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在医学领域，如何治病可以说是技术问题，但对引起疾病原因的认识，却是纯粹的科学问题。
先秦时期的“天有六气”“淫生六疾”，在《黄帝内经》中有了新的发展：
帝曰：“善。夫百病之生也，皆生于风寒暑湿燥火，以之化之变也。” （《黄帝内经·素问·至真要大论》）
唐代王冰注，认为“风寒暑湿燥火”就是“天之六气”。下面的意思是“静而顺者为化，动而变者为变。故曰‘之化之变也’”，把这里的论述和《左传》中“淫生六疾”相结合，就是中医的“六淫”病因说。
六淫之中，风，又是最重要的因素：
故风者，百病之始也。清静则肉腠闭拒，虽有大风苛毒，弗之能害。此因时之序也。 （《黄帝内经·素问·生气通天论》）
“风为百病之始”的论断，在《黄帝内经》其他篇中，还有多处以不同方式加以论述的文字。
风和寒暑等六种因素，今天看来，都是气候因素。在《黄帝内经》看来，这是致病的外部因素。此外，还有内部的因素：
夫百病之始生也，皆生于风雨、寒暑、阴阳、喜怒、饮食、居处、大惊、卒恐，则血气分离，阴阳破散，经络厥绝，脉道不通。阴阳相逆，卫气稽留，经脉虚空，血气不次，乃失其常。 （《黄帝内经·灵枢·口问》）
饮食、居处等，是生活方式或生活习惯，喜怒和惊恐是感情因素，也都被认为是疾病的原因。《黄帝内经·素问·玉机真藏论》等篇，还提到忧、悲等感情因素致病。后人总结为“七情”病因说，即喜、怒、忧、思、悲、恐、惊七种感情因素可导致疾病的论断。也有医学家认为七情是指“喜、怒、哀、惧、爱、恶、欲”（刘完素《素问玄机原病式》），不过不见于《黄帝内经》，也不为多数医家所接受，但在认为感情因素是致病原因方面，则是一致的。
后世把中医的病因说概括为“六淫七情”，然而《黄帝内经·灵枢》中提到的“饮食、居处”，是无法包括在六淫或七情之内的。以后的中国医学，事实上也发现了更多的病因。不过，这种实事求是的认识，往往会遭到理论传统的压制。这是中国古代医学的不幸，也是科学发展中常见的现象。
自从巴斯德发现细菌是许多疾病的致病原因之后，人类的医学又开创了一个新时代。细菌（包括病毒）病因说成为现代医学的标志性建树，数十年后青霉素的发明，使人类的医疗方法也发生了革命性的变化。从此以后，抗生素成了人类最主要的药物，许多过去无法挽救的生命得到了挽救。当现代医学传入中国，在不少现代医学家的眼里，中医的“六淫七情”病因说，几乎成了如果不是近于巫术的东西，也是早已过时的理论。
然而依据细菌病因说，人体携带的病菌、病毒，是多样的。至于哪一种能够致病，还需要其他的条件。在这众多的条件中，气候的因素、生活方式以及心理的因素，无疑都是使病菌成病的原因。从这个意义上说，中医的“六淫七情”说不仅没有过时，反而是人们应当同样加以重视的病因。
随着检测技术的进步，许多新的病因也被发现或者被探索。遗传性的疾病，难以弄清原因但广泛流行的高血压、糖尿病、各种肿瘤，以及许许多多由于物理的、化学的原因，或者吸烟、酗酒、长时间低头玩手机等不良的生活习惯导致的疾病，正在成为人类新的重大病种。这些疾病，都在细菌病因说范围之外，用抗生素治疗不能奏效。然而由于细菌病因说的广泛影响，使用抗生素成为医生的方便手段，因而也是医生懒惰的手段。由此导致的抗生素滥用给人类健康造成的危害，正日益被医学和社会各界广泛关注。在这种情况下，我们不仅应当给中医的病因说以一定的历史地位，而且应当给以适当的现实地位。
至于中医提到的七情，更是中医对于人类医学的重大贡献。西方医学，特别是西方发展出近代医学以来，感情因素导致的疾病是长期被忽略，至少是不被重视的。然而心理学发展以来，心理疾病成为人类疾病中的一大病种。而由情感变化导致的疾病，不仅有心理的或精神性的，也有生理的、病理的。这种现象，也日益引起国际医学界的严重关注。在这方面，我们不能不说，中国医学早就注意到了这个问题。
以风为最主要病因的六淫致病说认为，所谓风邪，最初仅仅侵入人的皮肤，然后逐渐向里传导，成为严重疾病：
是故百病之始生也，必先于皮毛，邪中之则腠理开，开则入客于络脉。留而不去，传入于经。留而不去，传入于府，廪于肠胃。
邪客于皮则腠理开，开则邪入客于络脉。络脉满则注于经脉，经脉满则入舍于府藏也。 （《黄帝内经·素问·皮部论》）
《黄帝内经·灵枢·百病始生》更加详细地描述了这个过程：
是故虚邪之中人也，始于皮肤。皮肤缓则腠理开，开则邪从毛发入。入则抵深，深则毛发立，毛发立则淅然，故皮肤痛。留而不去，则传舍于络脉。在络之时，痛于肌肉。其病时痛时息，大经乃代。留而不去，传舍于经。在经之时，洒淅喜惊。留而不去，传舍于输。在输之时，六经不通。四肢则肢节痛，腰脊乃强。留而不去，传舍于伏冲之脉。在伏冲之时，体重身痛。留而不去，传舍于肠胃……
凡感冒风寒所导致的疾病，其病理过程，大体上就是这个样子。如果能够及早采取措施，比如适当的休息、一碗热汤，或者少量的药物，都可以缓解风寒效应，阻止疾病的发生。否则，小不舒服就可能会导致严重的疾病。这不仅是中国医学的基本观念，也是一般中国人的常识。这个观念和常识在细节上有许多可以讨论的地方，但其总体思想，是正确的。
《黄帝内经·素问·热论》描述疾病传变的情况是：人感冒风寒，一日巨阳受之，二日阳明受之，三日少阳受之……然后依次是太阴、少阴、厥阴。到东汉末年张仲景作《伤寒论》，发挥《热论》的传变理论为完整的“六经传变说”。认为由感冒伤寒引起的疾病，会先发生于居于体表的手足太阳经脉，然后向体内深入，逐渐传输到阳明、少阳以及三阴的经脉。张仲景的“六经传变说”，不谈孙脉和络脉，当是由于他自己的医疗实践。但其认为感冒伤寒一类疾病是由表及里的传输，和《黄帝内经》的思想是一致的。
感冒伤寒类疾病是否就是这样的传导？也不完全如此。所以后世的医家又总结出了所谓“越经”传变、合并传变等。然而注意到感冒伤寒类疾病的由表及里传输，无疑是中医病因论的重要内容。