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引起肛周疼痛的疾病很多，除了肛周脓肿外，还有毛囊炎、化脓性汗腺炎、血栓性外痔、坏死性筋膜炎等。
（1）毛囊炎：肛周皮下的毛囊炎为化脓性细菌感染所导致，肿块较为表浅，周围皮肤焮红，肿块中心处有一白色脓栓，易溃易敛，破溃后不会形成肛瘘。
（2）化脓性汗腺炎：肛周化脓性汗腺炎由肛周皮下汗腺化脓感染所致，可与聚合性痤疮、穿凿性毛囊炎同时存在，称为毛囊闭锁三联征。病变浅而范围广，皮肤增厚，色素沉着，并有广泛性炎症和瘢痕形成，溃口间皮下彼此相通，呈现穿凿性改变。
（3）血栓性外痔：二者都表现为肛周局部的疼痛，坐立难安，但是血栓性外痔是由于静脉破裂出血导致血栓在皮下淤积，形成肛缘部的暗紫色肿块，异物感明显，位置一般更靠近肛门口，同时没有高热、寒战等全身不适症状。发病前通常有一定明显的诱因，例如搬动重物、用力排便等，通过病史的询问及专科检查可以鉴别。
（4）肛周坏死性筋膜炎：肛周坏死性筋膜炎是肛肠科的急危重症，死亡率高达60%以上。对于有基础疾病（例如糖尿病、肝硬化及恶性肿瘤等）的患者，若肛周脓肿的感染不能得到有效的控制，则会引发皮下组织及筋膜组织的坏死，演变为坏死性筋膜炎，导致中毒性休克、DIC或多脏器功能衰竭等，危及生命。