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抗食管癌中药同其他中药一样有一定的毒副作用，只是发生概率较低。常见毒副作用有以下几种。
抗食管癌中药引发的不良反应中，最常见的就是过敏反应，轻者表现为皮疹、荨麻疹、红斑、皮肤黏膜水疱，严重者出现剥脱性皮炎、过敏性休克等。常见的药物有蜈蚣、僵蚕、丹参等。蜈蚣的化学成分主要有蛋白质、脂肪酸、氨基酸、酶和胆甾醇等，其中活性物质绝大部分为蛋白多肽类，少数为小分子化合物或多糖类。研究表明，蜈蚣毒性主要是由组胺样物质、溶血性蛋白质及多肽毒素等引起，可引起变态反应、溶血反应、神经毒性、肝肾毒性、过敏性休克和心肌麻痹，并可抑制呼吸中枢。临床应用蜈蚣制剂常量治疗时，部分患者可出现灼热感、头胀、头晕、面孔潮红。剂量过大可引起中毒，中毒潜伏期为30分钟到4个小时，主要表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻、全身无力、不省人事、心跳及脉搏缓慢、呼吸困难、体温及血压下降等。另外，抗食管癌中药内的动植物蛋白、多肽等可直接使人体致敏，从而刺激机体产生相应的抗体或致敏淋巴细胞，使机体呈敏感状态。
患者临床表现主要为抽搐、神志模糊、昏迷、麻木、眩晕等，严重时会导致死亡。患者中毒后会出现中枢神经兴奋表现，若药物用量较大则会导致患者出现心律失常，引发室颤。常见的药物有山豆根、附子等。山豆根的有效成分为多种生物碱和黄酮类化合物，其中所含的苦参碱（含量最高，推测是主要的毒性化学成分）、氧化苦参碱与金雀化碱有类似烟碱样作用，中毒后可致有机磷农药中毒样临床症状，即恶心、呕吐，重者可致肌肉痉挛或全身抽搐，甚至呼吸停止而死亡。附子的主要成分为乌头碱，对中枢神经系统可产生先兴奋后抑制的作用。其中毒的机制主要是：①兴奋迷走神经，表现为出汗、流涎、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、心动过缓、血压下降、瞳孔缩小、大小便失禁及肺水肿；②对周围神经的损害，表现为口舌及全身麻木、紧束感，严重者运动失灵；③心脏损害，表现为各种心律失常。
患者临床可表现为肝功能异常、黄疸、蛋白尿、血尿、肾功能减退等。王丽哲通过实验研究发现：在药典法定剂量内，细辛、威灵仙、北豆根水煎剂对肾脏功能及组织结构无影响；而以上药物大剂量长期单用可引起肾脏功能及组织结构的改变。部分中药可引起全身性过敏反应或溶血反应，而致急性过敏性间质性肾炎及肾功能衰竭，如水蛭、蜈蚣等引起患者溶血性反应而损害肾功能，表现为大量血尿。另外，全蝎的主要活性成分为蝎毒素，可引起全身中毒反应，引起肝肾损伤。黄药子的有毒成分为薯蓣皂苷、薯蓣毒皂苷，久服可引起肝功能损害。研究表明，黄药子对肝脏的损害属于对肝细胞的直接毒性作用，是药物或其代谢产物在肝脏内达到一定浓度时干扰细胞代谢的结果。
患者服药后可出现恶心、呕吐、腹泻、食欲不振、便秘等表现。常见的药物有北豆根、急性子、水蛭等。其中，北豆根含山豆根碱、汉防己碱等有毒成分。临床出现的肠道反应，多为大便次数增多，一般反应为食欲减退或嗜睡，少数患者有腹胀、腹痛。严重者有全身中毒症状，如头晕、恶寒、昏迷、心跳加快、血压下降、肺水肿、呼吸抑制，甚者因呼吸衰竭而死亡。急性子中所含的化学成分主要有甾醇类化合物，长期应用急性子，少数患者出现喉干、恶心、食欲不振等，但减量或停药后可消失。水蛭如用量不当，也会产生毒性。水蛭的中毒量为15～30g，中毒潜伏期为1～4小时，中毒时可出现恶心、呕吐、子宫出血，严重时可引起胃肠出血、剧烈腹痛、血尿、昏迷等。
患者可出现咳嗽、胸痛、呼吸困难、呼吸衰竭等表现。如生半夏对口腔、喉头和消化道黏膜有强烈的刺激作用，可致上述部位肿胀、疼痛，以及失音、流涎、呼吸困难，甚至窒息。
抗食管癌中药对血液系统的不良反应表现为白细胞减少、粒细胞缺乏、弥散性血管内凝血（DIC）、过敏性紫癜和再生障碍性贫血等，严重者可引起死亡。蜈蚣含组胺样物质、溶血性蛋白质、亮氨酸、蚁酸、脂肪油、胆固醇等。因组胺样物质、溶血性蛋白质可引起溶血反应，故服用本品易出现头昏、乏力、尿呈酱油色等溶血性贫血症状。
半夏因含有β-谷甾醇、挥发油、胆碱等有毒成分，对局部有强烈的毒性，生用或过量使用易引起舌、咽、口腔麻木和肿痛、流涎、张口困难等，严重者可窒息。威灵仙含有的原白头翁素具有刺激性，可使皮肤发疱、黏膜充血。
治疗食管癌的黄药子、山慈菇、皂角荚等均属于皂苷类药物。其中黄药子、山慈菇具有很强的毒性，可对局部产生强烈的刺激，常引起广泛心脏出血。三七具有活血化瘀、止血定痛的作用，目前广泛应用于食管癌的治疗中。有文献报道，三七皂苷对大鼠具有心脏毒性作用，皂苷类成分是三七的主要生物活性成分，大剂量的三七总皂苷有可能导致心肌的损伤，从而影响左心室顺应性，改变心脏的收缩和舒张功能，引起大鼠左室内压和左室压力变化速率下降。因此，大剂量使用三七时应监测患者的心脏功能。常用处理方法：对使用有毒中药的患者，用药前告知可能出现的不良反应，及时发现，尽早处理。对长期服用中药的患者，就诊时应注意询问有无不良反应，定期检查血常规、肝功能、肾功能等，出现异常应停止服用药物，查明原因，立即就医。患者及医务人员不可过度追求治愈，治疗剂量应循序渐进，有毒类药物避免长时间应用，以免造成毒素蓄积。