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巴斯德淡泊名利，他将巴氏高温消毒法的技术无偿奉献给世界，体现了科学家的高风亮节。他对科学的热爱贯穿一生，为了工作不辞辛劳，勤勤恳恳地日夜忙碌，导致积劳成疾，加上尿毒症给本就孱弱的身体雪上加霜。1894年，巴斯德再次发生严重中风并一直未能痊愈。1895年9月28日，巴斯德由于中风和脑出血去世，享年73岁。人们为巴斯德举行了国葬，将他安葬于圣母院大教堂。
巴斯德一生成就众多，荣誉无数：1862年当选法国科学院院士；1869年当选英国皇家学会外籍会员；1881年因攻克炭疽病被授予杰出十字奖章；1888年法国政府为表彰巴斯德的伟大贡献而在巴黎创建巴斯德研究所，由他担任所长；1895年因对微生物学的贡献而获得列文虎克奖章……1901年诺贝尔奖才创立，因为不颁发给已故科学家，所以巴斯德至少错过了两次诺贝尔奖（手性分子的发现和狂犬疫苗的研发）。2006年，世界卫生组织将巴斯德逝世之日——9月28日，设立为全球狂犬病日。