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清初，额鲁特蒙古分为四部：绰罗斯、都尔伯特、土尔扈特、和硕特。各部落首领称“台吉”。绰罗斯台吉僧格死后，其子索诺木阿拉布坦即位，僧格之弟噶尔丹杀死索诺木阿拉布坦，自称准噶尔丹，并统一了额鲁特蒙古四部。
噶尔丹东征西杀，实力大增，占领了新疆、青海等地，进而侵犯喀尔喀蒙古（即蒙古国）。
康熙二十八年（1689年），噶尔丹联络俄罗斯，想与之共同南下进攻清朝。俄罗斯军刚刚在雅克萨之战中被清军击退，与清朝签订了尼布楚条约，惧于清朝的强盛，不愿与清再开战衅，遂将噶尔丹之谋密告清政府。康熙帝大怒，遂于次年七月命裕亲王福全为抚远大将军率军征讨。在乌克布通（今内蒙古昭乌达盟克斯克腾旗），双方经过一场激战，噶尔丹率部败逃。
经此役后，噶尔丹不仅没有稍加收敛，反而变本加厉，召集流亡，扩充实力，继续与清政府为敌。
康熙三十五年（1696年）春，康熙帝亲统大军北上，命将军萨布素率一部从东面进发，将军费扬古率一部从西路进发，他自己率大军为中路，夹击噶尔丹。
噶尔丹闻知康熙帝御驾亲征，不敢迎击康熙帝的中路军，欲先进击费扬古的西路军，然后再与中、东两路清军作战，各个击破。
费扬古的西路军经过艰苦卓绝的长途跋涉，抵达昭莫多（蒙古语，意为“大林”，在今蒙古国乌兰巴托东）时，将士们已筋疲力尽，马僵其半，难以迎敌作战。费扬古以马力不能驰击，非反客为主，以逸待劳，不足以与敌争胜，于是乃在距昭莫多之西三十里之多小山树林之处止营，依山据河以列阵，于林木茂荟处设伏兵，然后遣前锋四百骑至昭莫多之东，与敌接触，且战且退，以诱敌来至阵前。
噶尔丹发现费扬古的四百前锋骑兵后，不知是计，便派其妃阿奴硕哲率先锋军（从士兵中挑选出的突击队）万骑追击之，噶尔丹率军在后策应。
阿奴硕哲的先锋军进入清军伏击圈后，费扬古一声令下，顿时千铳并射，万弩齐发，噶尔丹军死伤无数，人马相枕，血流成河，以至于人马的尸体挡住了清军的视线。费扬古令清军以盾牌作掩护向敌人靠近，缩小包围圈，继续向敌人射击。阿奴硕哲果然顽强善战，在部众死伤过半的情况下，犹率残部拼死冲杀，战事异常酷烈。
费扬古居高观战，见敌人的后方又有一支人马赶来，却没有参加鏖战，而是在一旁徘徊观望。费扬古断定此乃噶尔丹的妇女辎重队伍，遂抽调一支人马绕到其后，进行突击。噶尔丹的那支人马果然是其部的妇女、驼马及辎重队，毫无作战能力，清军一攻，便纷然大乱，四处奔逃。费扬古乘机麾军全面进击，阿奴硕哲中铳矢而亡，余众遂溃。
清军乘胜连夜追击三十里，将噶尔丹的先锋军消灭殆尽，共计斩首三千余，活捉数百，俘虏两千余人，缴获驼马、牛羊、庐帐、器械无数。噶尔丹此时正率军向昭莫多进发，至昭莫多之东，方知他的阿奴娘子已呜呼哀哉，不禁气夺胆丧，不敢继续西进与清军决战，凄凄惶惶，向北逃窜。其部众知大势已去，也纷纷叛逃，噶尔丹仅率数十骑逃走。康熙帝的中路军在沙漠中行军逾月，备尝艰苦，康熙帝亲自寻找水草，与士卒同甘共苦，锐意进击。大学士伊桑阿担心康熙帝吃不了苦，劝其回京，康熙帝执意不肯，怒道；“朕祭告天地宗庙出征，不见贼而返，何以对天下？且大军退，则贼尽锐往攻西路，西路军不其殆乎？”康熙帝所料一点不错，噶尔丹果然先进攻清西路军，幸有抚远大将军费扬古指挥有方，出奇制胜，清西路军才化险为夷。
康熙帝率军疾行支援费扬古，赶到昭莫多时，战役已经结束，康熙帝乃令费扬古驻军昭莫多，扫清噶尔丹的残余势力，然后在察罕托诺山（在今蒙古国温都尔汗西南）勒石纪功而还。
噶尔丹势穷力孤，欲降清朝，乃遣使窥探康熙帝的态度。使者临行，噶尔丹叮嘱道：“天下人果不相同！中国皇帝，神灵奇异，闻其行军所至，泉涌于沙，草生于碛，冰泮于河，是天助彼也。今我所属之人，已皆往属之，是人助彼也。尔往其所，观其侍从大臣行止若何，归日议之。”
（魏源《圣武纪·卷三》）
康熙帝决定赦免噶尔丹之死罪，令其来京谢罪，噶尔丹却疑惧不敢进京。康熙帝等到年底，噶尔丹仍不至。康熙帝乃于康熙三十六年（1697年）初再次亲征，噶尔丹畏惧自杀，于是北边大定，阿尔泰山东西一带辽阔疆土皆入清朝版图。