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汉代继承先秦的传统，仍然认为人体有肉体、精神和介于两者之间的气。《淮南子·原道训》：
夫形者，生之舍也。气者，生之充也。神者，生之制也。一失位，则三者伤矣。是故圣人使人各处其位，守其职，而不得相干也。
董仲舒《春秋繁露·循天之道》谈养生：
故养生之大者，乃在爱气。气从神而成，神从意而出。心之所之谓意。意劳者神扰，神扰者气少，气少者难久矣。……古之道士有言曰：“将欲无陵，固守一德。”此言神无离形，则气多内充而忍饥寒也。
也是把人体分为形、神（志、意）和气三个方面。
一般学者的意见，和专门的医书，是一致的。在《黄帝内经》中，除了一般认为人有形体和神或精神两项因素之外，更多篇幅，甚至说主要的篇幅，都用在论述如何调节人体的气使之平衡方面。在《黄帝内经》看来，医学面对的主要对象便是人体的气。气的运行正常，阴阳比例平衡，人的形体就健康，精神就安宁。关于这一方面的论述很多，不再引证。
形体是气的聚合，气是形体的物质基础。《黄帝内经》把与形体的正常运转相关的气分为“营气”和“卫气”两大类。所谓“营气”，也叫“荣气”，是营养身体使之健壮的气；“卫气”，就是保卫身体健康的气，类似现代医学所说的免疫系统。中医对人体的这种认识，其方向是正确的。《黄帝内经·灵枢·营气》篇描述营气的产生和运行状况是：
营气之道，内谷为宝。谷入于胃，乃传之肺。流溢于中，布散于外。精专者行于经隧，常营无已……
这就是说，营气产生于入胃的食物，然后传于肺中，再从肺中传布全身。传布的通道，就是经脉。这个认识，大体是正确的。
依《黄帝内经·灵枢》，卫气和营气有不同的运行通道：
其浮气之不循经者为卫气，其精气之行于经者为营气。阴阳相随，外内相贯，如环之无端…… （《黄帝内经·灵枢·卫气》）
卫气之在身也，常然并脉循分肉，行有逆顺…… （《黄帝内经·灵枢·胀论》）
卫气的任务，就是保卫身体的健康。从这里的描述看，古人应该是发现了淋巴系统，甚至整个免疫系统的作用。
与疾病有关的气，也有两大类：正气和邪气。正气是保持身体健康的因素，可抵御疾病；邪气是各种致病因素的统称。其详细分类及其作用，将在“病因说”一节介绍。
在形体和气之上，是人的神或称精神。精神是人体的主宰，不仅主宰形，也主宰气。形体和气的变化也会影响精神。在与形、气对立的意义上，《黄帝内经》非常清楚地认识到，神，或精神，是和形与气性质根本不同的东西。但是，如果一定要说出神或精神是什么，《黄帝内经》也只能说，是一种气：
神者，正气也。客者，邪气也。 （《黄帝内经·灵枢·小针解》）
五脏安定，血脉和利，精神乃居。故神者，水谷之精气也。 （《黄帝内经·灵枢·平人绝谷》）
神是正气或者精气，也就仍然未能脱出神是气的一种范围。这种认识，直到汉代结束，都未能有根本的改变。
在《黄帝内经》中，神，和魂、魄、意、志等，是同类的，或者是同一等级上的概念。它们分别储藏在五脏之中。其中“心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，肾藏志”类似的语言，在《黄帝内经》中不止一次地被重复。《黄帝内经·素问·脉要精微论》说“头者，精明之府。头倾视深，精神将夺矣”，似乎发现了头部和精神现象的关系，但似乎是偶然的触及，而没有深入地探讨和论述。因此，在一般学者的言论里，心，不仅是孟子说的思维器官，而且是精神的储藏所。
《黄帝内经》把气在人体内不断地循环运行称为“升降”，把人体和外界不断进行的气的交换或者交流称为“出入”。普通的气在不断地升降和出入，精神或者魂魄既然也是一种气，自然也有升降和出入，从而为精神或者魂魄可以离开形体而独立行动，提供了理论前提。
《黄帝内经》由于是医书，它关注的是活人的精神现象。人死以后精神现象是否存在？也就是说，灵魂是否不死？该书没有进行讨论。
汉代学者的主流意见，是人死以后魂魄依然存在，它成了鬼神，仍然影响甚至主宰着活人的生活。
王充反对人死为鬼的说法，也认为人的精神是一种气：精气。王充认为，人死以后，精气离开了活人的形体，就不能再有知觉，因而不能为鬼。他把人体比作口袋，把精气比作口袋里的米。形体死亡，精气消散，就像口袋残破，米撒在外。精气可以复归于元气，但不能再有知觉。他把气聚生人的过程比作水的结冰过程。水结为冰，冰融化为水。气包括精气，聚合为人，人体死亡，又散而为气。精气虽然没有消灭，但脱离了活的人体，就不能再有知觉，不能成为鬼神。王充对人体精神现象的解释，在当时，达到了理论的最高水平。
认为人的精神，或者说灵魂，也是一种物质，是人类早期的普遍认识。汉代学者关于精神现象的认识，和其他民族早期的学者们大体处于同一水平。