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《伤寒杂病论》是中医经典著作，只有知道它的历史源流，才能客观地研究张仲景学术，不然，就会有离经叛道之嫌。《伤寒杂病论》成书问世时间大约在公元250年，曹丕称帝以后。张仲景何时逝世，已无考据，张仲景在建安十年开始发奋研究医学，而后著述《伤寒杂病论》十六卷，经历了东汉末年建安年间到三国时期。王叔和撰次整理的《伤寒杂病论》经过两晋、南北朝、隋、唐、五代十国，到宋仁宗（公元1023年）下令整理《伤寒论》，其间约800年。由于朝代更替，战乱破坏，《伤寒杂病论》几经显晦。根据有关史料记载，《伤寒杂病论》流传情况大致是这样的。
公元316年，匈奴的一个大将叫刘曜打到长安，“晋怀惠二帝被掳”，晋代的两个皇帝都被俘虏走了。那么，当时的文献会怎么样？《伤寒杂病论》作为一个文献会怎么样？陶弘景在他的《本草别录》上这样说：“怀惠之时，文献焚曜，千不留一。”陶弘景距离那个时代也就200多年，他是南朝梁武帝的宰相，梁朝一共只存在了55年。这说明胡人不注重中国的文献，匈奴打进中原，把文献焚烧了，千不留一。
在当时，晋元帝就南迁了，建都在建邺，当时的文人学子就都跟着去那边了。《梁志》上有关于《伤寒杂病论》这个文献的记载，《梁志》上说：“《伤寒论》十卷。”注意，原先《伤寒杂病论》十六卷到了梁朝已经变成《伤寒论》十卷。
再往下，到《隋志》上记载：“《伤寒论》十卷亡。”说明《梁志》上记载十卷也没了。从南朝梁到隋代中间只相隔数十年，为什么《伤寒论》十卷就没有了呢？梁之后是陈，陈只有32年，隋文帝派兵占领石头城，南京叫石头城，亡了陈。为什么隋代就看不到《伤寒论》呢？梁武帝传位第六子，就是梁元帝。北周派兵五万攻梁，梁迁都江陵，不在南京了，就是李白诗中“朝辞白帝彩云间，千里江陵一日还”的那个江陵，在现在湖北沙市这一带。在公元550年北周5万大军大兵压境时，梁元帝也是一个大文学家，他说：“读书万卷，犹有今日，故焚之。”于是把十四万卷书全部烧掉。那时，文献都是在皇帝手里，《伤寒论》十卷也应当在皇帝手里，所以，梁元帝把文献全部烧掉后，隋代就见不到这个东西了。
到此为止，王叔和撰次的《伤寒杂病论》就全部没了。什么时候没有的呢？在316年东晋的时候就没有了，原先的十六卷就变成十卷了，这十卷也只有《伤寒论》，没有“杂病”了。这就说明东晋以后的版本已经是个残本了，是经过人的背诵记忆集合起来的一个残本。可是，就是这么一个残本在隋代的时候也彻底没有了。所以，唐代孙思邈访江南的时候就没有见过《伤寒论》这个版本。
孙思邈是民族的伟大医生，活的岁数大，学问也大，著有《千金要方》和《千金翼方》。他很受唐太宗李世民的尊敬，但是他不愿做官，他著成《千金要方》的时候，并没见过《伤寒论》。到他老年要访江南的时候，发现“江南诸师秘仲景要方不传”，他只能通过江南诸师口诵的方式一点一点地收集。所以，孙思邈《千金翼方》上的《伤寒论》是通过江南诸师一条一条地背诵记下来的。孙思邈收集的这些条文，零零碎碎杂乱无章，他自己也没办法整理，他说：“旧法方证，意义幽隐，览之者，造次难悟。令以方证同条，比类相附，须有检讨，仓卒易识，方虽同旧，弘之惟新。”所以他就想了个办法，“方证同条”“比类相附”。这样看，一目了然，容易检索。孙思邈收集整理后的《伤寒论》条文是按汤头排列起来，如桂枝汤第一，收录在《千金翼方》上。到了清代康熙和乾隆年间，有位大医生叫徐灵胎，整理《伤寒论》也是以汤头排，共分为十二类。
关于《伤寒杂病论》的历史源流，我们小结一下。《伤寒杂病论》从张仲景著成以后，经过“五胡乱华”时期，《梁志》上还有“《伤寒论》十卷”，到《隋志》上已是“《伤寒论》十卷亡”。唐代孙思邈晚年访江南，通过江南诸师口诵的方式把《伤寒论》条文收集在一起，按桂枝汤第一，麻黄汤第二，承气汤第三，柴胡汤第四这么排列。到了宋代，林亿等经过十六年才把《伤寒论》重新整理成今天看到的宋本《伤寒论》398条。
宋代林亿整理《伤寒论》的态度是非常端正的，原样保存，不改动，不变样，这是对待历史文献的正确态度。从“五苓散”可以看出，他可能参考了四个版本。71条的五苓散的服法来看，多了一个“如法将息”；141条服法上多了一个“更于臼中杵之”；156条服法上多了一个“忍之一日乃愈”；386条服法上多了一个“更治之”。至于五苓散的服法“日三服，多饮暖水，汗出愈”，这些内容都是相同的。又如大柴胡汤，在后边加了自己的按语“加大黄二两，若不加，恐不为大柴胡汤”，因为103条有“与大柴胡汤下之则愈”这句话。从“下之愈”来看，应当用大黄，因此，林亿提出意见应加大黄。但是，林亿并没有改变原方，只是提出自己的意见。