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历史上，关于川贝母从何时起正式进入人们的视野有诸多探讨，现代资料关于其最早文献出处的记载也未能达成统一意见。历代文献中关于贝母的记载大多集中在功效、产地以及采收时期，未见相关产地和性状描述，一般结合编者的出生地、当时的用药品种等进行推测。后来学者的研究也是基于现代川贝和浙贝的已有基础知识展开，外加史籍在不同时期的流传和增补，现代研究对川贝母的最早文献记载以及最早的入药品种存在争议。结合诸多学者的研究以及已有的知识体系，给出以下合理的推测和解释。
早在公元前11世纪至6世纪前后，我们的祖先就发现并开始使用贝母来防治疾病，历代本草均有记载。然而，古人记载的所谓“贝母”，实际上品种比较混乱。贝母古称“蝱”或“莔”。在“贝母”之名未正式出现以前，最早以“蝱”之名记载于《诗经·鄘风·载驰》，“陟彼阿丘，言采其蝱。女子善怀，亦各有行”。诗中采蝱以治疗郁结之疾。综合《诗经》的出现地、药物产地以及对植株的形态、功效等的描述，出现于《诗经》中的“蝱”，即我国最早运用的贝母品种，当为记载于《中国药典》中的葫芦科假贝母属的土贝母 Bolbostemma paniculatum （Maxim.）Franquet。陆玑《诗疏》云：“蝱，今药草贝母也，其叶如瓜蒌而细小，其子在根下如芋子，正白，四方连累相著，有分解。”此“蝱”为分布于洛阳附近的葫芦科假贝母属植物。段玉裁《说文解字注》载“莔，贝母也。莔，正字。蝱，假借字也。根下子如聚小贝”。郭璞注《尔雅》载“莔根如小贝，圆而白花，叶似韭”，与百合科植物老鸦瓣 Amana edulis （Miq.）Honda相近，该种现今部分地方仍混充贝母使用。
到春秋战国时期，阜阳汉简《万物》中有“贝母已寒热也”的描述，这应是“贝母”一词的最早出处，也是贝母入药用的最早记载。《万物》更近似于早期的本草学著作，但其中未见对贝母性状的描述，难以确定基原种。后期出现的《神农本草经》中关于贝母功效的描述与《万物》一致，谓其：“主伤寒烦热，淋沥邪气，疝瘕喉痹，乳难，金疮风痉。”亦未见其性状描述，仅从功效来看，《神农本草经》所载贝母功能更类似当今葫芦科植物土贝母。汉末《名医别录》“贝母生晋地”（今河北晋州市），此贝母为土贝母，非川贝。南北朝《本草经集注》“出近道（今江苏南京），形似聚贝子，故名贝母，断谷服之不饥”亦非川贝。唐《新修本草》“出润州（镇江）、荆州（荆州）、襄州（襄阳），贝母，叶似大蒜，四月蒜熟时，采良。若十月苗枯，根亦不佳也”，应是贝母属其他贝母，非川贝。宋代《本草图经》“贝母生晋地，今河中、江陵府、郢、寿、随、郑、蔡、润、滁州皆有之”，附图的峡州贝母可能为贝母属植物，非川贝。
在明代以前的本草文献中，并没有关于贝母分门别类的介绍，未明确区分川贝母、浙贝母、土贝母，皆以“贝母”二字统称。明代倪朱谟《本草汇言》云：“贝母，开郁、下气、化痰之药也。润肺消痰，止咳定喘，则虚劳火结之证……必以川者为妙。若解痈毒，破癥结，消实痰，敷恶疮，又以土者为佳。然川者味淡性优，土者味苦性劣，二者以分别用。”结合作者的所在地考虑，倪朱谟为浙江杭州人，其所说的“土者”，应为“浙贝母”，而“川者”即为“川贝母”。自此，川贝母和浙贝母因其功能主治的不同被冠以地名得以区分开来。同期《景岳全书·本草正》首次提出“川贝”之名，故考证始载川贝母的本草文献应当是《景岳全书·本草正》。明代后期的《本草原始》，将药材贝母分为两类：“色青白、体重、单粒”的南贝母，以及“色白、体轻、双瓣、质尤良”的西贝母，西贝母应是泛指产于我国西南和西北部分地区的川贝母，从性状上对贝母药材进行了分类。清代赵学敏在《本草纲目拾遗》中对药材贝母的药用情况进行了初步总结，“贝母有甜、苦之分，有川、象之别，贝母川产者味甘，最佳；西产味薄，次之；象山者微苦又次之”。“西”指的应该是新疆等西北地区，而浙贝出自象山，说明贝母中川贝母疗效最佳，其次为伊贝母，再其次为浙贝母。《百草镜》有言：“出川者曰川贝，出象山者名象贝，绝大者曰土贝。川产者味甘，间有微苦。象贝一味苦寒，能化坚痰，性利可知。土贝功利化脓、解痈毒，性燥而不润。”综上可知，川贝母、浙贝母和土贝母与现在所用的种类基本一致。《本草纲目拾遗》又载：“川贝中一种出巴东者独大，番人名紫草贝母，大不道地。”《伪药条辨》亦载：“湖北荆州巴东县产者，皮色带黑，性硬而光，头尖，肉淡白色，味苦，更次。”二者均说明湖北贝母已混充川贝母。此外，还有古籍记载葫芦科的假贝母、老鸦瓣等都曾作为川贝母使用。
太白贝母作为川贝母入药已非近代，根据清光绪《大宁县志》记载，“贝母，银厂坪所产为佳”，大宁即今重庆市巫溪县，太白贝母在该县自然分布较广，说明在清代太白贝母已作为药材广泛使用。太白贝母在湖北五峰、重庆巫溪、宁夏泾源、甘肃漳县等地都有着悠久的用药历史，一直作为川贝母的地方习用品入药。瓦布贝母习惯称作“栽培品”，其作为川贝母入药使用，始载于清《本草纲目拾遗》，曰“大如钱，皮细白而带黄斑，味甘，出龙安，乃川贝中第一，不可多得”。瓦布贝母一直为当地乡医所器重，认为其清热润肺、化痰止咳的功效比暗紫贝母好。
综上可见川贝母的药用品种比较混乱，同名异物现象较为普遍。唐代以前葫芦科植物土贝母为药用贝母的主流基原植物。唐宋时期扩大至百合科贝母属植物，即浙贝母 F.thunbergiam iq.和湖北贝母 F.hupehensis Hsiao et K.C.Hsia.。明末川贝母开始出现，发展至清代形成了川贝母、浙贝母、土贝母三类。川贝母在历代本草典籍中相对较晚出现，但一直在贝母类药材中享有较高的地位，以功效最佳，沿用至今。
至现代，随着贝母品种的不断发现和完善，贝母的药用情况也较为复杂。本着提升药品质量、保证临床用药安全、服务药品监管的原则，1953年原卫生部编印发行了第一部《中国药典》。历版《中国药典》收录的浙贝母、湖北贝母、平贝母、伊贝母的药材基原未发生变化，但川贝母基原变化较大。1963年版《中国药典》首次收录川贝母，其基原植物为百合科植物罗氏贝母（ F.roylei Hook.）和川贝母（卷叶贝母）。1977～2005年版《中国药典》收录的基原植物为川贝母、暗紫贝母、甘肃贝母、梭砂贝母。2010年版《中国药典》新增了瓦布贝母和太白贝母。2020年版《中国药典》仍以川贝母、暗紫贝母、甘肃贝母、梭砂贝母、瓦布贝母和太白贝母这6种植物作为川贝母药材基原植物，按性状不同分别称为“松贝”“青贝”“炉贝”和“栽培品”。