的情况不同，诊断、治疗也应有所区别。在如今，这或许是医生们的常识，但在两千年前的医学著作中提出，就不是那么容易的事。
依《黄帝内经》，由于四季寒暑不同、地区不同，白天、黑夜不同，诊断、治疗也应有所区别。而且从古到今，人们的生活情况不同，诊断和治疗的方法也应有所不同：
往古人居禽兽之间，动作以避寒，阴居以避暑。内无眷慕之累，外无伸宦之形。此恬惔之世，邪不能深入也。故毒药不能治其内，针石不能治其外，故可移精变气，祝由而已。 （《黄帝内经·素问·移精变气论》）
但是现在不同了：“当今之世不然。忧患缘其内，苦形伤其外。又失四时之从，逆寒暑之宜。贼风数至，虚邪朝夕内至五藏骨髓，外伤空窍肌肤，所以小病必甚，大病必死，故祝由不能已也。”（《黄帝内经·素问·移精变气论》）这就不仅曲折地说出了医和巫的分离过程，还说出了针灸、汤药等的出现也有个历史过程。那么，以后的情况会有什么变化吗？《素问》没有回答这样的问题。
这样，从人体到天地阴阳，又从天地阴阳回到人体，我们发现，《黄帝内经》中真正作为中医基础、支撑起整个中医理论的东西，不是高高在上的阴阳五行理论，特别不是五行理论，而是从医疗实践中生长出来的虚实寒热、荣卫正邪理论，也就是《汉书·艺文志》所说的“血脉经络骨髓阴阳表里”，“草石之寒温”，“气感之宜”。
至此为止，我们讲到的，还是医治的一般原则。如果我们把眼光再往下沉，还可以看到《黄帝内经》更深刻的根基。