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虽然已经取得了巨大的医学成就，但哈维依旧没有放弃解剖学研究。
1618年到1648年，欧洲大陆因为霸权和宗教矛盾爆发了全面战争。1636年，哈维再次来到欧洲大陆，面对盗贼出没、草木凋零、鸟兽几乎绝迹的世界，他在给朋友的信件中抱怨道，除了可怜的人们，他很少看到狗、乌鸦、鸢等小动物，已经找不到可供解剖的动物了。
在欧洲大陆旅行期间，哈维意图说服德国名医、血液循环最激烈的反对者霍夫曼，但没有成功。
1640年，英国资产阶级革命爆发，之后哈维因王室御医的身份而流亡了数年。流亡期间，他依旧不忘学习，坚持研究。曾有一颗炮弹在他附近爆炸，他仅仅挪动了一下位置，就当作什么都没有发生，继续学习。因为孜孜不倦的研究精神，哈维在这一期间大量观察母鸡的生殖和鸡雏的发育，积累了大量的实验记录和观察笔记。
1649年，英国内战结束，查理一世被绞死，哈维被罚200英镑，禁止进入伦敦城。已经71岁高龄的哈维回到家中，依旧坚持自己的研究，并在1651年由学生恩特整理出版了《动物生殖》一书，标志着当代胚胎学研究的真正开始。该书提出了生物器官的“渐成论”，否定了“预成论”。
哈维一生都在积极进行科学研究，直到1657年6月3日因为脑出血去世才停止。没有子嗣的他，在后半生几乎捐献了自己的所有遗产。
哈维曾预言，在动脉和静脉末端必定存在一种微小的通道，把两者联结起来。可惜在后半生，他并没有任何实证性的发现，或许这是他此生最大的遗憾。
他的遗憾在几年后，被意大利科学家马尔比基所弥补。1661年，马尔比基用显微镜观察青蛙肺部，发现了静脉之间的毛细血管，从而完全证明了哈维的推断正确。
哈维通过实证精神，不仅开创了血液循环理论，也进行了一次完美的预言，他的贡献是划时代的。他不仅仅是一位医者，从某种意义上来说，他的工作标志着近代生命科学的开始。
就像哥白尼敢于怀疑亚里士多德的地心说一样，哈维勇敢地向盖伦提出了挑战，这种坚持探寻真理的意志和勇气，让他在科学史上留下了浓墨重彩的一笔。