急性阿米巴结肠炎患者多主诉腹泻、血便、腹痛(1~3周),一般症状轻,食欲正常而能继续工作。约有1/5的患者病史在4周以上,全部患者都有腹泻或痢疾,发热占1/3,常有体重下降。粪便内可无白细胞,但血液检查均为阳性。慢性患者的病史可达5年以上,常有腹痛、间歇性腹泻、黏液便及体重下降等,粪便内阿米巴可持续阳性。肠道病变严重,而且合并有细菌感染,偶可引起暴发性阿米巴痢疾,临床表现急骤而凶险,除腹痛、腹胀严重外,可出现中毒性休克、肠出血及肠穿孔等并发症。有文献统计,因肠穿孔造成腹膜炎者占3.2%~7.48%,阿米巴瘤占阿米巴结肠炎患者的0.5%~1.5%。阿米巴痢疾患者的2/3,体检常可触及有压痛的肿块。