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嘉祐五年（1060）二月中旬，苏家抵达汴京，在西岗租了一座宅院暂住下来。稍事安顿之后，苏氏父子便把从江陵到汴京途中所作诗文合编为《南行后集》，而把前次舟行时的作品合集改称为《南行前集》。
转眼已是春光烂漫的三月，苏轼被任命为河南府福昌县（ 今河南宜阳县西 ）主簿，苏辙也被任命为河南府渑池县（ 今河南渑池县 ）主簿，这是办理文书等事务的九品官。听说明年将举行制科考试，兄弟俩都辞不赴任，准备应试。
“制科”不同于三年一次的“进士”、“明经”一类的“常举”，是由皇帝特别下诏并亲自主持、为选拔非常人才而特设的一种考试（ 制，皇帝的命令 ）。应试制科，须经大臣举荐，先由六名考官在秘阁（ 官署名，负责收藏中央各文史机构的珍本书籍及书画 ）举行“阁试”，及格者方可参加御试。制科极严，应试者也很少，通过者更少，终两宋三百多年，开制科二十二次，入等者才四十一人。因此，制科出身，其荣耀又加倍于进士及第。
为了应付这次难度极大的考试，苏轼兄弟从家中搬出来，移居到怀远驿中，专心读书。
一天晚上，风雨骤至，雨打窗棂，更显出长夜的寂静。灯下，兄弟俩正在读唐代诗人韦应物的诗集，其中《示全真元常》一诗中有“宁知风雨夜，复此对床眠”的名句，意思是说，今夜风雨潇潇，彼此对床畅谈，极惬人意，以后不知哪一天才能重享这样的快乐时光。读到这里，他们不禁心有所感，触景生情。在故乡，在京城，兄弟二人形影相随，同窗共读，度过多少悠闲自在的美好岁月，一旦踏上仕途，就将各自宦游千里，长相别离，兄友弟爱、对床夜话的平常光景，也将显得十分珍贵，难以复得！于是双双约定，日后功成名遂，完成社会的责任和义务，一定及早退隐，同回故乡，纵情山水，共叙手足之情、闲居之欢。此时风摇树影，雨声大作，兄弟俩相对而坐，握手盟约，沉浸在深挚的情感之中。以后漫长的岁月中，他们一直念念不忘这个风雨之夕的约定，无数次地在互相赠答的诗篇中提起这个旧梦，作为天各一方的坎坷仕途中可资慰藉的一点希望之光。
嘉祐六年（1061）八月，苏轼以“贤良方正能直言极谏科”考入第三等，这是极大的荣誉。宋代制科惯例，一、二等皆虚设，实际最高等级为第三等，其次为第三次等、第四等、第四次等（ 第五等不授 ）。自北宋开制科以来，只有吴育一人得过第三次等，因此，苏轼得第三等是破天荒的。
御试列入高等，苏轼被授予大理评事、凤翔府（
治所在今陕西凤翔
）签判的官职。
苏辙考入第四等，被任为商州（
治所在今陕西商县
）推官（
州府属官，掌管审案
）。都是正八品官职。因苏洵奉命在京修礼书，苏辙奏请留京侍奉。