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外观可见的部位按照以上所述方式排列，一般来说各有其特定名称，并通过用途和惯例而为人们所熟知；但内部器官并不为人们所熟悉。原因在于，人类的内部器官在很大程度上是未知的，我们必须仰赖对其特征以及与人类相似的其他动物的内部器官的观察。
首先，大脑位于头部前端。这一点与所有具有大脑的动物相同；所有有血动物都有大脑，软体动物也不例外。但是，按照动物的身体比例来看，人类的大脑最大，分泌物最多。两层膜包覆在大脑外：最强韧的一层靠近颅骨；内层包覆大脑，较为薄弱。所有的大脑都是对称分布。大脑的正后方为“小脑”，其形状与大脑有别，这一点我们或许都能感觉和看到。
各种动物的头部大小不一，但后半部分都是中空结构。某些动物脑袋较大，脑袋下方的面部按比例计算却相对较小，比如圆脸动物；有些头部较小，但颌骨较长，比如长有鬃毛和尾巴的动物，此处无一例外。
所有动物的大脑均为无血，其中没有血管，正常情况下触感冰凉；大部分动物的大脑中间有一个小凹陷。包覆脑的脑膜中有网状血管；这层脑膜正是紧紧包覆大脑的那层皮膜。大脑前方的部分是头骨最薄弱的地方，叫作“额骨”。
脑膜
脑膜实际上是包裹大脑和脊髓的三层保护薄膜，分为硬脑膜、蛛网膜及软脑膜，其主要作用是保护大脑及中枢神经系统。脑膜的最外层为硬脑膜（硬脑膜又分为骨膜层和脑膜层），是脑膜中主要的保护层；蛛网膜居中，软脑膜则最靠内，与大脑紧密贴合。
眼睛到大脑共有三种导管：最大号和中号的通往小脑，最小号的通向大脑本身；最小号的导管离鼻孔最近。两个较大号的导管并排分布，没有交叉；中号的有交叉——此种情况尤见于鱼类——因为它们比较大号的导管更靠近大脑；最小号的一对相互间距最大，没有交叉。
颈内有食管 （其他别名依据食管的长度和窄度而起） 和气管。凡具有气管的动物，气管都位于食管的前方，同时还具有肺。气管由软骨构成，少量供血，周遭布满无数细血管；气管位于靠近口腔的位置，处在鼻孔进入口腔形成的孔隙下方——人类吞咽液体时，如果液体进入呼吸道，则可通过该孔隙排出鼻孔。两个开口中间即为所谓的会厌，这个气管可以拉长，盖住气管与口腔连通的通气口；舌根与会厌相连。气管的另一端延伸至两肺之间的孔隙，并在此处分叉，形成肺的两个支气管；凡有肺这个器官的动物，肺一般为两个。然而，胎生动物的这种二重性不如其他物种那么明显，而人类的二重性最不易于辨识。人类的肺不像某些胎生动物那样分成多个部分，表面也不平滑，而是参差不平。
对于鸟类等卵 （蛋） 生动物和卵 （蛋） 生四足动物而言，肺的两个部分互相隔开一定距离，从表面上来看，这些动物生有一对肺；气管 （本身只有一根） 分成两支，分别连接两个肺部的其中一个。气管还贴附着主静脉和主动脉。当气管内充入空气时，空气会进入肺部的中空区域。这些中空区域也有分区，由软骨构成，并以锐角相互连接；支气管从分区贯穿整个肺部，并且反复分支。心脏通过脂肪、软骨和肌腱组成的衔接物与气管相连；心脏与气管的连接处有一个凹陷。当气管充入空气时，空气进入心脏的过程在较大型的动物身上可以感知到，但某些动物则不能。以上便是气管的特性，它仅能吸入和排出空气，不能吸入固体或液体，否则会引起疼痛，直至将吸入的东西咳出。
人体内脏器官结构图
人的内脏按其形态结构，分为管腔性器官和实质性器官两大类。管腔性器官都有管道与外界相通；实质性器官主要是腺体，以导管开口于管腔性器官的壁。
食管顶部与口腔相通，位置靠近气管，通过膜性韧带贴附于脊骨和气管上，穿过横膈膜进入腹腔。食管由肌肉状物质组成，可横向和纵向拉伸。
人类的胃部与狗的相似；胃比肠大不了多少，像是超出一般宽度的肠；肠只有一条，宽度适中，百转千回。肠的下半部分与猪类似；相对较宽，从此处通往臀部的部分既短且厚。大网膜贴附在胃部中间，由脂肪膜组成，与其他所有具有一个胃、两颌均有牙齿的动物类似。
肠系膜位于肠的正上方；肠系膜也属于膜性物质，较宽，可转换成脂肪。它贴附于主静脉和主动脉上，其中有许多静脉交织穿行，直通肠部区域，即从上面开始，到下面结束。
以上便是对食管、气管和胃部特征的说明。