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《医效选录》所依据的版本是由上海科学技术出版社1994年6月出版的，由于存在一些缺陷和舛误，如案例病证未做归类而显零乱，或案例病名不够妥帖，或案中症状叙述凌乱，主诉不突出等，本次校评均做了修正，主要有以下几点：
1.医案按病证归类
原医案目录罗列有105个案例，现按病证归类分为36类，如将原“一～六”医案归为“外感”类，其下罗列各医案，对于相同病证名者，目录仅出现一个，正文医案则在病证名下依次排列（下同）；将原“七～一一”医案归为“哮、喘、咳”类，“一六、肺大疱”案亦归入此门；将原“一七～三八”医案归为“心脑血管病证”类等。
2.案例病证名的修正
如将原“晚期癌症止痛”病名，改为“晚期癌证疼痛”；将原“冶铜中毒”病名，改为“冶铜中毒后遗症”；将原“煤气中毒”病名，改为“煤气中毒后遗症”等。
3.综述标题在目录中的罗列
原书在一些案例后列有综述，但在目录中未列出，现以附文形式列出，对于无病名的综述则改为某病的辨治综述，如“冠心病辨治综述”“病毒性心肌炎后遗症辨治综述”“慢性结肠炎辨治综述”“梅核气辨治综述”“手足汗证辨治综述”“恶阻辨治综述”“蓐热辨治综述”等。将原“一三、开音丸方，一四、开音简方”，改作附文列出。原子烦案例后的综述，据文意改作“关于子烦、子痫病机的讨论”，类此修改的还有“荸荠考”“引经药综述”等。有些医案后无按语，但有综述，而此综述又与案例关系密切，则改成按语列于后，如“胎前洪肿”张某案、“妊娠腹泻”案、“脏躁”丁某案及巴某案等。
4.医案中症状、病史等叙述次序的修改
有些医案中初诊，或首述症状、病史与本病证关系不密切，或属于既往史者，则将内容移后，以突出主诉与现病史。如外感门中“高热、低热迭发”案，原初诊与此病无关，故删去，改二诊为初诊，而将原初诊内容作为既往史列入；又如“冠心病”张女案，原案首的病史实为既往史，故移后。有些医案症状叙述中夹议其他理论，或其他说明事项，则将这些内容归入按语中，如“夜半牛饮”案、“撞红痛经重症”案、“子烦（先兆子痫）”案等。
5.字词修改
对于错别字、通假字、异体字，或不规范书写，改正不出校注，如濇→涩、眎→视、迻→移、黑旱莲→墨旱莲、脏府→脏腑等。