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唐贞观十七年（643年），玄奘启程回国，带回了657部佛经。贞观十八年（644年）底，玄奘终于辗转到达唐境，敦煌官员恭迎玄奘。玄奘上表唐太宗，请求觐见。此时的唐太宗正准备亲征高丽（今朝鲜），玄奘便更为着急，怕错过觐见的机会。贞观十九年（645年）正月，玄奘回到长安。整个长安城都在口口相传，码头上人满为患，百姓们都希望能够一睹玄奘大师的真容，挤得玄奘只能在船上过了一夜。
贞观十九年（645年）二月初一，唐太宗在洛阳宫的仪鸾殿召见了玄奘，唐太宗以“法师出家后与世俗了断，所以能委命求法、惠利苍生”大度地原谅了当初玄奘的偷渡西行，而玄奘则将各地的风土人情和其他情况向太宗做了汇报。唐太宗表示出非常大的热情，并建议玄奘将途中的所见所闻著作成书，让天下百姓都可以看到。也是这个提议，促成了《大唐西域记》的诞生。玄奘家乡东南方的少林寺是洛州的一所名刹，远离市区，环境清幽。玄奘初见唐太宗时，即表示希望前往嵩山少林寺译经，但并未获得唐太宗的允许。
玄奘从印度及中亚地区带回国的梵夹佛典非常丰富，共526夹657部，对佛教原典文献的研究有很大的帮助。
在玄奘回国之初，唐太宗和玄奘交流时，便发现他具有惊人的政治才能，当场劝说玄奘还俗。玄奘回复道：“玄奘少践缁门，伏膺佛道，玄宗是习，孔教未闻。今遣从俗，无异乘流之舟使弃水而就陆，不唯无功，亦徒令腐败也。”意思是说让他还俗从政就好比舟在陆地上行走，不仅浪费了所学佛法，还徒招骂名。虽然唐太宗的提议被玄奘拒绝了，但他仍不放弃，常常“逼劝归俗，致之左右，共谋朝政”。
唐贞观十九年（645年），唐朝进军辽东，唐太宗要求玄奘观战，再次提出还俗的要求，玄奘以释迦牟尼规定出家人不得看军队作战为由拒绝。贞观二十二年（648年），唐太宗又一次令玄奘还俗，再次被拒。唐高宗李治继位以后，也曾多次令玄奘还俗，但都被拒绝。其实，唐太宗屡次劝说玄奘还俗与当时宗教的政策有关。唐朝刚建立时，由于隋末农民战争的破坏，国家经济几近崩溃，为了发展经济，唐朝的统治者对佛教甚为排斥。唐太宗自身也认为佛教无益于天下。与此同时，唐太宗一直致力于打击突厥在西域的霸权，多次发动战争，他需要精通西域、中亚、南亚多个国家地理交通、政治文化、民俗文化的顾问，玄奘便成了他最好的选择，所以才多次要求玄奘还俗做官。
唐贞观十九年（645年），玄奘在长安设立了译经院。佛教东传最开始的翻译工作是由私人完成的，翻译的方式和质量也就无法保证。玄奘决心改变这种现状，拟订了一份合理的翻译计划呈给唐太宗，主译为玄奘，下设证义、缀文、笔受和书手，还要求特派中文和梵文专家各一名。很快，这个效率非凡的计划就得到了唐太宗的批准。第一年，玄奘就完成了3部经书的翻译工作。贞观二十年（646年），玄奘为班师的唐太宗呈上了完成的翻译作品，并于同年五月开始了《瑜伽师地论》的翻译。贞观二十二年（648年），玄奘将译好的《瑜伽师地论》呈给唐太宗，并请唐太宗作序。唐太宗花一个多月时间阅读了这部长达百卷的佛教经典后，亲自撰写了700多字的《大唐三藏圣教序》，盛赞“玄奘法师者，法门之领袖也”。贞观二十三年（649年），唐太宗驾崩，受玄奘的影响，唐太宗度僧18000多人。
唐太宗驾崩后，玄奘继续专心译经，每日天还没亮就开始译经，深夜才睡。除了译经，玄奘也要讲经，为各地慕名而来的学僧答疑解惑，还要处理日常寺务。虽然杂务缠身，但从未影响玄奘译经的进程。玄奘在慈恩寺的西院筑了五层塔，也就是今天的大雁塔，存放佛像和经文以防水火之灾。
十几年时间，玄奘将约1330卷经文译成汉语。唐显庆二年（657年）九月，玄奘借着陪驾住在洛阳的机会，第二次提出入住少林寺的请求，再次被拒绝。显庆五年（660年），他开始翻译《大般若经》，到龙朔三年（663年）终于译完了这部多达600卷的巨著。此后，玄奘深感身心日衰，仅在麟德元年（664年）译出《咒五首》1卷，成为绝笔。
麟德元年（664年）正月初九的傍晚，玄奘不慎跌了一跤，从十三日开始，便只能卧病在床。二月初五夜里，玄奘圆寂，遗体停放了77天都未曾腐败。按照遗言，他的灵柩只用简陋的竹席编成。四月十四日，他被安葬于白鹿原上其兄长捷法师的墓地附近，送葬者多达30000人。
玄奘前后共译经论75部，总计1335卷。此外，玄奘还将《老子》等中国经典译作梵文，传于天竺。唐太宗曾评价玄奘为“只千古而无对”。纵观玄奘一生，是何等的意志能令其遍游印度，又是何等的坚守让他的一生都致力于佛教真谛的追求和弘扬。虽然他只活了62岁，但他在中国佛教史上的伟大成就和坚持不懈的品质，都将在历史的长河中熠熠生辉、永垂不朽。