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尽管上述假说都说明了有性生殖的优势，但它们都无法解释为什么这种生殖方式成为生物长期的选择，并且从数学模型上来看，在无性生殖中偶尔穿插有性生殖不仅能带来同等益处，还能节约相关成本。另外，如前文所述，即使是寄生虫带来的压力也不足以让生物一直采取有性生殖的方式。有些生物，如蚜虫，就是交替进行两种生殖方式以各取所长：它们在春夏进行无性生殖，在秋天转向有性生殖并产下利用休眠过冬的卵。因此，有性生殖进化过程中的真正谜团在于，为何自然选择使有性生殖成为包括人类在内的部分生物的唯一生殖方式。