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感染菌：大肠埃希菌是肠道内的主要细菌，所以也是肛周脓肿的主要感染菌。
抵抗力低：过度疲劳、年老体弱、睡眠不足、糖尿病、白血病、结核病和艾滋病患者的抵抗力下降，容易发生肛周脓肿。过食辛辣、饮酒、吃海鲜时，也可诱发肛窦感染，形成肛周脓肿。直肠癌患者也可发生肛周脓肿。
（3）肛腺感染：齿状线附近有类似于口袋的肛窦，肛窦呈漏斗状，开口（大口）向上，下连肛腺口，直肠下部肛门附近有竖行皱襞，好像照相机暗箱上自由伸缩的蛇腹一样。粪便从此处通过时，无论怎样，细菌都会在肛门齿状线上方的肛窦内残留。如果仅仅如此还好些，但蛇腹的凹陷处还有向上开口的小袋即肛窦，这样肛窦里更容易积存粪便。肛窦里有肛腺的开口，肛腺分泌的黏液通过腺管流入肛窦。当肛窦被感染发炎后（肛窦炎），炎症沿肛腺口逆行到肛腺，使肛腺水肿、发炎（肛腺炎）。炎症继续发展，由腺组织经血管、淋巴管侵入周围组织，成为肛周炎，即肛周脓肿的前期。炎症进一步扩展，最终成为肛周脓肿。
可以看出，在肛周脓肿的发病过程中，病原菌是罪魁祸首，肛窦是肛周脓肿的门户，而肛门直肠周围间隙是孕育脓肿的温床。