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说到细菌，我们常常会把它与感染或疾病联系在一起。我也一样，每天会花费大量的时间和精力去洗手、清洁物体表面、对设备进行消毒，以此来清除细菌。在任何可以传播有害菌的环境中，这样做都是正确的。
然而肠道环境不同。人体内的细菌大部分都是有益菌，而非有害菌。在一个健康的肠道环境中，大概85%的细菌都是有益菌，这也就意味着还有大量的有害菌在四处游荡，寻找机会繁殖并试图打破这种平衡。我们体内的细菌无论是在种类上还是在数量上，都会因为繁殖和死亡而自然地发生变化。如果肠道平衡被打破，人们就可能会有一两天感觉不适，但通常会在还没有明显难受的感觉的情况下就自行修复了。
人们永远不可能完全摆脱有害菌（我称之为不友好的细菌）。但是，通过正确的护理方式和生活习惯，人们可以最大限度地发挥有益菌的作用——抑制有害菌，防止其大量繁殖。如此也就无法对人体造成伤害了。
有时有害菌确实会占上风，破坏肠道平衡。这可能是因为人们在不知情的情况下，吃了被沙门菌或大肠杆菌等有害菌污染的食物，引发了消化系统问题。在经过几天的呕吐或腹泻之后，人体的免疫系统会彻底清除这些有害菌，有益菌会再次接管人体，届时人体的消化系统也会恢复正常。
偶尔，这些有害菌也会挥之不去，消化系统也就需要更长的时间才能恢复正常。又或者，这些有害菌并没有导致实际的疾病，但是它们会排挤有益菌，导致有益菌的数量大幅减少。菌群根据饮食和环境的不同以令人难以置信的速度动态变化着。因此，持续的坏习惯会导致肠道中的菌群平衡被频繁打破。随着菌群的平衡性和多样性被破坏，人体的健康状况也会恶化，那时我们要面临的问题就是菌群失调。