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明清时期是中医肿瘤学术思想深入发展的时期，不少医家对各种肿瘤进行了精辟的论述和阐发，各自从不同角度探索肿瘤的病因病机，诊治方法。
尤其是清代，随着实践经验的不断积累，诸多医家对肿瘤的认识更加深入。这一时期的文献，各系统的恶性肿瘤均可见记载，除了前朝文献中常见的乳岩、噎膈、反胃等，对阴菌、肾岩翻花、脏毒、喉菌、牙菌等泌尿生殖、五官科恶性肿瘤也均有详细描述。
随着辨证论治的日趋完善，对肿瘤发病原因有进一步认识。
1.饮酒
如清代何梦瑶《医碥》说：“好热饮人，多患膈证”“酒客多噎膈，好热酒者尤多，以热伤津液，咽管干涩食不得人也。”说明已认识到长期饮酒，特别是热饮的长期刺激，可使食管受损，而进一步癌变。明代叶文龄《医学统旨》也提到“酒面炙煿，黏滑难化之物，滞于中宫，损伤脾胃，渐成痞满吞酸，甚则为噎膈、反胃”。
2.饮食
明代《外科正宗》提到，唇癌（茧唇）的产生与过食高热煎炒的肥甘厚味有关。
3.年龄
申斗垣在《外科启玄》一书中，明确论述了体质、年龄与肿瘤发病预后的关系。他指出：“癌发初起时，不作寒热疼痛，紫黑色不破，里面先自黑烂。二十岁后，不慎房事，积热所生。四十岁以上，血亏气衰，厚味过多，所生十全一二，皮黑者难治，必死。”赵养葵《医贯》也说：“唯男子年高者有之，少无噎膈。”中医认为年龄越大，其脾胃功能越差，“肾气”越衰，机体功能容易失调，容易受到致癌因素的影响而发病。故明代张介宾《景岳全书》说：“脾肾不足及虚弱失调之人，多有积聚之病。”这一观点对临床起到较大指导作用。
清代余景和《外证医案汇编》在论失荣证时谈到：“其起之始，不在脏腑，不变形躯，正气尚旺，气郁则理之，血郁则行之，肿则散之，坚则消之；久则身体日减，气虚无精，顾正消坚散肿；其病日深，外耗于卫，内夺于营，滋水淋漓，坚硬不化，温通气血，补托软坚。此三者，皆郁则达之之义也。不但失荣一证，凡郁症治，俱在其中矣。”此论说明清时代，对肿瘤的治则已有一定研究，将行气活血与补托、软坚均作为郁者达之的原则，有重要的临床意义。这时期治疗肿瘤的方药也有所发展，如陈实功《外科正宗》的蟾酥丸、王维德《外科证治全生集》的犀黄丸等均为治疗肿瘤之名方。
《景岳全书》为张景岳一生临证经验及其前代名医的经验总结，其立论、治法、制方皆有创新独到之处。对肿瘤的治疗更是达到了一个新的高度—扶正祛邪，标本兼治。张景岳总结了前代医家的不同观点，发展成较为完整的阴阳学说。在论“阳常不足”的同时，提出重视真阴的论述。还特别提出命门学说，认为命门既为精血之海，真阴之脏，又为元气之根，真阳之舍，为阴阳之宅，真阴真阳互根互用，为十二脏之化源。正是由于他对阴阳有较为全面的认识，所以在治疗上主张“善补阳者，必于阴中求阳，则阳得阴助而生化无穷。善补阴者，必于阳中求阴，则阴得阳升，而泉源不竭”的重要方法。创制了右归丸、左归丸、大补元煎等方剂，丰富了补肾培本的内容。张景岳还吸收了脾胃学派的论点，在《景岳全书·传忠录》中指出“命门为精血之海，脾胃为水谷之海，均为五脏六腑之本”“脾胃为灌注之本，得后天之气也，命门为生化之源，得先天之气也”，较为正确地阐述了脾肾之间的关系。张景岳认为“脾肾不足及虚弱失调之人，多有积聚之病”“积聚渐久，元气日虚……只宜专培脾胃以固其本”。持“阴以阳为主，阳从阴为基”的观点，强调肾与命门的真阴、真阳、水火、精气在维持和延续人体生命上的作用，提出“阳常不足，阴本无余”的精辟见解。
在对肿瘤病的认识上，张氏以五脏为主分类积聚。心积为伏梁，在心下；肝积为肥气，在胁下若履杯；脾积，有积寒在腹中，名厥疝；肺积名息积，胁下满，气逆，二三岁不已；肾积，因沐浴清水而卧，积气留于小腹与前阴而成。大致说明了五脏之积的症状。并确定治疗积聚总则：大积大聚，其可犯也，衰其大半而止，过者死。坚者消之，留者攻之，结者散之，客者除之，下之、上之、摩之、浴之、薄之、劫之、开之、发之，适事为故。景岳说：“总其要不过四法：曰攻、曰消、曰散、曰补。”在治疗上，张景岳认为，应以调理阴阳为其大法，分阶段治疗。
第一阶段，凡积坚而实者，非攻不能去，用攻法。此期正气尚强，邪气尚浅，则任受攻之，缓之则养成其势，反难制之。此阶段多为患肿瘤不久，体质强实者多用此法。方药如：温白丸。该方是在大量温药（巴豆、川椒、肉桂等）的基础上用了一些化痰（皂角）、苦寒（黄连）、补气（人参、茯苓）药，桔梗走上，厚朴降气，紫菀宣肺，柴胡疏肝，共同完成攻积块的作用；遇仙丹，功效追虫、逐积、消澼、利痰；宣明三花神佑丸，本方药猛，主治一切沉积痰饮，变生诸病，或气血壅滞、湿热郁结、走注疼痛、风痰胀满等证。
第二阶段，凡不堪攻击，只宜消导渐磨者用和法。若用攻法，则愈攻愈虚，不死于积而死于攻。方药如下：大和中饮治饮食留滞、积聚等症。病在中焦用和法，多用化湿、理气、消食、化痰类药，药物组成为陈皮、枳实、砂仁、山楂、麦芽、厚朴、泽泻各等分，水煎，远食服。胀甚加白芥子，胃寒恶心加炮姜，疼痛加木香、乌药、香附子，多痰加半夏。张景岳用泽泻，是其特点。其他如和中丸、草豆蔻散等。无形气聚，宜散而愈，宜排气饮、十香丸、神手散、四磨饮等。
第三阶段，凡积痞势缓而攻补俱有未便者，当专以调理脾胃，此多属于不可攻、不可补者。方药有：枳术丸、景岳新制芍药枳术丸、大健脾丸等。大健脾丸健脾养胃，滋谷气，除湿热，宽胸膈，去痞满，久服强中益气。其他如人参木香生姜枳术丸等。
第四阶段，凡脾肾不足及虚弱失调之人，多有积聚之病，脾虚则中焦不运，肾虚则下焦不化，正气不行，则邪滞得以居之，此辈无论有形无形，但当察其缓急，当以正气为主，用温法。脾虚者，宜温中饮治呕、吞酸、泄泻、不思食之中虚。虚在肝肾用理阴煎：主治真阴不足或劳倦之辈，或忽感寒邪不能解散，或发热，或头身头痛，或面赤舌焦，或虽渴而不喜冷饮，或背心肢体畏寒，但见脉无力者，悉是假热证。如今之肿瘤多处转移及晚期癌症患者，畏寒发热者，或面赤身热，肝肾虚假热证可加减用之。其他如暖肝煎，治肝肾阴寒小腹疼痛疝气等证。如今之子宫、卵巢恶性肿瘤，小腹疼痛，可酌用，可以减轻症状。
第五阶段，凡坚硬之积，必在肠胃之外，募原之间，原非药力所能猝至，用阿魏膏、三圣膏之类以攻其外，再用长桑君针法以攻其内。然此坚顽之积，非用火攻终难消散，故莫妙于灸。三圣膏，贴治积聚、痞块。长桑君灸法：一般积聚灸中脘、期门、章门、肝俞、三焦俞、通谷，积聚在上灸中脘、上脘、期门、章门，积块在下灸天枢、章门、肾俞、关元、气海、中极。灸治次序：先上后下，脐腹处，灸宜稍大，先灸七壮，或十四壮，或渐增加，愈多愈妙，灸之火力所到，其坚聚之气自然以渐消散。张景岳用灸法和外贴膏药治疗积聚，值得借鉴。
综上所述，张景岳治疗积聚的特点是：认识积聚从病势的缓急和人体的强弱两方面把握。积聚初期，病势尚浅，人体强壮，用补法，以扶正祛邪；积聚中期病势急，人体亦强，必用攻法以缓病势；积聚后期，病势强，人体虚弱，应以生命为主，扶正气，增强人体抵抗疾病的能力，以延长寿命。在治疗方法和手段上，灵活多样，有导引、灸法、汤药、丸药、膏药。
明代李中梓所著的《医宗必读》对中医肿瘤学的发展做出了如下贡献。
在肿瘤的病因方面，李氏提倡《内》《难》的内外相因说，认为肿瘤的发生是内外二因共同作用的结果。内因多责之于正气虚弱。谓：“积之所成也，正气不足，而后邪气踞之，如小人在朝，由君子之衰也。”外因责之于风雨寒湿。正气不足，风雨寒湿侵袭，久而导致肿瘤发生。
李中梓首创阴阳攻积丸治疗各种肿瘤。正如其谓：不论阴阳皆效。方选吴茱萸、干姜、官桂、川乌、黄连、半夏、橘红、茯苓、槟榔、厚朴、枳实、菖蒲、延胡索（玄胡）、人参、沉香、琥珀、桔梗、巴霜、皂角。融理气、温散、化痰、散结、通下为一炉，配伍精湛，为后世所常用。另载肥气丸（柴胡、黄连、厚朴、黄芪、昆布、人参、皂角、茯苓、川椒、巴霜、甘草）治疗“肝积在胁下”。“痞气丸”（厚朴、黄连、吴茱萸、黄芩、白术、茵陈、砂仁、干姜、茯苓、人参、泽泻、川乌、川椒、巴豆霜、桂枝）治“脾之积在胃脘”等。噎膈散（雄黄、灵脂、山豆根、射干、青黛、石朱砂、硼砂）治疗“风热瘟毒、毒火上犯之咽喉肿痛、疮痈、积痰、瘀血”。
《医宗必读》用攻补兼施法治疗各种肿瘤，被后世誉为经典。它首先提出将肿瘤分为三个阶段：初、中、末，分期治疗，根据病史长短、邪正盛衰、伴随症状来辨明虚实，然后分别论治。谓：“初者，病邪初起，正气尚强，邪气尚浅，则任受攻；中者，受病渐之，邪气较深，正气较弱，任受且攻且补；末者，病魔久，邪气侵凌，正气消残，则任受补。”李氏在应用攻补方面经验丰富，自谓：余尚制阴阳两积之剂，药品稍峻，用之有度，补中数日，然后攻伐，不问其积去多少。又于补中，待其神壮则复攻之，屡攻屡补，以平为期，此余独得之诀。李氏用一补一攻、二补一攻、三补一攻、五补一攻等方法，临床上取得明显的效果。
李氏治疗肿瘤，最喜欢用温药，温阳疏利法贯穿于《医宗必读》所载药物、方剂、医案中。温阳疏利法乃治疗中晚期恶性肿瘤的一大基本治法。现代研究发现，温阳可以增强机体免疫力，提高机体功能状态。疏利即保持大便通畅，使体内的代谢废物不致在体内淤积，也是保持机体新陈代谢的一个重要环节。
《外科证治全生集》，是清代王洪绪积40年临证实践及家传经验撰著而成，对“痈疽”有独到认识，并开创不少至今有效的方剂，对肿瘤防治影响较大。其将痈疽分为阴阳两大类，称痈为阳、疽为阴。“红痈乃阳实之症，气血热而毒滞；白疽乃阳虚之症，气血寒而毒凝。”主张外症内治，以散寒阳和解凝之法治疗阴症，“治之之法，非麻黄不能开其腠理，非肉桂、炮姜不能解其寒凝，此三味虽酷暑，不可缺一也。腠理一开，寒凝一解，气血乃行，毒亦随之消矣”。
对痈肿的消、化提出三要点：第一为开腠理。“夫红痈乃阳实之症，气血热而毒滞；白疽乃阳虚之症，气血寒而毒凝。二者俱以开腠理为要，腠理开，红痈解，毒即消，白疽解，寒立愈。”第二为温里。“诸疽白陷者，乃气血虚寒凝滞所致”“世人但知一概清火以解毒，殊不知毒即是寒，解寒而毒自化，清火而毒愈凝。然毒之化必由脓，脓之来必由气血，气血之化必由温也。”第三为滋补。“气血不充，不能化毒成脓也……阴血干枯，非滋阴温畅，何能厚其脓浆？”
王氏创制了治疗痈疽的多种有效方剂。如治疗一切阴疽的“阳和汤”，治一切阴疽初起的“阳和丸”，治阴疽流注、溃烂不堪及冻疮等的“阳和解凝膏”，以及对痈肿止痛消肿的“醒消丸”等。“治乳岩、横、瘰、痰核、流注、肺痈、小肠痈等症”的犀黄丸，“治一应流注、痰核、瘰、乳岩、横、贴骨疽、善头等症”的小金丸，这些方剂，至今仍具有很强的实用价值。
清代名医叶天士，既是时病大师，又是善理内伤虚证之高手。他提出“太阴湿土，得阳始运，阳明阳土，得阴自安”“脾喜刚燥，胃喜柔润”“仲景急下存津，其治在胃，东垣升阳益气，其治在脾”等论点。他在前人经验的基础上进一步发展创立了“养胃阴”的学说，用益胃汤治疗胃阴不足的病证，尤其对温热病的治疗有着较大的贡献，增添了扶正固本一法的内容，使之更臻完善。他在临证时尤其重视脾胃功能。针对李东垣大升阳气，治在脾；张仲景急下存阴，治在胃，主张脾胃分治，着重阐发养胃阴。叶天士认为，“太阴脾土，得阳始运，阳明胃土，得阴自安，以脾喜刚燥，胃喜柔润也”（《临证指南医案》），提出“脾阳不亏，胃有燥火”，不能以治脾之药来笼统治胃，应养胃阴，降胃气，以润为补。因此，叶天士临证，凡遇燥热之证，或禀赋木火之体，或热病耗伤肺胃之津者，都从胃阴不足论治。其用药特点，也多选择甘凉濡润之品，如麦冬、石斛、麻仁、粳米、甘草等。务使胃津来复，胃气下降，其病自愈。
王清任《医林改错》曰：“气无形不能结块，结块者，必有形之血也，血受寒则凝结成块，血受热则煎熬成块。”提出肿块的形成，有形之血是其主要因素，对于后世以活血化瘀方法治疗肿瘤提供了依据。