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疾病的最根本病机都是由两方面组成的：邪气的破坏与正气对损坏的反应。
真正有益的治疗一定是从这两方面入手，或者是减少邪气的破坏性，或者是恢复正气的柔软畅通。
减少邪气的破坏性
最常见的邪气有三种：外感六淫、内伤七情、饮食劳倦。这些邪气先是导致人体无形的改变，久而久之则会导致人体实体的改变。
其他邪气如外力损伤等，则是直接导致实体改变。
一旦发生实体改变，都是一系列的改变，不是单一局部改变，只是有的改变容易发现，有的改变不易发现。
如果病人的正气不算太糟，只要找到几个主要的实体改变，通过治疗使其恢复，则可有效地缓解邪气的破坏性，可使被压制的生气得到舒缓，恢复柔软畅通。
在《灵枢》的微针出现之前，治疗都是针对实体改变，且在这个方向上发展得非常深入，九针就是在这个方向发展到极致的产物。
若要真正恢复实体的改变，就需要做到以下几点：
首先，针对实体改变的治疗都是有创伤的，我们的治疗创伤一定要小于病邪对人体的伤害。
其次，治疗必须精准，尽可能准确到只作用于有病变的实体，不能损伤未受邪之地。
如果治疗的方法不得当，或者治疗的位置不精准，那么治疗就会成为新的病邪。
同时还要时刻关注实体的恢复情况，随着实体的恢复，相应的治疗应减少强度，待实体恢复大半则停止治疗，以免造成机体损伤。
现代医学在针对形体改变的治疗上亦有很深入的发展，比如手术的创伤越来越小，许多原先需要做大手术的疾病，现在都可以用微创取得很好的疗效。
同样针灸在古代就是一种手术，经过许多代人的发展，也由原先粗糙的砭石、毒药发展到精细的九针。
更加精细化与微创化是所有医学发展的必然方向，但始终越不过一道门槛，即真正的无创化，而《灵枢》的伟大就在于此，微针的出现将医学带入到真正无创的时代。
恢复正气的柔软畅通
微针的治疗原理并非是针对改变的实体，而是引导血气使人体之气恢复柔顺的活力。
气是无形的，因此若要引导人体之气，针具也应接近于无形，越细越好。
故微针极细，却可引导人体血气，可补虚泻实，可增强气的修复与滋养。
治疗人体的方法千万种，无外乎两端，一者以治疗人体实体改变为主，其针具有形；二者以调气为主，引导人体血气以恢复人体实体的改变，其针具近乎无形，只能有生气不能有杀气。
微针以调气为主，或调整正气，或祛除邪气，其治疗可作用于人体的卫气、营气、谷气，以使气血平复。
有人会问，如果只治疗无形的气血，是否会对有形的病变有所改善？举例来说，腰椎间盘突出的患者，如果不针对突出的腰椎进行治疗，仅是调整气血，是否会使突出的椎体回归原位？
首先，我们要清楚疾病的真相，才能进一步权衡治疗方法。
在很多人的头脑中根深蒂固地认为，腰痛就是腰椎间盘突出这个实体改变引起的。虽然我们上文已就腰痛病因进行过论述，但思维的转换需要反复地读经典与深入用心的临床观察。
如果我们客观且用心去观察就会发现，随着年龄的增长，大多数人的脊柱都会开始变弯，这是人体衰老的表现。可以说中老年人腰椎间盘突出是非常常见的现象，但大部分人都没有症状。
对这种现象很多医生的解释是：虽然有腰椎间盘突出，但并没有压迫到神经，所以不会有症状。
其实这里有疑问：为什么有的人腰椎间盘已经突出得非常严重，却始终压迫不到神经而产生症状呢？而有的人只是轻微突出却导致严重的疼痛？还有许多老人腰背已驼成“问号”，需要拄着拐杖行走，却并没有任何神经压迫的症状？
一定有一个因素导致突出的椎间盘压迫不到神经，同时也一定有一个因素导致微微突出的这一点点的椎间盘恰巧就压迫到了神经，这个因素不应该是运气或个体差异。如果突出一点点就压迫到了神经，我们说这是因为个体差异，突出很严重却没有压迫到神经，我们说这是幸运，那么这就是在回避对真相的深入思辨。
大部分疾病都会有共同的问题，就是我们会找到一些实体改变，来说明这个不适症状就是某一个或某几个实体改变引起的。但同时又会发现，许多人同样有实体改变，却没有任何的症状，甚至很多人的实体改变比有症状的人严重许多。
可见，实体改变在人体的病证中有一定的作用，但不是主要决定因素。决定性的因素是看不见的生气是否被阻碍。
生气被阻碍，可以有看得见的形体改变，也可以是看不见的无形改变。只要人体之气面对这些改变不再柔和自如，便会有不适。因此真正的疾病根本不是突出的腰椎等实体改变，而是气的改变。如果治疗只盯着某个改变的实体，则是在舍本逐末。
当把视角转换到关注无形的气时，我们就会知道，如果形体的改变是造成气郁阻的主要因素，那么修复形体的改变，就会使气恢复通畅，治疗就有效。
如果是看不见的形体改变，或者人体虽然有形体改变，但是并没有造成生气的郁阻，或者郁阻并不是主要因素，那么针对形体的治疗方法都不会有效。
同时，如果人体的正气虚弱，病人的主要问题是没有足够的正气滋养流通，那么无论怎么对形体进行治疗，都不会有长久的效果。
首要，先恢复气的柔顺与通畅，人体的生气是最好的修复实体改变的良药，大部分情况下会使损伤的形体得到修复。
有些情况的形体损伤是不可逆的，恢复正气，使正气不被形体改变所郁阻，亦可最大限度改善健康状况。
如严重的膝盖变形的病人，骨头已经严重增生变形，即使手术也难以修复如初。我们用针灸调整一段时间的正气，可以使病人不再痛苦，正常生活，但仍有些动作是没办法完成的。
《灵枢》言医者当守神、守机，“上守神者，守人之血气有余不足，可补泻也”；“上守机者，知守气也”，都是在反复强调上医当遵循气的法则来调整人体，整本《灵枢》的体系也是建立在这个基础之上的。
如果不先明白这个道理，而是在《灵枢》中找针对某一病的治疗方法，或者找一套针对病的治疗体系，将是徒劳的。
《灵枢》所教授的是如何真实地看到人体之气的异常，引导气使其平复，恢复气的滋养与修复功能，使病自愈。