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每一物都有自己的气，其中的“每一物”，也是每一类物。比如山气、人气，并不是哪个具体的山和具体的个人的气，而是所有山、所有人的气，因而，除了天和地只有一个以外，其他的气，都是一物的气，也是一类物的气。由此看来，气的种类也是非常多，难以计数。有一类物，就有一类气。不过，就气本身而言，最大的分类还是阴阳和五行。
阳气的性质，包括光明、温暖和炎热、运动、雄性等。加以推广，则上面、表面、尊贵、快速、亢奋等，都属于阳；阴气的性质正好相反，包括黑暗、寒冷、静止、雌性等。加以推广，则包含下面、里面、低贱、迟缓、萎靡等。
然而光明或者黑暗，炎热或者寒冷，都有程度的不同，因而阴阳的程度也有不同。在《易传》中，把阴阳根据程度区分为二阴和二阳，即老阳、少阳，老阴、少阴。在医学中，则把阴阳分为三阴三阳。三阴三阳说大约在春秋或战国时期已经出现。在以《黄帝内经·素问》为代表的医学典籍中，明确指出三阳是太阳、阳明和少阳，三阴是太阴、厥阴和少阴。区分的根据，是阴阳气的程度：“阴阳之气各有多少，故曰三阴三阳。”（《黄帝内经·素问·天元纪大论》）同样，《易传》的老阳少阳、老阴少阴，其根据，也是阴阳之气的多少。这个“多少”，也包含着程度的差异，比如强弱、浓淡等。
然而对于世界上复杂的事物和现象，这样的区分仍然是不够的，于是又有“阳中有阴、阴中有阳”说。比如天是阳，地是阴。然而“天有阴阳，地亦有阴阳”（《黄帝内经·素问·天元纪大论》）。同理，男是阳，女是阴。然而男亦有阴阳，女亦有阴阳。因此，阴阳的区分，不仅决定于事物本身的性质，还要根据和它对立的事物的关系。在仅仅依靠肉眼观察世界的时代，这样对世界上千差万别的事物和现象进行归类和区分，不能不说是一种深刻的认识。
依照阴中有阳、阳中有阴推论，则每一事物不仅都处于阴或阳的地位，而且自身也都是一对阴阳并存的共同体。因而阴和阳的关系问题，就是判断事物状态的标志。一般说来，阴阳的平衡，是事物存在的最好状态。从大的方面来说，整个世界阴阳平衡，就会冷暖适宜，风调雨顺，日夜正常交替，寒暑正常变换，粮食丰收，人体健康。任何一方过分，都会造成灾害。旱灾风灾，是阳气过分亢奋；涝灾水患，是阴气过分萎靡。从人体讲，阴阳平衡也是健康的最好状态。医生的基本职责，就是调节人体的阴阳使之平衡。
与阴阳配套的五行理论，没有把相互的平衡作为事物的正常状态，而是发掘了它们相互间的生克关系，即互相之间的胜负关系。
人类要在自然界生存，就必须利用自然界提供的物质资源。要利用这些物质资源，就要明白这些物质之间的相互关系。人类在实践中，早就积累了许多对于物质间相互关系的认识。比如石器可以挖掘，也可以砍削木制器具；火可以焚烧木料；金属具有更加锋利的功能。这些知识，都是物质相互之间的一种制服或战胜的关系。这些关系是在实践中获得的认识。反过来，这些认识又帮助人们自觉地利用自然界的资源。当人们把自然界的物质分为五类的时候，首先总结出来的，也是这五类物质之间的制服或战胜关系。
《孙子兵法》和《墨经》中都有“五行无（毋）常胜”的说法。说明至少在战国早期，就发现了五行之间的制服或战胜关系。据《吕氏春秋·有始览·应同》篇描述的五行之气轮换胜出的情况判断，则这种相胜关系是：
金胜木胜土胜水胜火胜金。
这种相胜关系，即在当时看来，也不是绝对可靠的。金胜木，但也可以胜土。火胜金，更可以胜木。然而假如量非常小，则不可能战胜。一点点土决然挡不住大洪水，一点点水也不能扑灭大火。所以《孙子兵法》和《墨经》都得出“五行无（毋）常胜”的断语。人们虽然明知这样的情况存在，但是，要建立统一理论模式的愿望压倒了实事求是的科学态度，五行相胜的观念，也像动物互相变化的观念一样，被汉代思想家不加批判地接受了下来。
汉代思想家在五行关系方面增加的新因素，就是提出了五行相互的生成关系。依《淮南子》和《春秋繁露》，五行相生关系是：
金生水生木生火生土生金。
和五行相胜关系相比，这种相生关系虽然也有一定的合理性，比如木确实能够燃烧，而金属确实是从土中的矿藏炼出的。然而金生水，不过是看到了在潮湿寒冷的空气中，金属表面有凝结的水珠；火生土，不过是看到经火焚烧过的灰烬。至于水和土本身，绝对不是从金或木中产生的。如果说相胜或相克理论自始就有许多缺陷的话，那么相生理论，则起初就是其荒谬性要大于合理性的理论。
据《淮南子》和《春秋繁露》，五行相生的理论是在为社会正义和当时最重要的道德观念做理论论证时产生的。《淮南子·天文训》曰：
水生木，木生火，火生土，土生金，金生水。子生母曰义，母生子曰保，子母相得曰专，母胜子曰制，子胜母曰困。以胜击杀，胜而无报。以专从事而有功。以义行理，名立而不堕。以保畜养，万物蕃昌。以困举事，破灭死亡。
这是一种伦理的理论，而不是科学的理论。至于董仲舒，说得更加明确：
河间献王问温城董君曰：“《孝经》曰：‘夫孝，天之经，地之义。’何谓也？”
对曰：“天有五行，木火土金水是也。木生火，火生土，土生金，金生水。……是故父之所生，其子长之。父之所长，其子养之。父之所养，其子成之。诸父所为，其子皆奉承而续行之。不敢不致如父之意，尽为人之道也。
故五行者，五行也。由此观之，父授之，子受之，乃天之道也。故曰：‘夫孝者，天之经也。’此之谓也。” （《春秋繁露·五行对》）
为了社会道德去寻找自然科学的支持，其牵强附会，甚至故意歪曲，也就不足为奇了。
由于孝是汉代最重要的道德原则和政治原则，所以五行相生理论甚至没有经过多少论证就被整个社会接受了。在这个基础上，汉代思想家建立起他们最基本的科学理论框架，并且影响到医学的理论框架。
阴阳五行说是汉代科学最重要的理论。这个理论不是凭空的虚构，而是在一些，甚至可以说是很多事实基础上建立起来的。问题在于，汉代学者太急于构建一个完整的理论体系，就像他们已经构建了一个统一的大帝国一样。他们把有某些事实根据的现象向着未必适合的领域推广，就像不断往米粒本来就不多的锅里注水，使得理论本身所含有的真理量不断被稀释，真理的含量也就不断被降低。其中特别是五行理论，用于解释当时的官职设置和道德观念，可以说是没有一点真理的含量，所以很快就被人们遗忘。只有在医学领域，由于还有一点真理含量，所以保存时间较长一些。但是其中的真理含量，可以说是非常稀薄的。这种把很少的真理含量推广到广大领域的事件，在古代多有发生，是科学发展中一个重要的教训。
然而医学首先是关于人体的科学，所以要建立医学的理论框架，首先要了解人体的生理和病理状况。