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所谓肛腺是一种连接肛窦下方的外分泌腺体。齿状线附近有类似于口袋的肛窦，肛窦呈漏斗状，开口向上，下连肛腺口，直肠下部肛门附近有竖行皱襞，好像照相机暗箱上自由伸缩的蛇腹一样。粪便从此处通过时，无论怎样，细菌都会在肛门齿状线上方的肛窦内残留。如果仅仅如此还好些，但蛇腹的凹陷处还有向上开口的小袋即肛窦，这样肛窦里更容易积存粪便。肛窦里有肛腺的开口，肛腺分泌的黏液通过腺管流入肛窦。当肛窦被感染发炎后形成肛窦炎，炎症沿肛腺口逆行到肛腺，引起肛腺感染，使肛腺水肿、发炎后形成肛腺炎。炎症继续扩散，由腺组织经血管、淋巴管侵入周围组织，成为肛周炎，即肛周脓肿的前期。炎症进一步扩展，最终成为肛周脓肿。
可以看出，在肛周脓肿的发病过程中，病原菌是罪魁祸首。