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《汉书·艺文志》记载的医学著作有两种。一种是“医经”，包括《黄帝内经》18卷，《（黄帝）外经》37卷；《扁鹊内经》9卷，《（扁鹊）外经》12卷等。另一种是“经方”，包括“五脏六腑”、痹、疝、瘅病方各数十卷，风寒热病方，狂颠病方，妇人、婴儿病方各十数卷等。此外，还有“房中”书八家，完全是为富人、贵人节制性欲而作，后来多被求道修仙者继承，脱离了医疗领域。“神仙”十家，有“按摩”“芝菌”等内容，可以说明当时的所谓求仙运动就是由医学发展而来，而《艺文志》的作者也是这么认为，所以把这类书和“医经”“经方”放在一类，统称“方技”。
《艺文志》对“医经”是这样介绍的：
医经者，原人血脉经络骨髓阴阳表里，以起百病之本，死生之分，而用度针石汤火所施，调百药齐和之所宜。至齐之得，犹慈石取铁，以物相使。拙者失理，以愈为剧，以生为死。
原，推究、考察的意思。“血脉经络骨髓阴阳表里，以起百病之本，死生之分”，这讲的是生理、病理问题；“用度针石汤火所施，调百药齐和之所宜”，是药理。两方面都弄清楚了，治病用药，就像磁石吸铁一样，药到病除。当然，“拙者”弄不好，也会适得其反，把事情搞砸了。根据《艺文志》的介绍，医经，可以说，是汉代，或者更准确地说，是西汉时期的医学理论著作，或者叫“理论医学”。
对于“经方”，《艺文志》则是这样介绍的：
经方者，本草石之寒温，量疾病之浅深，假药味之滋，因气感之宜，辩五苦六辛，致水火之齐，以通闭解结，反之于平。及失其宜者，以热益热，以寒增寒，精气内伤，不见于外，是所独失也。故谚曰：“有病不治，常得中医。” （《汉书·艺文志》）
本，根据；寒温，是药的基本性质；气感，是病的主要原因。上述说法出自历史学家之口，当是汉代人有关医药的基本常识。“反之于平”，即恢复身体原来各种因素的平衡，特别是阴阳的平衡状态。这也当是汉代人的基本医学常识。病，是体内各种因素的平衡遭到了破坏；痊愈，就是平衡得到了恢复。当然，也有弄不好的，“以热益热，以寒增寒”，遇到这样的医生，还不如不去治疗：“有病不治，常得中医”，是说有病不去治疗，相当于找到了中等的医生。经方是直接治病的，所以经方类医书，是医学的实践部分，可以称为“实践医学”。
《艺文志》“医经”部分，标明“黄帝”“扁鹊”等书的，不仅有“内经”，还有“外经”，而且外经比内经篇幅要多。
汉代以前的书籍，经过秦始皇的焚书、项羽的纵火，能完整传下来的，极其稀少。现存的先秦典籍，大多是汉代鼓励献书时朝廷从民间收集，又经过刘向、刘歆等人整理过的。同一种书，由于篇幅众多，整理者往往把一部分称为“内篇”，其他的则称为“外篇”。依据后人的研究，内篇与外篇的区别，是“内篇论道，外篇杂说”（颜师古《汉书注·艺文志》），“内则谈于理本，外则语其事迹”（成玄英《庄子疏·序》）。医学著作的整理，也采取这样的方式，多分内篇和外篇，或内经和外经。依现代中医专家的研究，则“内讲理论，外讲方法”（柳长华《山东中医药大学学报》1999年第2期）。也就是说，虽然医经总体上是理论部分，但就其理论的深度、完整性或系统性而言，似乎外经又稍逊于内经，也可说是对于医疗实践经验的初步总结。在实践方面，外经下连着经方；理论方面，外经上连着经论。外经应当是处于经论和经方之间的中间环节。
后人的研究，一般认为现存的《素问》和《灵枢》，就是《汉书·艺文志》中的《黄帝内经》十八篇。而《难经》，也是三国以前的著作，是汉代人对于《素问》和《灵枢》的解说和发挥。从表面上看，《汉书·艺文志》著录的“医经”中的外经，还有“经方”，都未能流传下来。流传下来的汉代医书，只有《黄帝内经》的《素问》《灵枢》和被认为是秦越人著作的《难经》。
也有人认为，那些所谓没有流传下来的医经，很可能就在民间流传。比如《隋书·经籍志》、《新唐书》和《旧唐书》著录的、书名带有“黄帝”“扁鹊”“明堂”的医书，有人认为很可能就是民间流传的那些“外经”。
笔者赞同这个判断，并且认为，《汉书·艺文志》所载“经方”类著作，也不可能完全失传。魏晋南北朝时期出现的许多“经方”书，如今天特别知名的、葛洪的《肘后方》，就不可能完全是凭一己之经验收集的药方，一定有先前流传下来的验方。
这样，从汉代流传下来的中国医学，其内容大体就包含着两个部分：一是医经，一是经方。我们称之为“理论医学”和“实践医学”。经方经过初步理论化，形成医经外经的内容。外经再进一步理论化，就是“内经”，即流传到今天的《黄帝内经·素问》《黄帝内经·灵枢》和《难经》。这三部经相比较，则《黄帝内经·素问》的理论化程度又不及《黄帝内经·灵枢》和《难经》。比如，人体的结构，在《黄帝内经·素问》中还有“十二脏”之说：“黄帝问曰：愿闻十二脏之相使贵贱何如？”（《黄帝内经·素问·灵台秘典论》）。隋代全元越（起）注《黄帝内经·素问》，这一篇则直名《十二脏相使》。而《五脏别论》还在讨论脑髓、肠胃，是脏，还是府。《六节脏象论》还有“十一脏”之说：“凡十一脏，取决于胆也。”据王冰注，从心脏至胆，为十一脏。而在《灵枢》和《难经》中，则五脏六腑十分明确，再无含糊和可商榷之处。从宋代开始，医学家们就认为：“《灵枢》不及《素问》之古。”（《四库全书提要·灵枢》），也就是说，比起《素问》，《灵枢》是理论化程度更高的医经。
用针灸、汤液治病，把经验积累起来成为经方，对经方进行分类整理加工，总结出普遍性的内涵，是科学上由实践到理论的一般步骤。这一步，从哲学上说，就是毛泽东主席在《实践论》中所说的“飞跃”。然而飞跃就像鲤鱼跳龙门，可能成为龙，可能更加深刻地反映了对象的本质和普遍性特点，成为以后实践的指导。也可能跳不过去，甚至受伤或者摔死。也就是说，总结出的理论也可能偏离实践，甚至发生完全的错误。如果说对经方的初步加工是第一次飞跃，那么，以后每加工一次，就飞跃一次，理论就会更加深刻、更加具有普遍性，同时，也更可能出现偏差甚至错误。
今天我们在汉代传下来的医经中，已经看不到那些作为初步整理总结成理论的“外经”。虽然有人认为《隋书》、《旧唐书》和《新唐书》记载的“黄帝”“明堂”类医书很可能就是这部分的遗存，但不敢引为根据。不过，在我们所说的“内经”部分，即《素问》《灵枢》等内容里，仍然可以发现当时的医学理论所联系的某些实践内容的影子。
前面我们已经介绍了《灵枢》《难经》中对于人体结构的认识水平，这个认识是不容易的。整个古代，中国传统医学都没有把人体各个器官的结构搞准确。这不仅遭到现代医学，也就是所谓“西医”的批评，而且在西医批评之前，中国的医生王清任也已经对此进行了严厉的批评。这些内容，我们将在清代医学部分加以介绍。