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《本草纲目类纂必读》十二卷为清康熙十一年（1672）毓麟堂刊本。本次编撰对原著中存在的问题、舛误等做了修正，主要有如下几方面。
1.目录与正文不合，包括标题、药名与次序等。如目录中分部标题下列有分类，而正文中未列分类，据目录补。有些药物在目录中为独立项，而在正文中是为附录，如独活，在正文中为“羌活（附独活）”，据正文改。又如目录为白芍药、赤芍药，正文为“芍药（赤芍、白芍）”，据正文改。目录为栝楼实、天花粉（即栝楼根），正文为“栝楼（栝楼实、根名天花粉）”，据正文改。不少药名目录与正文不合，据正确者改，如目录为木香，正文为“广木香”，据正文改；目录为“蒲黄”，正文为蒲，据目录改；目录为“车前子（苗、根）”，正文为车前草，据目录改。目录的药物次序与正文不合，均按正文改，如目录中何首乌在前、蒲黄在后，正文中蒲黄在前、何首乌在后，据正文改。
2.目录中无药名，而正文中有，则目录按正文补入，如玳瑁、鸬鹚、斑鸠等。
3.凡书中有双排小字者，则字不加粗，用括号标记，以示区别。在“发明”栏目中，对于何镇按语作换行处理，以突出作者思想与特色。书中眉批，用括号标记，且字不加粗。
4.书中底注，多为音注，或字解，择其重要者，以括弧标注，字不加粗，或在校注中说明之。
5.错别字、异体字直接改正，如柤→渣、否→痞、耑→专、穰→瓤、賔→宾、皰→疱等，不做校注。