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敦煌医学是敦煌学的重要分支，是关于整理研究遗存的敦煌医药残卷、敦煌壁画及其他敦煌文物中医药史料的一门学科，具有独特的医学内容及医学体系。1900年，敦煌莫高窟藏经洞中发现了4000余件手写本和少量的木刻本文献，其中有100多个较为完整的卷子和大量的残片与医学有关，涉及内容涵盖了医学理论、诊疗、本草、医方、针灸等诸多方面。其中还涉及以中医学为主的学科群组合，包括中医药学、藏医学、印度医学、西域医学、道医、佛医等。敦煌医学的研究开始于20世纪初，其与“中医”“西医”不是等同概念。作为敦煌学的一个重要分支，其出土的医学卷子为校正著作疏误和遗漏、复原现代辑佚名著提供了非常珍贵的参考材料，填补了隋唐前后医学典籍之空白。经专家多次考证，医学残卷中记载的临床病种和处方用药真实有效，为临床治疗提供了宝贵的参考价值。敦煌医学具有地域特色，依托于敦煌藏经和壁画而来，作为传统医学中一朵瑰丽的奇葩，在世界医学史上具有较高的学术价值。
对于敦煌医学汉文文献的研究，始于20世纪80年代，历经几代学者的不断努力，现已成绩斐然、成果颇丰。学者早期进行了原始资料的搜集、复制、刊布、编目。中期基于对原始资料的整理，专家学者们逐渐展开了对敦煌医学汉文文献卷子的文字辨识、辑校、考证，诸多选编、类编、研究本的问世标志着敦煌医学研究的不断深入和敦煌医学体系的日益完善。敦煌医学发文量从2000年起整体呈上涨态势，于2012—2014年达到一个小高峰。主要研究主题方向在于敦煌文献（遗书或卷子）、敦煌医方、验案举隅、《灸经图》和《大正藏》等，其中涉及文献研究、临床研究、实验研究等各方向研究。总而言之，现阶段敦煌医学研究仍处于发展阶段。到目前为止，研究的热点在于对古代医籍的阐释与相关医方验案的总结。现已对敦煌医学的内容进行了相当的阐释与运用，但对医学原理的阐释和利用多学科技术转化推广应用方面还需进一步研究。
敦煌医学文献主要是指在敦煌莫高窟藏经洞出土的中医药古文献，也包括部分西域其他地区发现的个别敦煌医学残卷。敦煌医学文献的研究方向主要为对遗书的校勘、整理和考证，以及与对完成校勘的文献进行理论系统总结。因历史原因，敦煌医学卷子除了在国内保留外，还广泛分布于英国、法国、俄国和日本等国家。研究的部分受限于现有公布文献不全，如俄国馆藏文献于20世纪末才被部分公布，至今也仅有20年的研究时间。据《敦煌遗书总目索引》等资料统计，敦煌医方类文献有将近40卷，记载了1240余首医方，内容丰富多样，涉及内、外、妇、儿、五官、皮肤等临床各科。此外，其中还有不少特色方剂，如疗服石方、美容美发方、膏摩方、佛道教养生方等，方剂组成形式多样化，既有大量单验方，也有不少组合方。敦煌医方卷子的重现促进了方剂学研究的深入，开拓出新领域，催生了新学问，同时极大地丰富了中医药资源宝库，为广大学者提供了充足的原始资料，而且部分古本的面世，为释读和考订传世医学经典提供了新的佐证。
在20世纪50年代前，敦煌医学文献研究以罗振玉、陈邦贤、王国维等学者为代表，侧重于对原始文献的搜集、复制、编目和题跋。20世纪50年代后，以马继兴、赵健雄等为代表的学者则侧重于对文献资料的辑校、考释，奠定了当代敦煌出土医学文献研究的基础。20世纪90年代中期以后至今，敦煌出土医学文献研究在向更精、更广的方向发展，填补隋唐前后医学典籍之空白，为古医籍的校勘和辑佚提供重要依据。敦煌医学中的医药学术成就丰富多彩，涉及医理、医方、本草、脉诊、针灸等方面，均具有相关的总结与论述，对中医学的研究和发展有重要的补充作用，为古医籍的校勘和辑佚提供了重要依据，丰富了医药学术成就。近些年来，敦煌医学的文献研究以文本的整理研究占据主导地位，并初步涉及思想、观念、技术、方法等学术本体与学术价值研究。在文本整理的基础上，全方位、多系统、深入研究学术本体及其价值，从而促进中医的发展、中医学术体系的传承与中医临床疗效的提高，现已成为敦煌医学文献研究的必然趋势。
在百余年来对敦煌医学文献研究历程方面，马继兴主编的《敦煌古医籍考释》最先出版，书中收集了医经类、五脏论类、诊法类、伤寒论类、医术类、医方类、本草类、针灸类、辟谷服石杂禁方类、佛家道家医方类、医史资料类等敦煌古医籍卷子共11类，80余种，且对每本医籍从“书名”“提要”“原文”“校注”“按语”“备考”等6项进行叙述。1988年，赵健雄编著的《敦煌医粹——敦煌遗书医药文献校释》出版，该书以原文、校勘、注释、按语的体例进行编著，选择了敦煌医药文献中最精粹的15卷，书后另附其研究敦煌医学的论文，成为当代敦煌医学文献研究的又一里程碑式著作。其后，丛春雨收录了敦煌莫高窟发现的古医书卷子88部，并将其整理分编成102部单独标目，每一标目下按“编号”“题目”“述要”“原文”“厘定”“校注”“按语”等7项叙述，编著而成《敦煌中医药全书》。1998年10月，马继兴出版了《敦煌医药文献辑校》，该书收录敦煌吐鲁番古医籍84种，分为医经诊法、医书医方、针灸治法、其他医术等4大类，按“题解”“释文”“校注”3项校录，辑校水平较高，影响较大。2000年4月，丛春雨出版了《敦煌中医药精粹发微》，全书分为正篇、副篇，正篇由医经、诊法、灸法、本草、方剂及形象医学等章节构成，副篇为作者近年来在国内外学术刊物上发表的有关“敦煌中医药学”的论文汇编。近年来，关于敦煌医学的期刊论文也越来越多，如有一些专门研究敦煌医学的硕博士论文，有从语言学角度对敦煌医籍医学用语进行探讨的论文，有对国外的一些文献进行重新校勘的论文，有对延缓衰老、增加寿命功效的医方进行专门研究的论文。这些研究都从不同角度对敦煌医学进行了探讨，丰富了敦煌医学文献研究的内容。
由甘肃中医药大学敦煌医学与转化教育部重点实验室编写的《敦煌医学研究大成》丛书于2020年5月正式出版。全书分为总论卷、简明总论卷（英文版）、诊法卷、医方卷、本草卷、针灸卷、养生与杂论卷、藏医学卷、形象医学卷（英汉对照）、人物与专著卷等内容，对敦煌医学的各个方面进行了分类整理，是敦煌医学研究的集大成之作。尤为可贵的是，该丛书简明总论卷和形象医学卷都翻译为英文，为敦煌医学向世界的传播迈出了可喜的一步。
敦煌医学的临床研究主要体现在对于敦煌遗书中记载的内容进行的临床试验及疗效总结。目前，其主要的研究方向集中于对单方及疗法对应疾病的治疗研究，对某一思想在治疗某类疾病中的集中体现，以及对治法的具体论述。根据研究的方向不同可大体分为医学思想、医方、本草、脉学、针灸等几个大方向。敦煌医学思想内容丰富，重视“形神合一”的三才思想。依据文献研究得出，近年热点研究即三才思想。其在艾灸、本草、五脏疾病传变及治疗中都有体现该思想。在医方方面，敦煌石室文献中张仲景《五脏论》所记载的药对内容是现存较早的药对文献，其在临床方面具有非常重要的应用价值。
本草方面的研究主要体现在对古医籍论述的配伍结构以及用药思路的论证与实践。在脉学方面，敦煌遗书中涉及脉诊卷子共计20余种。目前，学者对其脉学的分布、命名、誊抄年代的考证及内容都有研究。但敦煌医学脉学文献残卷缀合、命名的不统一性及誊抄年代的不确定性，给脉学研究带来很大的困难，故其主要的研究部分还停留在文献的整理、校勘与总结阶段。针灸方面以对敦煌医学特色疗法研究为主。《灸经图》特色鲜明、传承久远，所载古穴未注明经络循行位置，仅以图示穴位，阐释主治和方法，因其简单实用，能够大范围、深层次地拓展使用，且为针灸治疗疾病拓宽思路，提供临床参考，故深受后世中医学者喜爱。敦煌医学在针刺疗法中强调脉证结合的辨证施治理论，提倡使用经络辨证下以特定穴为主的用穴组方，主张脏腑生克与针灸补泻相结合，还记载了针刺禁忌，其思想和方法在临床上颇具疗效，是传统医学中不可多得的文化瑰宝。在外治方面，敦煌医学记载了溻浴法、熏蒸法、涂敷法、贴法、熨法、摩擦法、塞法、导法、滴眼法、灌鼻法、塞耳法、含漱法、嚏法，共计13种方法，对后世中医外治疗法的发展具有深远的影响。此外，敦煌养生文化不断被关注，其内容包括佛家、道家以及敦煌壁画、塑像等养生导引方法，如呼吸静功妙诀、神仙粥等，对于体质的增强具有较好的作用。
甘肃中医药大学在敦煌医学的挖掘研究方面，建成了敦煌医学与转化教育部重点实验室以及两个省级人文社科重点研究基地等平台。在开展系统挖掘敦煌医学基础理论与方药作用机制的同时，其还在附属医院专门设立敦煌医学门诊，将敦煌医学的一系列理论和方剂运用于临床，创建了针对骨伤、脾胃病、皮肤病等多种临床适宜病种的诊疗技术与方法，开发了敦煌消定膏、敦煌消痹痛贴、敦煌活络洗液、敦煌石室大宝胶囊、敦煌平胃胶囊、萎胃灵胶囊、敦煌古方美容面膜等系列用药，运用于临床，疗效卓著。
随着现代科学技术在敦煌医学研究中的发展与运用，目前在敦煌医学特色素材数据库的建立与敦煌古方证型、方药组成及功用、药理研究以及动物实验等方面均取得了一定的成果。有学者对敦煌医学素材数据库进行了设计与实现，并从证型、方药组成及功用、现代药理等方面对敦煌石窟秘方调中理肾汤治疗脾肾阳虚型泄泻进行了探析；有学者对《辅行诀》中的大补脾汤对顺铂耗伤气阴的治疗效果做了系统论述；有学者通过实验研究证明敦煌石室大宝胶囊有促进大鼠学习记忆能力、保护大鼠脑组织细胞和损伤耐受的作用。实验研究证明，《辅行诀》大补脾汤对放射性肺损伤大鼠具有防护作用；还有研究证明，敦煌古方“紫苏煎”不但可清除慢性支气管炎大鼠的自由基，提高机体抗氧化损伤能力，而且可以调节和保持其血管舒缩，减轻炎症反应。由此可见，近年来医学界对敦煌医方的研究取得了诸多进展。但是，基于《辅行诀》“体-用-化”的理论基础对敦煌医方组方规律的现代科学内涵的阐释，包括对敦煌医方发挥作用功效的物质基础和分子机制的探索仍处在初级阶段。中医药化学生物信息学研究体系的形成和完善，为敦煌医方的现代科学研究提供了技术支持，也为进一步推动敦煌医学的现代化研究提供了研究模式的参考。
敦煌医方是敦煌藏经洞内发现的敦煌文献中的重要组成部分。它不仅包括古代医学典籍、古医方等，还囊括了当时人们对生命、疾病等方面的认识及与医学相关的所有文献，如与医药有关的佛教、道教文献，书画、文学作品，社会、经济文献，占卜文献。这些内容在壁画、彩塑、图案、题记、书法及藏经洞大批遗书中都有大量记载和描绘。“敦者，大也；煌者，盛也”。敦煌一名，即为古代敦煌政治、经济和文化发达、繁荣、昌盛状况的高度概括。敦煌地处丝绸之路要道，为古代中西交流往来之咽喉，故在千百年来的发展中，敦煌医学除了中医学，还综合了大量来自印度、西域乃至阿拉伯地区的医学思想。其开放性的思想使得敦煌医学不仅不拘泥于单纯一门医学，还广泛融入了中外宗教内容于其典籍之中，超前体现了学科交叉的思想，展现了敦煌医学学科的先进性。现存敦煌医药文献200余种，绝大多数系南北朝以后及隋唐时代的手抄本，内容涉及医经医论、脉学诊法、医术医方、本草药论、针灸明堂、道佛医药等。敦煌医方内容丰富，特征鲜明，总结为以下方面。
敦煌藏经洞出土的医药文献中，既包含以中医药为主体的汉文医药文献，亦有藏文医药文献以及梵文、龟兹文、于阗文、粟特文等非汉文医药文献，多种医药文化济济一堂。敦煌医方集印度文化、中国文化、伊斯兰文化、希腊文化等不同地域文化于一身，形成世界文化交流史中独特的敦煌文化，这也正是敦煌学得以形成并赢得国际地位的根源。这种多元医学文化的融通得益于敦煌独特历史地域下形成的开放、多元的文化氛围，并呈现出宗教性和世俗性的特质。它以中国传统哲学为理论基础，集防治疾病、修身、炼养等为一体，贯穿古代先民生活的始终。
敦煌地处东西方交汇的咽喉，是丝绸之路的总枢纽。丝绸之路的本质是条商道，敦煌自身物产并不丰富，其繁华来自商品驿站的区域特性。研究表明，敦煌在一定历史时期可以说是国际贸易市场城市。盛唐时期，敦煌地区居住有大量的外来从事商业贸易的居民，这些人中以粟特人居多。敦煌本地出产贫瘠，但是市场上外来商品丰富，西到东罗马，南到印度，东到高丽，都有商品在敦煌出售。敦煌交易市场上用于交换的货币有金银钱币、金银器皿和丝织品等，从商人员、商品和使用的货币都呈现出国际化的特征。敦煌地处边陲，多民族杂居，历史上受儒家文化、道教文化、佛教文化的影响，这种国际化贸易更是营造了一种开放的、多元文化并生的氛围。再者，丝绸之路艰难险阻，商旅行人奔波劳顿，敦煌不仅是物品的中转站，同时是人们休养生息、心灵安顿的场所。多元医学文明正是在这种融合中外、先进包容、独特的文化区域中得以交流融通，共同调适身体危机，化解病患焦虑，提供生命期许。
敦煌遗书中的中医方剂，组方配伍法度严谨，体现了中医理、法、方、药贯通一体的基本精神，并且以八纲为依据，高度概括了汗、吐、下、和、温、清、消、补八法的组方运用，井然有序，寓意深刻，还十分重视八法的复合应用，如汗下并用、温清并用、攻补并用、清下并用等多种运用方式，进而适应疾病的复杂性和多变性。此外，敦煌遗书中的中医方剂，组方配伍重视五行格局，经纬五脏用药，别具特色。这种配伍方法主要体现在《辅行诀》的46首古经方之中。具体地说，就是首先将药物按照五行进行分类，而每一行中又可分为五行，具有无限可分性。《辅行诀》共列出了25味药物的五行分类，故《辅行诀》云：“凡列此二十五味，以明五行互含之迹，明五脏变化之用。五脏之中，必兼五气。”《辅行诀》在以五行分类药物的同时，又重视五脏的虚实和脏气的平和。卷中列举了五脏虚实的辨证方法，在具体应用上又将五行、五味与五脏证候相结合，并以图表的形式来反映（附图略），从图中可以领略出“五行五味，互藏互含”之机。
敦煌医学的内容包含各科，有医学理论、医方、脉诊、本草、祝由术等各方面，其中涉及科目包含传统中医学、藏医学、印度医学以及佛医、道医等，又根据所录医书的内容与性质分为医理、古藏医药、针灸、诊法、本草、医方、道医、佛医、医事杂论等9类。其中，敦煌医方内容丰富、范围广泛，涉及内、外、妇、儿、五官、皮肤等科。另外，也有相当一部分现世未曾保存的医籍，为当代医学研究与校勘提供了宝贵的资料，如涉及脉诊的《平脉略例》和《五脏脉候阴阳相乘法》等。
其记载的疗法也多种多样，包括汤剂、针灸以及导引等。针灸方面所涉及的文献包含针刺疗法、拔罐疗法、放血疗法、贴敷疗法等，其中贴敷就广泛涉及了皮肤科、五官科、儿科、妇产科及肛肠科等方面内容，以皮肤科与五官科记载最多。敦煌医学出土文献中有艾灸疗法专著——《灸经图》。其中，灸法包括普通灸法、耳灸法、火灸法、隔物灸等。隔物灸又包含隔面饼灸、隔雄黄灸及隔油灸等多种疗法，且存在轻症少灸，顽疾重灸的理论，壮数多则可至上千壮。
敦煌医方剂型种类齐全，包括汤、丸、散、膏、栓、丹、醋剂、酒剂、食疗等，可根据不同病证灵活运用。外治法有熏蒸法、外洗、溻浴法、涂敷法、贴法、熨法、膏摩法、催吐、灌肠、滴耳、塞法、导法、点眼法或滴眼法、纳鼻或塞耳法、含漱或含噙法等。敦煌遗书中除了有大量卓有成效的内服方以外，还保存了大量简便效捷的外用方。外治法是利用药物作用于皮肤和五官诸窍，使药物直达病所，同时又能借助冷热温度、摩擦熏熨等刺激达到治疗的目的，因其用药剂量小、吸收快、无肝脏首过代谢等优点，对临床及研究和开发中药外用药制剂有很重要的价值。其中仅用于润肤洁面、美白悦色的美容方有17首之多，保存较为完整，用药颇具特色，如油膏剂之羊髓面脂、面脂方、面膏方、玉屑面脂方、面药方、散剂；面膜剂之治妇人欲得面白方、面膏方、面散方等。
敦煌医方中存在大量补阳气、散邪气的方子，这可能与地处西北的敦煌寒冷的气候有关。如来源于《杂证方书》（P.2565）的疗痰饮内消方，痰饮为病，病机总属阳衰阴盛，本虚标实，本虚为脾肾阳虚，标实为痰饮内停，治疗以升发阳气，温散饮邪为法，本方之妙在使用前胡、细辛、柴胡升阳气而以化饮邪，阳自下而上得升，饮自内而外得化；又如《杂证方书》（P.5435）中的疗男子冷积方，由附子、莨菪子、禹余粮三味药组成，莨菪子与附子相配，峻补元阳、逐风除湿，而禹余粮甘涩固脱，三药相伍，温中有散，散而不过，起到温阳散邪、固涩止痛之效，可治疗男子冷积造成的冷泄、冷痢、脘腹冷痛、阴冷脱肛等疾病。
敦煌医学中可以看到天人相应、天人一体模式的深深烙印。“天地合气，命之曰人”，自然界中阴气（地气）与阳气（天气）的交互形成了生命。其重视养生，多使用导引、艾灸、敷贴等法以祛邪外出，固护阳气。敦煌医方中对于邪气的祛除也十分重视，在《头、目、产病方书》（P.3930）中所载的治疗偏风项强，一边缓纵之证的椒桂附子汤，重用大辛大热之椒、桂、附温经活络、通经逐痹，辅之以白术、当归、牛膝兼补脾肾阴血，使祛邪之力有源可生，使伏于经络之邪得去，缓纵得除。
敦煌医方除了用中医药理论来指导用药之外，还擅长于本区域的取材用药，如黄芪、当归、肉苁蓉、白附子、锁阳、雄黄、藁本、独活、大黄、甘草等。以当地药材组方的黄芪苁蓉汤、黄芪磁石苁蓉汤等方剂，具有很好的治疗及保健价值。其中，肉苁蓉、甘草、大黄、独活等至今仍是敦煌地区的道地药材，这些药物在敦煌古医方中运用十分频繁。
丝绸之路，水草丰美，土地肥沃，宜牧宜农，盛产牛羊，所产牛羊品质上乘，为当地主要食物之一，在敦煌医学中，牛羊之品被大量运用。有学者对敦煌古医方中20首组成、方证较为明确的食疗方剂进行了研究，发现应用牛、羊之品的方剂共有12首，如肾劳汤、羊肉荜茇饮、黄芪羊肉汤、橘皮羊肚羹等。此外，敦煌医学中一些方剂的命名也具有敦煌地域特色，如天王补心丹是一首临床广泛运用的方剂，研究认为天王补心丹就是从敦煌遗书S.5598V《毗沙门天王奉宣和尚神妙补心丸》中衍化而来的。毗沙门天王信仰是晚唐五代敦煌地区盛行的佛教民间信仰之一。
在《黄帝内经》中就有“毒药攻邪，五谷为养，五果为助，五畜为益，五菜为充，气味合而服之，以补精益气”的记载。在敦煌医方中，多有药食并用之法。《辅行诀》5首救诸劳损病方皆为药食同用，如养生补肝汤治疗肝虚筋极，既应用了桂心、芍药、芒硝等药物，又使用了蜀椒、韭叶、胡麻油等食品；又如调神补心汤治疗心劳脉极，除应用旋覆花、栀子和人参等药物，还配伍了栗子、葱叶和豆豉等食品。其他如治疗脾虚肉极的建中补脾汤，治疗肺虚气极的宁气补肺汤和治疗肾虚精极的固元补肾汤，均为药食同方，配伍有制，相辅相成。
在敦煌医方中，药食同用的治疗调理模式还表现在灵活巧妙地运用了“脏器疗法”，如卷子S.14672“治风邪惊狂及风癫、风痉诸方。丹雄鸡汤，诸风兼脏邪（耶）气恍惚，悲伤不已，恚怒无常，安神定志方。丹雄鸡一头（三岁者）、蛇脱皮一枚、麦冬三两（去心）、桂心三两、羌活三两、芎
二两、石菖五两、防风二两、牡蛎二两（末）、柏子仁二两、鸣蝉十枚（炙）、生姜四两、当归二两、人参二两、茯神二两、远志皮三两、麻黄二两（去节）、大枣三十枚（劈）。十七物，鸡如食法，勿以水，经腹裹出肝心血，以水二斗，先煮鸡取一斗五升，去鸡肉，内余药，煎取四升，内鸡肝心血也。又煎取三升半，分五服，日三，夜一，余汤明旦服”。该方突出使用丹雄鸡，以其心、肝血补阴血，安神志，止惊风，配方独运匠心。又如“安志丸，治大风入腹肠，喜恚恍惚善恐，开心逐邪，安神藏，除百病方。人参五两、附子六枚（炮）、赤术三两、猪心五两、羊心五两、牛心五两、马心五两、犬心五两、菖蒲五两、远志五两（去心）、茯苓五两。捣下筛，蜜和，服如杏子核一枚，日三，稍益如杏大，五心皆干乃称之”。该方以猪、羊、牛、马、犬五畜之心，专补心血、去忧患、安神志、止惊恐、疗健忘，这种以心补心的脏器疗法，将药食同用治疗调理模式运用发挥得淋漓尽致，颇具特色。
敦煌医方也十分重视养生保健、益寿延年，如四时常服方、黄芪苁蓉汤、黄芪磁石肉苁蓉汤等方剂通过调补肝肾、补益气血达到养生保健的目的。
敦煌佛教养生导引方是敦煌医学的重要组成部分，也是佛教遗书中医学内容与中医学紧密结合的重要组成部分。敦煌佛教医方内容丰富、治法独特，在很大程度上丰富了中国传统医学宝库的内容。敦煌医学中的佛家、道家养生康复方的内容丰富，如以佛教义理组成药方，用于康复心神顽疾；佛教咒语配合香药洗浴，用于洁身保健；调息与食粥结合，用于条畅气血、补益脏器；某些道家养生方，可用于延年益寿等。同时，在敦煌壁画中发现大量有关练功、气功、运动的画面。敦煌医方配合多种养生方法以调身、调息、调心，达到心神合一的状态进而实现强身健体、防病治病的目的。
在急症救治方面，陶弘景认为，“中恶卒死者，皆脏气被阻，致令内外隔绝所致也”。《辅行诀》载有5首救急方，通过点眼以通肝气、吹鼻以通肺气、着舌以通心气、启喉以通脾气和熨耳以通肾气，达到开窍启闭，急则治标之目的。难能可贵的是，陶弘景将硝石、雄黄共为极细末，置于舌下，救治心气闭绝的急心痛，这与西医学救治急性心绞痛，以硝酸甘油舌下给药的方法颇为吻合，反映了古代医家先进的急救知识和勇于探索的科学精神。