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在与新型冠状病毒做斗争的过程中，人体的免疫系统会受到刺激，从而引发失控反应。如果在这之前，人们已经患有菌群失调、炎症或慢性疾病如2型糖尿病，那么免疫系统很可能就会出现过激反应。
为什么人体没有及时“刹车”来减少免疫反应呢？答案可能就在肠道的菌群种类上。最新一项有关肠道菌群的研究分别对健康人群和感染新型冠状病毒的人群做了肠道菌群的对比，发现肠道菌群多样化的感染者症状可能最轻，这是因为他们体内含有大量为我们所熟知的有益菌来帮助其调节免疫系统。而那些体内炎症相关菌群种类多于正常标准的患者往往病情更严重，同时，这些患者体内与正常免疫反应相关的菌群数量低于正常水平。此外，病情严重的患者往往在康复几个月后，体内的肠道菌群的多样性仍然低于正常水平。
我们知道新型冠状病毒会感染消化系统和肺部，并且病毒在鼻拭子测试中消失很久之后，仍然可以在粪便样本中分离出来。同时，我们也看到感染新型冠状病毒对胃肠道产生了非常严重和长期的影响。一项研究表明，有超过30%的新型冠状病毒感染者在早期就出现了胃肠道症状，如恶心、腹泻和食欲不振等。
我遇到过几位患者，他们在感染新型冠状病毒痊愈几个月之后，仍然有肠道问题，如腹胀、腹痛和腹泻。我在纽约大学郎格尼医学中心工作的时候，正值疫情初期，新型冠状病毒猖獗，我每见到一位有消化道症状的患者，问的第一个问题几乎都是：您感染新型冠状病毒了吗？因为那时我们还不知道这种疾病的治疗方案，所以情况非常糟糕，但是我已经见过通过重建菌群平衡（就是本书中提到的方法）来帮助患者减轻病症的成功案例。
不幸的是，新型冠状病毒对人体的影响仍然有待研究。它会让患者的肠道菌群遭到损坏，且肠道菌群在患者康复后很长时间都无法恢复。这也很好地解释了为什么有些人的新型冠状病毒感染症状会长期存在。帮助这些患者将其肠道菌群恢复到一个更好的平衡状态，是否有益于其菌群水平恢复到患病之前的状态？服用益生菌是不是可以防止新型冠状病毒感染发展成重症？这是目前比较活跃的研究领域，应该很快就会有答案。英国一项针对超过30万人的研究发现，定期服用益生菌的女性感染新型冠状病毒的风险会较低。
即使有了疫苗，新型冠状病毒及其后遗症也很可能以某种形式伴随我们很长时间。除了已经采取的诸如洗手等防护措施外，我们现在已经意识到，拥有健康的肠道菌群比以往更为重要。当我们的肠道很健康的时候，一般来说我们不太可能生病，即使生病了，也不会很严重，并且会很快康复。