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1707年，林奈出生于瑞典斯莫兰一个叫拉舒特的静谧小村庄。父亲尼尔斯是一位乡村牧师，浓厚的神学思想从小就萦绕在林奈周围，即便如此，父亲的另外一个爱好却对他造成了更深的影响。
父亲酷爱园艺，在家里建造了一个小花园，把鲜花和绿植种在了家里的各个角落。林奈从小就喜欢去观察每种植物的特点，而父亲也总会告诉他各种花卉的名字。他不可自拔地迷上了植物，每天只想研究植物。
父亲对林奈寄予厚望，在他很小的时候就开始对他进行拉丁语、宗教和地理知识的教学，希望他长大以后能子承父业，成为一名优秀的神职人员。可林奈从小喜欢观察植物，因此受到同学们的欢迎，被称为“小植物学家”。
面对林奈的成绩，父亲十分忧虑，给他请了一名家庭教师。但林奈并不喜欢填鸭式的教育方式，乃至于他在后来的自传中戏谑式地说道：“与其（说是）培养孩子的才能，不如（说是）消灭孩子的才能。”
1717年，经过家庭教师几年的辅导，10岁的林奈被父亲送进了一所初级文法学校。在这段时期，林奈经常跑到乡下去观察植物。有一回，父亲去看望他的时候，老师给予了他严厉的批评。父亲一怒之下就把林奈送到了鞋匠那里去当学徒，想让他好好体验生活的艰辛，但这一切都没有改变林奈对植物的热爱。
按照父亲的计划，林奈以后会顺顺当当地成为一位牧师，但他的人生轨迹却在15岁时发生了改变。在文法学校的最后一年，他的老师正好是校长兰尼鲁斯。兰尼鲁斯是一位植物学爱好者，拥有一座独立的花园。在给林奈授课期间，他很快注意到了林奈对植物的热爱，于是亲自把花园交给他管理。
随着林奈学习到的植物知识越来越多，兰尼鲁斯发现自己的学识也不够了，又把韦克舍的一位高中老师介绍给林奈认识。这位高中老师名叫罗斯曼，是一位资深的医生，对植物学有深入的研究。在罗斯曼这里，林奈得到了系统的学习，拓展了对植物学的兴趣。