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敦煌古属雍州，位于甘肃河西走廊的西端。在远古时代，我们的先民就在敦煌这一地区活动，从考古发现来看，火烧沟人是敦煌一带最早的居民。在公元前140年汉武帝即位时，汉王朝对敦煌进行了大规模开发，修长城、驻军队、开荒地、囤粮草，使得敦煌地区逐渐繁荣。在汉代，敦煌是中西交通的咽喉之地，中原地区的丝织品、金属工具及铸铁、凿井、建筑等技术通过敦煌输送到西域、中亚、西亚乃至更远的地方，而西域的胡桃、葡萄、胡麻等植物通过敦煌移植到中原，中亚的骆驼、汗血宝马、乐曲、乐器等也通过敦煌传入中原地区。
至隋代，丝绸之路分为南、北、中3条线路的格局基本定型，而敦煌是3条线路共同的关键要地。至唐代，中西方文化的交流达到了鼎盛时期，在唐王朝开放包容的制度之下，中西文化交流的范围进一步扩大，印度、希腊、中亚、西亚等不同系统文化的传入，使敦煌文化兼收并蓄、绚丽多彩。医药方面的交流也在这一时期达到了巅峰，印度、西域及阿拉伯地区的医学思想、药材和医疗技术渗透到东方，中国的医学思想、药材和医疗技术也不断向西传播。因此，丝绸之路既是“贸易之路”又是“医药之路”。
唐代中期，755年爆发了安史之乱，唐政府调动河西、陇右等西北各地的精锐部队入援中原，吐蕃乘机占领陇右地区，切断了河西和中原的联系，敦煌失去了往日的繁荣。848年，沙洲的张仪潮率众起义，结束了吐蕃在敦煌的统治。在宋初，914年，沙洲的另一大家族——曹氏家族中的曹仁贵统治了敦煌。从吐蕃占据敦煌至曹氏时期这100多年中的大部分时期，敦煌与中原的通道不甚通畅，经典书籍和纸张的来源比较困难，因此人们对纸张非常珍惜，纸张往往都是被两面抄写，在敦煌遗书中就保存了相当数量的被两面抄写的书卷。到北宋年间，敦煌自身经济又有了较好的发展，对外交流逐渐增多，佛典与其他文化典籍的来源渠道增多，除大量写本涌入敦煌外，刻本佛典也传入敦煌。大量崭新的写本、印本经典的涌入，使得敦煌地区势必淘汰原来残旧的经卷。于是在曹氏后期，1049—1054年，敦煌各个寺院对其藏书进行了一次大规模的清点，结果清点出一大批复本过多、残旧不全和一些少有人再读的经卷和其他文化典籍。他们把这些书籍和各寺院以前剔除而零散存放的经卷及其他书籍、过时文书、旧的幡画和一些佛像等物品集中于一起。中国传统文化向来有“文以载道”的思想，历代文人对书籍格外珍惜，而佛教更是认为“经所在处即佛所在处”，旧的佛典和法器不容亵渎。因此，当时按照传统办法，各寺院清点人员将这批经卷和文书用布包好，与一些旧的幡画、佛像及其他物品一道整齐地堆放在大小适宜的敦煌莫高窟第17窟中封存起来。
敦煌藏经洞是由敦煌莫高窟守洞道士王圆箓首先发现的。王圆箓是湖北麻城人，由于家乡连年灾荒，于是逃荒流落到甘肃。他曾在肃州（今酒泉）巡防军当兵，退伍后，拜当地盛道法师为师，出家成了道士。大约在清光绪二十三年（1897年），他漫游到敦煌莫高窟，从此就在这儿安顿下来，再也没有离开过。
王道士走进莫高窟的时候，已经有“上寺”和“中寺”两座寺院，但当时这两座寺院的僧人是属于藏传佛教系统的喇嘛，对属于显教的洞窟没有多大兴趣。因此，莫高窟完全处于自生自灭之中，呈现出一派破败荒凉的景象。王道士见诸多洞窟无人管护，一片残破，便在莫高窟南区洞窟北头的一块平地上盖了几间茅屋，住了下来，并以“莫高窟住持”的身份自居，逐渐得到了当地居民和官绅的认可。
王道士安居下来以后，就开始四处募捐化缘，对莫高窟进行修缮。他粉刷了一些洞窟里历经风雨剥蚀、颜色剥落的壁画；又打通了洞窟之间的岩壁，修建了连接洞窟的一个个甬道，这样在各洞窟之间行走就方便多了，但岩壁上精美的壁画却遭到破坏。由于王道士信奉道教，在修缮洞窟的同时，他还把部分佛教洞窟改造为道教建筑。他看准了后来被编为16号的洞窟，想把它建成道教标志性建筑——太清宫。为了这一目的，王道士计划把16窟的上下两层打通，但洞窟中填满了多年的积沙，要想完成这项工程，必须先把积沙清理出去，于是王道士开始雇人清理积沙。在清理工作即将完成时，16窟入口附近的一面墙壁上出现一道裂缝，王道士敲击墙面后，发现里面有空洞。于是在1900年6月22日的夜晚，他和一个伙计拆除了这残垣败壁，里面露出一个土坯垒砌的小门，拆除土坯后，呈现在眼前的是一个黑黝黝的复洞，大约几丈见方，里面堆满了无数叠放整齐、密密麻麻的白布包，每一布包裹经10卷，从窟底堆放到窟顶，又有数不清的佛帧绣像平铺在白布包之下，洞内还封藏了许多古物，所剩空间仅能勉强容下两人。这个洞窟就是后来举世闻名的敦煌藏经洞（敦煌莫高窟第17窟），洞内所藏书籍总数约5万卷，被后人称为“敦煌遗书”。
1900年夏天，在敦煌莫高窟藏经洞中，王道士发现了5万余卷的遗书，即敦煌遗书（又称敦煌写本、敦煌卷子、敦煌文书等），其中包括5—11世纪多种文字古写本及少量印本，既有官方文书，又有私人文书。洞内所藏文献以佛教典籍最多，还收揽了医学、天文、历法、历史、地理、方志、图经、民俗、名籍、账册、诗文、辞曲、方言、游记、杂写等方面的书籍。其主要部分是传统文献中不可得见的资料，故成为多种物质文明和精神文明的重要依据和补充参证，价值尤为珍贵，所以被视为中国文化史上的四次大发现之一。
在敦煌藏经洞所藏书籍文献中，除了大批汉文文献之外，还有不少藏文、回鹘文、于阗文、龟兹文、梵文、突厥文、吐火罗文、希伯来文、西夏文等非汉文文献，因此敦煌书籍中所包含的文字非常丰富，对于文字研究具有重要价值。其中对汉语言文字方面的研究，内容极其丰富且新颖。另外，敦煌遗书在书籍发展史及书籍印刷史、装帧史上都是难得的实物资料。敦煌书籍形式多样，有拓本、印刷本和刺绣本，其中唐咸通九年的《金刚般若波罗蜜经》是现存最早的雕版印刷品。敦煌文献以卷轴装为主，又有梵箧装、经折装、蝴蝶装、册子装和单页等多种装帧形式。
目前所知，敦煌遗书时间跨度较大，最早的书卷纪年是魏高贵乡公甘露元年（256年），最晚的纪年是宋咸平五年（1002年），上起魏晋，下迄赵宋，跨越了十六国、北魏、隋、唐、五代、北宋等近10个朝代。
敦煌遗书保存了重要文物资料5万余件，堪称大百科全书，具有极大的价值。它不仅提供了其他史籍未曾记载的珍贵资料，还保存了从东晋到北宋各个时代的书法真迹，如真、草、隶、篆等各个书体，称得上是我国书法艺术的珍贵宝库。尤其难得的是，大量失传的古佚文书也包含在其中，大大丰富了我国文献宝库。敦煌遗书中保存了一大批吐蕃文文献，8000多件，这对研究吐蕃史、敦煌史以及当时西北地区的民族变动具有重要价值；其中还保存了50多件回鹘文文书，对研究回鹘的历史和文化具有重要价值。此外，敦煌遗书中被保存的少量于阗文、粟特文和梵文文献，对研究古代的民族关系和中外交往具有重要价值。
藏经洞敦煌遗书的发现对于研究我国乃至世界的古代社会、经济、宗教、文化、历史、医学、艺术等都具有重要的学术价值。
医药文献是举世闻名的“敦煌遗书”中的重要组成部分，敦煌医药卷子总数应为100余件，根据种类划分和计数，基本情况如下。
此类卷子有20多种，包括《素问》《灵枢》《伤寒论》《难经》及托名张仲景的《五脏论》残卷，内容涉及藏象、病因及医学杂论。这类卷子有些是对《内经》等古籍的进一步补充和发挥，有些则是与传世古医籍不尽相同的理论解说。其中，有现在可见最早的古本——《难经》残本；有见于S.202卷子的宋代整理编次前的《伤寒论》写本，它是目前所能看到的最早的《伤寒论》原卷抄写本，弥足珍贵。另外，五脏类著作的古传本《明堂五脏论》《耆婆五脏论》等，对今人研究中医五脏理论具有非常重要的意义。
此类卷子约为14种，主要是脉学类文献，包括《脉经》《平脉略例》《玄感脉经》《青乌子脉诀》《七表八里三部脉》等多种脉学著作，也包括一些其他诊法文献。
此类卷子近40卷，其中记载了1000余首医方，内容广泛，涉及内、外、妇、儿、五官、皮肤等科，此外还有不少美容、长寿方，体现了防治一体的学术思想。其所载方既有大量单验方，也有不少复方。在治法方面，其中既有内服法，又包含了很多贴敷、熏洗、摩膏等外治法，不少治法和方药用法都是古人的宝贵经验，值得后世深入研究和借鉴。
此类卷子主要有《本草经集注》《新修本草》《食疗本草》3种，也有个别不知名的古代药学著作残本，总共有10余件。
此类卷子有10多卷，包括《针灸甲乙经》古抄本；P.2675为《新集备急灸经》甲本、乙本残卷，其中亦有类似的残图；S.6168及S.6262为两件古老的灸法图残卷，此2卷均先写主病之文，再绘用穴之图，文字记有病名、穴名及施灸壮数，图内点记穴位，图侧用引线标以穴名及部位；S.5737为《灸经明堂》残卷、P.3247为《人神流注》残卷，此2种卷子仅有文字。
道家、佛家医学文献约20卷。中医药原本与道家有同源关系，在佛教东传之后，佛家在中国也不可避免地和中医药发生了很多关联。因此，有一些明显具有道教、佛教色彩的文献，同时也是运用中医中药甚至结合了中医理论的道佛医药文献。其中，道医类文献多侧重于记载养生、辟谷、驻年等方面的方药；佛家类文献有一些印度僧医事迹的记载，也有一些佛医方的记载，其中用到了一些西域药物。
文献中有一些本质上不属于中医药文献，但其内容与中医药有一定程度的关联，如提及或运用了一些中医药名词术语，或旁及一些中医药知识的文献资料。如《伍子胥变文》中的药名诗；习字课本中的病名、药名；佛家用中医方剂格式开具的“心灵处方”；类书中的医药人物；占卜、相书、具注历日中提及的病名等。我们将这类只是侧面或是偶然涉及医药术语的文献统称为“涉医文献”。
首先，敦煌医学卷子弥补了隋唐前后时期医学文献的一大空白。我国在4世纪至10世纪初，即六朝至唐末五代时期，医学著作种类和数量均已相当繁多，据隋、唐史志所载不下二三百种。这些著作除了极少数是汉魏以前的古医书，绝大多数都是六朝以后的人撰写的，而在这个时期的大批医书中，能够比较完整保存下来的却只有屈指可数的几部医书，其中包括《肘后备急方》《诸病源候论》《千金要方》《千金翼方》《外台秘要》等。敦煌医学卷子为这一历史时期传世医书的短文现象弥补了很大的空白。
其次，敦煌医学卷子中属于隋、唐史志所未载者占绝大多数。这一事实既说明了收入史志中的医学书目是有很大局限性的，同时也说明了当时民间医书不论书名方面或品类方面还是广泛存在的，如俄藏敦煌文献的内容就是“妇科疾病民间单验方”。
最后，敦煌医学卷子是迄今为止除极少量汉墓出土医书外，我国古老的文字和内容最多的一批医书实物。
首先，敦煌医学卷子为多种传世古医籍的校勘提供了早期根据。由于敦煌医书均是10世纪初以前的文献，因而可为隋唐及隋唐以前的传世古医籍的校勘提供重要旁证。
其次，敦煌医学卷子为辑佚、复原古医籍提供重要内容。在我国历史上，有些重要古医籍原书早佚，或虽有传本但已有很多残缺，而在敦煌医学卷子中保留有其佚文者可为辑佚、复原古籍提供重要内容。
最后，敦煌医学卷子中保存了许多未见著录的古医籍早期传本。这类著作在敦煌医学卷子中为数最多，如《玄感脉经》《明堂五脏论》等。
在敦煌遗书中不仅保存了众多的医学书籍，而且这些医学书籍很多具有较大的医学价值，能够体现在医学理论、诊断学、本草学、方剂学、针灸学等诸多方面，同时具有较大的临床实践和科学研究价值。
在医学史研究中，往往因原始资料的缺乏，而使某些涉及确定年代的问题上存在着学者们的不同意见长期不得解决。随着敦煌医学卷子被发现，因其抄写年代下限不晚于五代末期是确凿无误的事实，故可以在此基础上对若干长期争议的年代问题做出进一步的正确判定。
在敦煌遗书医学卷子中，共有5篇珍贵的藏医药文献，已于1983年被罗秉芬、黄布凡编译收录至《敦煌本吐蕃医学文献选编》。这些藏医文献是迄今所见西藏最早的古文献之一，它们为藏族医药学的起源提供了最新资料，在民族医药发展史上具有极为重要的作用。
《辅行诀脏腑用药法要》是敦煌遗书中一本颇具传奇色彩的著作。其不仅保存了部分已经失传的经方，还具有完整、全面的辨治体系，对其深入研究可对现有的辨治体系进行补充，还可促进对现有中医理论的研究。其价值具体如下。
1.《辅行诀》对传承与发扬经方具有重要作用
（1）提供更多经方，阐释组方规律：《辅行诀》中所择录的方剂主要源自古佚书《汤液经法》，与《伤寒论》经方同出一源，且在《辅行诀》中找到了《伤寒论》中的一些佚失千年的经方，如大、小朱鸟汤，大、小玄武汤，大、小阳旦汤，大、小阴旦汤等。其中还记载了数十首以五脏辨证补泻为理论治疗杂病的医方及开五窍救卒死诸法。因此，《辅行诀》对于研究医学史和仲景学说价值颇大。
《辅行诀》以五脏五行学说为基础，论述了疾病的治疗规律及方法，特别是此书记载了古经方的主治及配伍方药，用药独具一格。“五行互含之迹”启示了《伤寒论》组方理路。
（2）五行五脏格局，完备经方体系：《辅行诀》为经方提供了一个较为完备的体系。其书中治疗五脏的方剂是用五脏五行的格局排列的，而治疗外感的二旦、四神、大小等汤则单独成为一个完备的体系。在临床运用中，《辅行诀》将方剂与五脏五行理论联系得更为密切，将方剂的适应证和人体联系起来，从一个非常重要的角度对方证进行研究，而且方剂的使用还兼顾到了五脏之间的联系。
（3）严谨配伍理论，揭示配伍规律：《辅行诀》中的方剂配伍，以药物的“性味”以及五行属性为主要配伍依据，而且每味药物以及药物与脏腑之间的五行生克关系也是明确对应的。因此，《辅行诀》一书为医家研究《伤寒论》与《金匮要略》的组方规律和配伍理论提供了研究基础，极大地推动了方剂学的发展。
2.提供了更具指导意义的用药分类方法
《辅行诀》中提出了用五味配五行指导用药的方法，认为各药的五味特性是：味辛皆属木，味咸皆属火，味甘皆属土，味酸皆属金，味苦皆属水。这与《黄帝内经》的论述不同。《素问·金匮真言论》云：“东方色青，入通于肝……其味酸，其类草木……其味苦，其类火……其味甘，其类土……其味辛，其类金……其味咸，其类水。”《黄帝内经》中味辛属金、味咸属水、味甘属土、味酸属木、味苦属火的观点现在比较通行，但《辅行诀》是一种基于临床实际药效来定性的方法，就脾脏病“以甘补之，辛泻之”的治法为例，虽然所用的基本原理都是五行生克，但却与《黄帝内经》中的理解不同。在《黄帝内经》里味甘之药属土、味辛之药属金，而在《辅行诀》里味甘之药属土、味辛之药属木，从最终作用来看，以土补土、以木泻土的观点更符合实际。由此看来，《辅行诀》的分类方法更具指导意义。这种分类主要体现在“诸药之精”的25味药中。不仅如此，陶弘景还把每一种药味又分为五行，如“味甘皆属土，人参为之主，甘草为木，大枣为火，麦冬为金，茯苓为水”。这种临床指导用药的意义在于明确了药物的作用，如补脾土可以用人参，因其味甘属土，也可以用甘草来补，但甘草属土中之木，所以还可以治肝（木）病。从实际病证来看，甘草不仅可以补脾气，还可以治疗因肝病所致的各种疼痛，因甘草有缓急止痛的作用。
3.对理解与研究《伤寒论》有重要作用
在中国古代医学中，伊尹所著的《汤液经法》与《伤寒杂病论》有一定的同源性，两者皆被称为“医方派”。又陶氏在《辅行诀》中言：“外感天行经方之治，有二旦、四神、大小等汤。昔南阳张机，依此诸方，撰为《伤寒论》一部。”此言《辅行诀》与《伤寒杂病论》具有一定的相似性，且来源于《汤液经法》。因此，《辅行诀》的发现对于《伤寒论》的研究具有重要意义，可以通过对其深入研究而进一步阐释《伤寒杂病论》的组方规律与病因病机。第一点，从文献角度。《辅行诀》中许多方剂，无论是从名称还是从组成上均与《伤寒论》完全相同，如“泻心汤”“白虎汤”等；也有组成相同但名称不同，如“小补脾汤”“理中汤”等。第二点，《辅行诀》中陶氏云：“汤液经图尽要之妙，学者能谙于此，医道毕矣。”可见，由此图探索《伤寒论》的用药规律，能够为研究与学习《伤寒论》提供一定的方向与坚实的基础。