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另一种假说认为，有性生殖不是为了累积有益的突变，恰恰相反，是为了通过基因重组避免有害的突变在后代中不断累积。正如前文所提到的，绝大多数的基因突变是有害的，基于这个事实，美国遗传学家穆勒（Hermann Joseph Muller）于1932年提出了穆勒棘轮效应。该效应认为，自我复制会让生物进化走入死胡同，因为基因缺陷将不可避免且不可逆转地在后代中不断累积，直至后代无法成活，物种最终消失。而有性生殖可以避免发生上述现象。通过染色体的分离和重组，携带不同突变的雌性和雄性可以产生不携带有害突变的后代。不过这种优势也需要经过很长时间才能凸显，因为有害突变累积导致后代质量下降也是一个缓慢的过程。所以我们又回到了原来的问题，即有性生殖带来的短期优势是什么，仅有长期的优势难以解释为何大部分物种选择了有性生殖而不是无性生殖。
其他研究人员提出，解释可能存在于自然栖息地的多样性之中。根据“茂盛河岸”（法文为La rive luxuriante）假说，产生不同的后代的确是更好的选择，它们可以利用不同的生态位避免彼此之间的竞争。在瞬息万变的栖息地中，环境的改变可能是偶然和随机的，环境的异质性主要体现在时间上而非空间上。因此，鉴于有性生殖可以产生不同的后代，这样至少可以保证某些个体在对的时间出现在了对的地方。根据这个又被叫做“基因彩票”的假说，有性生殖是科学家所说的“两头下注”（bet-hedging）的一种方式，通俗来说，就是避免把所有的鸡蛋放在一个篮子里。