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1593年，李时珍去世，享年76岁，遗憾的是，此时《本草纲目》尚未完成出版。直到1596年，李时珍去世3年后，在子孙和朋友的共同努力下，《本草纲目》终于得以出版，也算告慰了李时珍的在天之灵。然而李时珍的另一个愿望——得到官方认可——却未能实现，从嘉靖到万历，李时珍的《本草纲目》都没有得到官方的肯定。
《本草纲目》约190万字，共52卷，共记录1892种药物的信息，其中374种为李时珍首先确定的新药，此前的其他古医书从未记载。《本草纲目》详细描述了这些药物的名称、产地、种类、形状、加工、性质、味道、作用和适应证
等。与此同时，还列出它们应用的11096种处方。为使读者更加清晰地识别和理解，书中同时辅以1160幅插图。
《本草纲目》已具有物种分类的雏形。李时珍一改传统的编排方式（以主观为主，根据药性分为上、中、下三等），而是根据药物属性进行客观分类，如植物药（1094种）、动物药（444种）、矿物药（275种）等；在此基础上又细分为16个部，如水、火、土、金属和矿物、草、谷物、蔬菜、水果、木材、昆虫、鳞片、蟹壳、鸟类、动物和人类等；某一类下面还会细分，如根据生长环境将草进一步分为水生和陆生，将有香味的植物归为一类等。这些知识说明李时珍已萌发物种分类的思想，对将来科学分类法的提出具有重要参考价值。
李时珍拥有高超的记录和表述技巧。为弥补以往古医书的缺陷，《本草纲目》对每一种药物都进行了清晰编排和分类，每个条目下都涉及多方面信息：以前药物的错误信息；生僻名称；按年代顺序收集的药材注释信息，如来源、外观、时间、药用部位、与其他药材的相似性等；药材制备方法；疑点解析；更正信息；味道和特性信息；药材应用处方等。如此丰富的信息量无疑提高了药材的辨识度和应用的正确性。与此前的药物学著作相比，《本草纲目》具有四大优势：一是数量扩大化；二是名称标准化；三是分类科学化；四是描述客观化。