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在茅屋中上课的联大学生，平静的书桌未安放多久，凶悍的日军飞机又带着一肚子“亮晶晶的家伙”主动找上门来了。
自1938年7月中旬始，日军作战大本营指挥25万日军沿长江两岸和大别山麓向西南地区围攻而来，国民政府迅速调集百万大军，以武汉为中心，在大别山、鄱阳湖和长江沿岸组织武汉保卫战。
8月21日，蒋介石接见英国《每日捷报》驻华访员金生并发表谈话，谓“扬子江阵线之一，不久即将展开剧战，此战将为大决战”。
10月下旬，日军迫近武汉三镇，中国军队与日军展开空前大血战，这是抗日战争初期最大规模的一次战役。交战双方伤亡异常惨重，日军伤亡人数达到了10万以上，国军伤亡40万之众。武汉保卫战不仅有效地阻止了日军进攻西南大后方的脚步，更重要的是为上海、南京等地迁往武汉的大约3000多家兵工企业、民用制造业和大批战略物资转移到四川、广西、云南等地赢得了时间，为国民政府以时间换空间的战略计划发挥了作用。
10月25日，剧战中的国军被打得残缺不全，几乎没有一个完整的师可供补充。为保存继续抗战的力量和持久抗战，蒋介石下令全线撤退，武汉沦陷。
就在武汉会战正酣之际，日本军部已将注意力转移到切断和封锁中国国际通道的战略与外交行动中。日军大本营首先派遣海军航空队轰炸昆明至越南、缅甸的滇越铁路和滇缅公路，同时出兵侵占广东和海南岛，以切断香港和中国内地的联系，继而进攻广西，切断了镇南关和法属印度支那越南的联系。被逼退到西南一隅的中国军队，即将陷入内无粮草、外无救兵的绝境。
1938年9月28日，日军以堵截、破坏滇越铁路和滇缅公路为终极战略意义的昆明大轰炸开始了。由9架日机组成的航空队从横琴岛（位于广东珠江口外）起飞至昆明上空，首次展开对春城的轰炸。昆明市居民和无数难民大多没经历过如此阵势，见敌机轰响着一字排开向这座边城压来，一时不知所措。许多人好奇地停住脚步抬头观望。
无情的炸弹冰雹一样从天空倾泻而下，观看的人群没来得及嗷叫一声便血肉横飞，人头在空中如飘舞的风筝，四处翻腾，当空乱滚。时在昆明西门外潘家湾昆华师范学校附近聚集了大批难民和好奇的市民，日机28枚炸弹从天而降，当场炸死190人，重伤173人，轻伤60余人。
◎日军零式战斗机飞临昆明上空
此时，西南联大师生和中央研究院等学术机构人员，因在长沙时已有了跑警报的经验，一看敌机来临，立即向附近的防空洞或野外逃窜。中研院史语所驻地靛花巷，离昆明城北门只有几十米的路程，出北门即是乡下的旷野，学者们听到警报，扔下手中的工作窜出室外纷纷向北门外狂奔。
此次日机轰炸昆明城，昆明市民政局一位参与赈济救灾的科员孔庆荣目睹了当时的悲惨场面，许多年后，他在一篇回忆文章中写道：“炸弹落地爆炸，硝烟弥漫，破片横飞，死者尸横遍野，幸存者呼天嚎地，惨叫之声不息……最惨者为一年轻妇女领一岁多的小孩，妇女的头被炸掉，尸体向下，血流不止，而孩子被震死于娘的身旁。除此，其他破头断足、血肉狼藉……”其凄惨之状不忍追忆。
◎日本飞机轰炸昆明——文化巷中三弹
◎遭到日本飞机轰炸后的西南联大
初试刀锋，日军眼见中方几乎无丝毫反击能力，于是放开胆子继续更大规模地对昆明实施狂轰滥炸。许多人都目睹了这样的景象：飞机在空中从容变换队形，一架接着一架俯冲投弹，整个城市浓烟四起，烈焰升腾，而后才是炸弹的呼啸和爆炸声；有时甚至可以清楚地看到一枚枚炸弹如何从银白色的飞机肚子里钻出来，带着“嗖嗖”恐怖之声向城市飞去。
因有了“九二八”惨案这一血的教训，“跑警报”成了昆明城不分男女老少、贫富贵贱共同的一种生活方式。连无孔不入的小商贩在黑市上倒卖本地酒，也开始与时俱进地挂名“警报牌”，以此招揽生意。由于敌机经常前来轰炸，几乎每天都要跑警报。时在西南联大就读的汪曾祺后来在回忆文章《跑警报》中，有这样的描述：“我刚到昆明的头二年，一九三九、一九四〇年，三天两头有警报。有时每天都有，甚至一天有两次。昆明那时几乎说不上有空防力量，日本飞机想来就来。”“西南联大有一位历史系的教授，——听说是雷海宗先生，他开的一门课因为讲授多年，已经背得很熟，上课前无需准备；下课了，讲到哪里算哪里，他自己也不记得。每回上课，都要先问学生：‘我上次讲到哪里了？’然后就滔滔不绝地接着讲下去。班上有个女同学，笔记记得最详细，一句不落。雷先生有一次问她：‘我上一课最后说的是什么？’这位女同学打开笔记来，看了看，说：‘您上次最后说：“现在已经有空袭警报，我们下课。”’”
◎日本飞机轰炸昆明之历史的见证
频繁的警报搞得人心惶惶，鸡犬不宁，无论是学者还是学校师生，大好时光白白流逝。鉴于这种痛苦不安的情形，云南省政府开始通知驻昆的学校及科研院所，尽量疏散到乡下，以便减少损伤，同时也可腾出时间工作。西南联大人多势众，要选个合适的地方极其不易，一时不能搬动，但有些教授还是自愿住到了乡下比较偏僻的地方。中央研究院史语所为保存发掘出土的文物及书籍免受损毁，决定立即搬家，搬到一个既安静又不用跑警报的地方去。此前，石璋如到过城外十几里地的黑龙潭旁一个叫龙泉镇的龙头村做过民间工艺调查，结识了龙泉镇棕皮营村村长赵崇义（棕皮营村紧挨着龙头村和麦地村，而以龙头村为最大，外界多把这三个村子统称龙头村）。棕皮营有个响应寺，石认为此处条件不错，便引领李济、梁思永等人前去观察，经赵崇义与镇长商量并得到许可，史语所决定迁往此地。正在大家准备搬家之时，傅斯年来到了昆明。