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由于川贝母生长在高海拔寒冷地区，所发生的病虫害并不多，即使有发生，多数未能达到危害而影响产量的程度。
常见的川贝母病害主要有两种：立枯病和锈病。
（1）立枯病：高山夏初气温低，雨水多，1年生川贝母幼苗遇冷偶尔会发生立枯病，表现症状是近地面的叶基部腐烂萎蔫而猝倒，但危害并不严重。如有发现，除注意排除积水外，可在发病植株周围喷洒1∶1∶100倍波尔多液消毒，即可得到控制。
（2）锈病：川贝母锈病的病原与麦类锈病相同。由冬麦区小麦锈病孢子借助风力传播使川贝母感病，另一个传播途径是一种高山植物小檗，也是小麦锈病病原的寄主。因此，同处高山区域的感病小檗锈病孢子传播同样能使川贝母致病。通常要求川贝母种植区最好远离冬小麦区，同时也应避开小檗繁殖较多的区域。所幸的是，川贝母感锈病并不严重，发病率为5%～15%。川贝母锈病常发生于5～6月，病株叶背生白色疱状病斑，疱状病斑破裂后散出白粉，为病原孢子囊。1～2年生植株发病率较高。
防治方法：选离麦类作物较远，或不易被上河风侵袭的地块栽种；整地时清除病残组织，减少越冬病源；增施磷、钾肥或降低田间湿度，增强抗病能力；发病初期可用1∶1∶120倍波尔多液喷雾进行防治，效果较好。或用25%敌锈钠500倍液加少量洗衣粉喷雾防治。
金针虫：4～6月份为害，经观察虫口密度达每平方米1.44条。防治方法：在危害时期，用烟叶2.5kg，或用烟叶茎秆、根头熬制成75kg原液，同时用每1kg原液加水30kg灌穴，效果较好。
小地老虎：主要危害为咬食茎基部。防治方法：可于早上8～9时到田间查寻人工捕捉，虫口密度较大时可用90%晶体敌百虫拌毒饵诱杀。
1.草原鼢鼠对川贝母的危害
生长在高山草地区域的川贝母，最具威胁性的天敌除了草害以外，就是鼠害。川贝母在长达4年的生长期中，如不对鼠害加以控制，毁灭性地危害程度可达50%～100%。危害川贝母的鼠类，主要种群是中华鼢鼠和草原鼢鼠。该小动物具有常年地下生活的习性，终年处于地下10～25cm表土层内活动，并具有厌光的特性，基本上不到地面上活动。鼢鼠主要寻食土内的小昆虫或带汁的草根。
鼢鼠不仅咬食川贝母，而且鼢鼠的活动土层范围，刚好也是川贝母生长的土层深度范围内，由于鼢鼠长年累月掘洞活动，极大地破坏了土壤结构，毁坏了川贝母的根系，在川贝母着生的层面内，几乎成了松散的孔隙，严重影响了川贝母的生长。长达4年的集中危害，会给川贝母带来毁灭性的损失，甚至造成川贝母颗粒无收。
2.草原鼢鼠危害防治方法
由于鼢鼠长年处于地下活动，通常应用的灭鼠方法包括地面毒杀、捕杀、蛇和猫头鹰等天敌均效果不明显。通过反复探索，总结出以下较有效的防治方法。
（1）开挖防鼠大沟：鼢鼠有怕光的习性，不到地面活动。当鼢鼠掘洞快要挖出洞口时，它会自觉拐弯转移方向掘洞前行，绝不挖出洞口跑到外面来。因此，采取在田地四周挖一道宽50cm、深50cm的防鼠大沟，当鼢鼠挖掘到沟壁，它会折转而不会穿越防沟侵入川贝母地内栖息地。
（2）利用鼢鼠怕光，射杀鼢鼠：当人们把它的洞道挖开后，鼢鼠见无动静后就会很快用后肢倒退推泥堵塞洞口。可采取在洞口安装活动弩箭，当它拼命推泥堵塞洞口时，击发弩箭机关，通常十发九中。采取专人巡查安箭捕杀，一个人工每天可射杀5～8只鼠。尽管方法较为简单、原始，但却十分奏效。必须固定专人长期承担巡回灭鼠工作，探查活动规律，掌握鼠情，定时定点诱杀。一个人工可专管防治鼠害面积300～400亩。
（3）调制香毒饵诱杀：采用菜籽饼研粉加安全有效的灭鼠剂或敌敌畏掺拌成香饵埋于川贝母地内，每45～60m 2 面积地内布置10～15个点，各点用量100g左右，鼢鼠嗅觉灵敏，闻到香味后，掘洞前来取食，可以诱杀鼢鼠，有一定效果。
（4）利用有气味的蔬菜驱鼠：在川贝母种植地内适当撒播一些芫荽，或在地的周围栽植烟叶，有一定的驱鼠作用。
（5）声呐或超声波驱鼠：利用超声波驱鼠器，声呐干扰，迫使鼢鼠逃离，达到驱鼠的目的。