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李言闻对李时珍的要求极为严格。他要求李时珍不搞特殊，也从学徒做起，并强调选择从医这条路就要有吃苦耐劳的精神。因自小受到熏陶，李时珍比其他人学得快很多，并且极有天分，经过几年打磨，终于在30多岁时成长为当地一位小有名气的医生。
1551年，也就是嘉靖（明世宗朱厚熜年号）三十年，34岁的李时珍因治好了富顺王朱厚焜儿子的病而名声大噪。获悉此事的楚王朱英裣便请他为自己的儿子治病，李时珍也治好了。楚王因此欣赏李时珍，请他留在府中担任官职，同时兼管良医所。楚王府有许多藏书，工作也比以前行医时要轻松很多，李时珍得以利用宽裕的闲暇时间阅读大量古医书。读着读着，李时珍发现了问题，那就是，不同书中对相同事物的描述异常混乱，说法不一，更有甚者常常以讹传讹，出现一些错误和误导，这对治病救人而言，后果异常严重。恰在此时，朝廷出版了几部医学著作，李时珍便萌生出编纂医书的想法，他认为这样做既可以得到官方认可（这是当时大多数人的想法），又可以正本清源，消除医书内容混乱的局面。然而，当李时珍向楚王提起编纂医书的想法时，楚王却表示并无太大兴趣。失望之余，李时珍开始寻找其他解决方案。
1556年，李时珍获得一个极佳的机会，那就是进入明朝太医院工作。他认为楚王作为地方人士，意识不到编纂医书的重要性是情有可原的，而作为明朝最高医学殿堂的太医院应该会支持自己的想法。遗憾的是，李时珍的美好愿望再次落空。嘉靖皇帝喜欢的是可令人“长生不老”的方士
，对李时珍的药学著书毫无兴趣。同时，李时珍在太医院的生活也不太平，他和宫廷御医的理念完全相反，因此经常会产生摩擦。但是，在太医院的工作经历对李时珍的一生产生了深远影响，为编写《本草纲目》打下了基础：他在太医院的药房里仔细比较和鉴别了各地的药材，搜集到大量第一手材料
；他饱览了皇家珍藏的丰富典籍，获得当时民间的大量相关信息，并看到不少平时难以见到的药物标本，许多都是李时珍闻所未闻的。同时，李时珍发现了更多书籍中的更多错误，从而更加坚定了编纂《本草纲目》的信心。1558年，在太医院工作一年有余的李时珍离开京城，回到家乡开始坐堂行医，用自己的“字”——“东璧”为堂号创立“东璧堂”。
此后十年，李时珍阅读大量古医书并结合自己的临床实践，发现这些书中记载的药材数目繁多，名称多种多样，有时候同一种药材有两三个名称，而有时几种药材又使用同一个名称，混乱程度让人触目惊心。更严重的问题是，有的书里对药效的描述是错误甚至是相反的，致人死亡的毒药居然被标注为延年益寿的仙丹，如被实际应用，后果可想而知。李时珍原本期望编纂《本草纲目》能够得到官方支持，被拒绝后他对此感到越来越急迫，最终决定以个人名义来完成这个巨大挑战。