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据《黄帝内经·灵枢》所说，当时对人体结构的了解，不仅有骨度、脏腑，还有“脉度”。
脉，有经脉十二条，络脉十五条，还有奇经八脉，包括任脉、督脉、冲脉等，此外还有孙脉无数。今天人们常说的中医的经络，就是经脉和络脉的通称。那么，什么是脉？也就是什么是经络？自从现代医学进入中国以来，就成为关于中医的一个激烈争论的热门话题。研究者借助各种现代方法和仪器，企图弄清经络的本质，弄清经络在解剖学上有无根据。本书此处只能做些文献学的考察。或许，对于专业的人士，这些考察是多余的，甚至是可笑的。然而对于一般读者来说，可能还是必要的。
《黄帝内经·素问·脉要精微论》：“夫脉者，血之府也。”《黄帝内经·灵枢·经水》：“经脉者，受血而营之。”《黄帝内经·灵枢·本脏》：“经脉者，所以行血气而营阴阳、濡筋骨、利关节者也。”这些说法，使我们可以得出初步结论：脉，就是古人所认为的血管，所以又称“血脉”：
帝曰：“候气奈何？”岐伯曰：“夫邪去络，入于经也。舍于血脉之中。” （《黄帝内经·素问·离合真邪论》）
岐伯对曰：“肺主身之皮毛，心主身之血脉，肝主身之筋膜。” （《黄帝内经·素问·痿论》）
此上伤厥阴之脉，下伤少阴之络。刺足内踝之下，然骨之前，血脉出血。 （《黄帝内经·素问·缪刺论》）
持针之道，坚者为宝。正指直刺，无针左右。神在秋毫，属意病者，审视血脉者，刺之无殆。 （《黄帝内经·灵枢·九针论》）
类似的论述，在《素问》和《灵枢》中还有数十处，不再赘述。这些论述可以使我们进一步得出结论：脉，就是古人认为的血管，即血液运行的管道。所以经脉又称“经隧”或“经渠”：
五脏之道，皆出于经隧，以行血气。血气不和，百病乃变化而生。是故守经隧焉。 （《黄帝内经·素问·调经论》）
唐代王冰注：“隧，潜道也。经脉伏行而不见，故谓之经隧焉。血气者，人之神。邪侵之，则血气不正。血气不正，故变化而百病乃生矣。然经脉者，所以决死生、处百病、调虚实，故守经隧焉。”宋代林亿《新校正》：“按：《甲乙经》，‘经隧’作‘经渠’，义各通。”
《灵枢》里，称“经脉”为“经隧”的更多。其《脉度》篇在叙述完脉的尺度之后说道：“此气之大经隧也。经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙络，孙络之盛而血者疾诛之，盛者泻之，虚者饮药以补之。”其《营卫生会》篇道：“中焦亦并胃中，出上焦之后。此所受气者，泌糟粕，蒸精液，化为精微，上注于肺脉，乃化而为血，以奉生身，莫贵于此。故独得行于经隧，命曰营气。”其《玉版》篇道：“胃之所出气血者，经隧也。经隧者，五藏六府之大络也。”
经脉称隧，因为它“伏而不见”，好像隧道。络脉、孙脉虽然一般不称隧，但性质和经脉是一样的：
风雨之伤人也，先客于皮肤，传入于孙脉。孙脉满，则传入于络脉。络脉满，则输于大经脉。 （《黄帝内经·素问·调经论》）
中焦出气如露，上注溪谷而渗孙脉，津液和调，变化而赤为血，血和则孙脉先满溢，乃注于络脉，络脉皆盈，乃注于经脉。 （《黄帝内经·灵枢·痈疽》）
依据这些描述，则孙脉、络脉和经脉的关系，就是溪流、小河和大河的关系，也类似今天将血管分为毛细血管、小动（静）脉、动（静）脉和大动（静）脉的关系。认识到人体血管有小、中、大的区别，主要血管深藏而不见，也是中医在解剖学上的重要成就。
由于前人认为脉是血管，所以把脉比作大地上的河流。《黄帝内经·灵枢·经水》篇道：
足太阳，外合于清水，内属于膀胱，而通水道焉。
足少阳，外合于渭水，内属于胆。
足阳明，外合于海水，内属于胃。
足太阴，外合于湖水，内属于脾。
足少阴，外合于汝水，内属于肾。
足厥阴，外合于渑水，内属于肝。
手太阳，外合于淮水，内属于小肠，而水道出焉。
手少阳，外合于漯水，内属于三焦。
手阳明，外合于江水，内属于大肠。
手太阴，外合于河水，内属于肺。
手少阴，外合于济水，内属于心。
手心主，外合于漳水，内属于心包。
凡此五脏六府十二经水者，外有源泉，而内有所禀。此皆内外相贯，如环无端。人经亦然。
其中所说“江水”就是长江，“河水”就是黄河。和西方古代不同，中国医学此时就认为血在人体内是“内外相贯，如环无端”的，即处于循环状态中的。古人似乎也发现了心脏在血液循环中的特殊作用，即“心主身之血脉”（《黄帝内经·素问·痿论》），但未能在这个方向上再深入下去。《黄帝内经·灵枢·营卫生会》篇说中焦“化其精微，上注于肺脉，乃化而为血，以奉生身”，似乎也看到了血液在经过肺脏以后对于全身的营养作用。这些发现，都是可贵的。
脉和现代医学所说的血管的不同之处，在于中国古代医学不仅认为脉是血的通道，还是气的通道，和中国古人对于河流的认识一样，河流不仅是水的通道，而且是气的通道。《国语·周语下》：
川，气之导也。泽，水之钟也。夫天地成而聚于高，归物于下。疏为川谷，以导其气；陂唐污庳，以钟其美。是故聚不陁崩而物有所归，气不沉滞而亦不散越。
这段“川谷导气”的文字，被后世许多有关河流的著作所引用，成为中国古人对于河流和山谷作用的基本认识之一，也和现代对于川谷的认识相一致。山谷，特别是有河水流经的山谷，的确不仅是水道，也是大气流通的通道。中医把血管比作河流，也把河流的作用搬到了血管上：
阳中之阴，本乎营卫。营者阴血，卫者阳气。营行脉中，卫行脉外。脉不自行，随气而至。气动脉应，阴阳之谊。气如槖籥，血如波澜。血脉气息，上下循环。 （李时珍《濒湖脉学·四言举要》）
如果说脉中流动的血液中带有阴阳之气是正确的，那么把气和血在脉中的关系，说成像风箱鼓风一样，吹动血液使之流通，却纯粹是想象的产物。然而，在中国古代无法弄清心脏作用的情况下，这也是当时能够找到的唯一合理的解释。
河流有深有浅，有宽有窄。河水深处，水聚集起来，形成潭渊。把这种现象搬到人体，则那些经验中针刺的作用点，就被当作人体中的潭渊。由于这些地方并没有刺出血来，所以仅被当作气的聚集处，称为“气穴”，简称为“穴”。穴被认为是气的聚集处。针刺的调节作用，也被认为是促进该处聚集的气运行，以补充他处的气，或者使该处的气得以排泄，从而达到阴阳平衡、身体健康的目的。这种情况，和孟子以来认为人体由形、气、神三者构成的传统观念完全一致，因而也得到了广泛认同。
时至今日，经络走向和血管之间的不一致，是尽人皆知且广被讨论的问题。人们用了各种各样的方法，企图寻找经络的实际所在，然而收效甚微。依笔者估计，今后也不可能有大的进展。因为经络本身，并不是人体血管之外独立的气的通道，而是我们的古人对于血管未弄清楚的结果。王莽的医官试图用竹条顺着血管去弄清它的走向，其效果如何，可想而知。后世也没有更好的条件和技术可以弄清这个问题。在王莽之前所知的经络走向，也是在技术条件很差的情况下人们不能准确认识血管的结果。
然而在人们企图弄清人体血管走向之前很久很久，已经用砭石进行治病。随着金属工具的发明，金属针代替了砭石。砭石和针刺，还有艾灸的效果，都是经验的总结。历史的实际应是知道穴位的位置在先，认为砭石或针刺发生作用是由于气血的运动并企图去寻找血管的走向在后，而血管的走向实际上当时又无法弄清，因而不得不迁就穴位的所在，这就造成了经络和血管的脱离。由于血管走向实际上又弄不清楚，实践的经验又难以否定，所以只好把穴位用线条连接起来，认为这就是经络，即理论上的气血通道。
从马王堆帛书出现较为完整的经脉走向图开始，到《黄帝内经·灵枢》，就有所发展或纠正。最明显的是由十一条变为十二条，其走向也有区别。即使《灵枢》本身，对于经脉走向说法也有不同。至于穴位，从古到今，也在不断发展变化。宋代出现的针灸铜人以及相伴随的《铜人针灸经》，纠正了前人的错误。此后出现的《针灸资生经》，又纠正了铜人穴位，包括古人穴位的错误。其纠正的根据，都不是血管的实际走向，而是经验中穴位的实际作用。纠正的结果，就是经络的走向不断变化。这不是人体的血管走向会不断变化，而是医疗经验中穴位的位置在不断变化。穴位之所以会变化，也不是因为人体果然有什么解剖学意义上的经络，而只是疾病与穴位之间有经验性的联系。这些联系，虽然许多是稳定的，但不是都一致的。新的穴位会不断发现，旧的穴位或可能被放弃，或改变位置。至于穴位和疾病之间为什么会发生作用，还应当做持续的理论探索。经络学说发展的历史表明，中医欲了解人体的结构，和其他医学同样地迫切。
汉代继承先秦的传统，仍然认为人体有肉体、精神和介于两者之间的气。《淮南子·原道训》：
夫形者，生之舍也。气者，生之充也。神者，生之制也。一失位，则三者伤矣。是故圣人使人各处其位，守其职，而不得相干也。
董仲舒《春秋繁露·循天之道》谈养生：
故养生之大者，乃在爱气。气从神而成，神从意而出。心之所之谓意。意劳者神扰，神扰者气少，气少者难久矣。……古之道士有言曰：“将欲无陵，固守一德。”此言神无离形，则气多内充而忍饥寒也。
也是把人体分为形、神（志、意）和气三个方面。
一般学者的意见，和专门的医书，是一致的。在《黄帝内经》中，除了一般认为人有形体和神或精神两项因素之外，更多篇幅，甚至说主要的篇幅，都用在论述如何调节人体的气使之平衡方面。在《黄帝内经》看来，医学面对的主要对象便是人体的气。气的运行正常，阴阳比例平衡，人的形体就健康，精神就安宁。关于这一方面的论述很多，不再引证。
形体是气的聚合，气是形体的物质基础。《黄帝内经》把与形体的正常运转相关的气分为“营气”和“卫气”两大类。所谓“营气”，也叫“荣气”，是营养身体使之健壮的气；“卫气”，就是保卫身体健康的气，类似现代医学所说的免疫系统。中医对人体的这种认识，其方向是正确的。《黄帝内经·灵枢·营气》篇描述营气的产生和运行状况是：
营气之道，内谷为宝。谷入于胃，乃传之肺。流溢于中，布散于外。精专者行于经隧，常营无已……
这就是说，营气产生于入胃的食物，然后传于肺中，再从肺中传布全身。传布的通道，就是经脉。这个认识，大体是正确的。
依《黄帝内经·灵枢》，卫气和营气有不同的运行通道：
其浮气之不循经者为卫气，其精气之行于经者为营气。阴阳相随，外内相贯，如环之无端…… （《黄帝内经·灵枢·卫气》）
卫气之在身也，常然并脉循分肉，行有逆顺…… （《黄帝内经·灵枢·胀论》）
卫气的任务，就是保卫身体的健康。从这里的描述看，古人应该是发现了淋巴系统，甚至整个免疫系统的作用。
与疾病有关的气，也有两大类：正气和邪气。正气是保持身体健康的因素，可抵御疾病；邪气是各种致病因素的统称。其详细分类及其作用，将在“病因说”一节介绍。
在形体和气之上，是人的神或称精神。精神是人体的主宰，不仅主宰形，也主宰气。形体和气的变化也会影响精神。在与形、气对立的意义上，《黄帝内经》非常清楚地认识到，神，或精神，是和形与气性质根本不同的东西。但是，如果一定要说出神或精神是什么，《黄帝内经》也只能说，是一种气：
神者，正气也。客者，邪气也。 （《黄帝内经·灵枢·小针解》）
五脏安定，血脉和利，精神乃居。故神者，水谷之精气也。 （《黄帝内经·灵枢·平人绝谷》）
神是正气或者精气，也就仍然未能脱出神是气的一种范围。这种认识，直到汉代结束，都未能有根本的改变。
在《黄帝内经》中，神，和魂、魄、意、志等，是同类的，或者是同一等级上的概念。它们分别储藏在五脏之中。其中“心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，肾藏志”类似的语言，在《黄帝内经》中不止一次地被重复。《黄帝内经·素问·脉要精微论》说“头者，精明之府。头倾视深，精神将夺矣”，似乎发现了头部和精神现象的关系，但似乎是偶然的触及，而没有深入地探讨和论述。因此，在一般学者的言论里，心，不仅是孟子说的思维器官，而且是精神的储藏所。
《黄帝内经》把气在人体内不断地循环运行称为“升降”，把人体和外界不断进行的气的交换或者交流称为“出入”。普通的气在不断地升降和出入，精神或者魂魄既然也是一种气，自然也有升降和出入，从而为精神或者魂魄可以离开形体而独立行动，提供了理论前提。
《黄帝内经》由于是医书，它关注的是活人的精神现象。人死以后精神现象是否存在？也就是说，灵魂是否不死？该书没有进行讨论。
汉代学者的主流意见，是人死以后魂魄依然存在，它成了鬼神，仍然影响甚至主宰着活人的生活。
王充反对人死为鬼的说法，也认为人的精神是一种气：精气。王充认为，人死以后，精气离开了活人的形体，就不能再有知觉，因而不能为鬼。他把人体比作口袋，把精气比作口袋里的米。形体死亡，精气消散，就像口袋残破，米撒在外。精气可以复归于元气，但不能再有知觉。他把气聚生人的过程比作水的结冰过程。水结为冰，冰融化为水。气包括精气，聚合为人，人体死亡，又散而为气。精气虽然没有消灭，但脱离了活的人体，就不能再有知觉，不能成为鬼神。王充对人体精神现象的解释，在当时，达到了理论的最高水平。
认为人的精神，或者说灵魂，也是一种物质，是人类早期的普遍认识。汉代学者关于精神现象的认识，和其他民族早期的学者们大体处于同一水平。
在医学领域，如何治病可以说是技术问题，但对引起疾病原因的认识，却是纯粹的科学问题。
先秦时期的“天有六气”“淫生六疾”，在《黄帝内经》中有了新的发展：
帝曰：“善。夫百病之生也，皆生于风寒暑湿燥火，以之化之变也。” （《黄帝内经·素问·至真要大论》）
唐代王冰注，认为“风寒暑湿燥火”就是“天之六气”。下面的意思是“静而顺者为化，动而变者为变。故曰‘之化之变也’”，把这里的论述和《左传》中“淫生六疾”相结合，就是中医的“六淫”病因说。
六淫之中，风，又是最重要的因素：
故风者，百病之始也。清静则肉腠闭拒，虽有大风苛毒，弗之能害。此因时之序也。 （《黄帝内经·素问·生气通天论》）
“风为百病之始”的论断，在《黄帝内经》其他篇中，还有多处以不同方式加以论述的文字。
风和寒暑等六种因素，今天看来，都是气候因素。在《黄帝内经》看来，这是致病的外部因素。此外，还有内部的因素：
夫百病之始生也，皆生于风雨、寒暑、阴阳、喜怒、饮食、居处、大惊、卒恐，则血气分离，阴阳破散，经络厥绝，脉道不通。阴阳相逆，卫气稽留，经脉虚空，血气不次，乃失其常。 （《黄帝内经·灵枢·口问》）
饮食、居处等，是生活方式或生活习惯，喜怒和惊恐是感情因素，也都被认为是疾病的原因。《黄帝内经·素问·玉机真藏论》等篇，还提到忧、悲等感情因素致病。后人总结为“七情”病因说，即喜、怒、忧、思、悲、恐、惊七种感情因素可导致疾病的论断。也有医学家认为七情是指“喜、怒、哀、惧、爱、恶、欲”（刘完素《素问玄机原病式》），不过不见于《黄帝内经》，也不为多数医家所接受，但在认为感情因素是致病原因方面，则是一致的。
后世把中医的病因说概括为“六淫七情”，然而《黄帝内经·灵枢》中提到的“饮食、居处”，是无法包括在六淫或七情之内的。以后的中国医学，事实上也发现了更多的病因。不过，这种实事求是的认识，往往会遭到理论传统的压制。这是中国古代医学的不幸，也是科学发展中常见的现象。
自从巴斯德发现细菌是许多疾病的致病原因之后，人类的医学又开创了一个新时代。细菌（包括病毒）病因说成为现代医学的标志性建树，数十年后青霉素的发明，使人类的医疗方法也发生了革命性的变化。从此以后，抗生素成了人类最主要的药物，许多过去无法挽救的生命得到了挽救。当现代医学传入中国，在不少现代医学家的眼里，中医的“六淫七情”病因说，几乎成了如果不是近于巫术的东西，也是早已过时的理论。
然而依据细菌病因说，人体携带的病菌、病毒，是多样的。至于哪一种能够致病，还需要其他的条件。在这众多的条件中，气候的因素、生活方式以及心理的因素，无疑都是使病菌成病的原因。从这个意义上说，中医的“六淫七情”说不仅没有过时，反而是人们应当同样加以重视的病因。
随着检测技术的进步，许多新的病因也被发现或者被探索。遗传性的疾病，难以弄清原因但广泛流行的高血压、糖尿病、各种肿瘤，以及许许多多由于物理的、化学的原因，或者吸烟、酗酒、长时间低头玩手机等不良的生活习惯导致的疾病，正在成为人类新的重大病种。这些疾病，都在细菌病因说范围之外，用抗生素治疗不能奏效。然而由于细菌病因说的广泛影响，使用抗生素成为医生的方便手段，因而也是医生懒惰的手段。由此导致的抗生素滥用给人类健康造成的危害，正日益被医学和社会各界广泛关注。在这种情况下，我们不仅应当给中医的病因说以一定的历史地位，而且应当给以适当的现实地位。
至于中医提到的七情，更是中医对于人类医学的重大贡献。西方医学，特别是西方发展出近代医学以来，感情因素导致的疾病是长期被忽略，至少是不被重视的。然而心理学发展以来，心理疾病成为人类疾病中的一大病种。而由情感变化导致的疾病，不仅有心理的或精神性的，也有生理的、病理的。这种现象，也日益引起国际医学界的严重关注。在这方面，我们不能不说，中国医学早就注意到了这个问题。
以风为最主要病因的六淫致病说认为，所谓风邪，最初仅仅侵入人的皮肤，然后逐渐向里传导，成为严重疾病：
是故百病之始生也，必先于皮毛，邪中之则腠理开，开则入客于络脉。留而不去，传入于经。留而不去，传入于府，廪于肠胃。
邪客于皮则腠理开，开则邪入客于络脉。络脉满则注于经脉，经脉满则入舍于府藏也。 （《黄帝内经·素问·皮部论》）
《黄帝内经·灵枢·百病始生》更加详细地描述了这个过程：
是故虚邪之中人也，始于皮肤。皮肤缓则腠理开，开则邪从毛发入。入则抵深，深则毛发立，毛发立则淅然，故皮肤痛。留而不去，则传舍于络脉。在络之时，痛于肌肉。其病时痛时息，大经乃代。留而不去，传舍于经。在经之时，洒淅喜惊。留而不去，传舍于输。在输之时，六经不通。四肢则肢节痛，腰脊乃强。留而不去，传舍于伏冲之脉。在伏冲之时，体重身痛。留而不去，传舍于肠胃……
凡感冒风寒所导致的疾病，其病理过程，大体上就是这个样子。如果能够及早采取措施，比如适当的休息、一碗热汤，或者少量的药物，都可以缓解风寒效应，阻止疾病的发生。否则，小不舒服就可能会导致严重的疾病。这不仅是中国医学的基本观念，也是一般中国人的常识。这个观念和常识在细节上有许多可以讨论的地方，但其总体思想，是正确的。
《黄帝内经·素问·热论》描述疾病传变的情况是：人感冒风寒，一日巨阳受之，二日阳明受之，三日少阳受之……然后依次是太阴、少阴、厥阴。到东汉末年张仲景作《伤寒论》，发挥《热论》的传变理论为完整的“六经传变说”。认为由感冒伤寒引起的疾病，会先发生于居于体表的手足太阳经脉，然后向体内深入，逐渐传输到阳明、少阳以及三阴的经脉。张仲景的“六经传变说”，不谈孙脉和络脉，当是由于他自己的医疗实践。但其认为感冒伤寒一类疾病是由表及里的传输，和《黄帝内经》的思想是一致的。
感冒伤寒类疾病是否就是这样的传导？也不完全如此。所以后世的医家又总结出了所谓“越经”传变、合并传变等。然而注意到感冒伤寒类疾病的由表及里传输，无疑是中医病因论的重要内容。