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（1）腹泻：是溃疡型肠结核的主要表现，一般每天排便2～6次不等，粪便呈糊状或水样，量多而恶臭，不含黏液、脓血，不伴里急后重感；当病变广泛时，腹泻每天可达10余次，粪中带血，侵犯左半结肠时可见脓血，血便则少见。30%的病例有腹泻与便秘交替出现，腹泻常有五更泻的特点。
（2）腹痛：80%～90%的患者有慢性腹痛，以右下腹多见，少数在脐周或全腹，呈持续性隐痛，进食会诱发及加重疼痛。当并发肠梗阻或急性肠穿孔时，腹痛呈阵发性疼痛或疼痛加剧。
（3）腹块：30%～60%的患者可扪及腹块，肿块常位于右下腹，位置较深，相对固定，质地稍硬，表面不平，有压痛。
（4）全身症状常有结核毒血症表现，如低热、盗汗、消瘦、食欲不振、体质虚弱、贫血等。如果同时有肠外结核，会有相应的症状，甚至因肠外症状突出而掩盖肠结核表现。
（5）并发症：①肠梗阻：多为增生性肠结核，也可因环状溃疡愈合后瘢痕收缩使肠腔狭窄所致。多为慢性不完全性肠梗阻，发作时腹痛呈阵发性加剧，伴有恶心、呕吐、腹胀及肠鸣音亢进等。②肠穿孔：发生率在1%～10%之间，多为慢性穿孔，在腹腔形成局限性脓肿，多见于右下腹部。③瘘管形成：慢性穿孔可发生在肠与肠之间或肠与脏器之间，形成瘘管，很难愈合，会导致严重营养不良。