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敦煌医学文献多为古中医药学文献，虽然《辅行诀》所载古经方的主治及配伍方药用药独具一格，但与《伤寒论》经方同出一源，同传承自古佚书《汤液经法》。故可将目前中医药现代化研究的多学科技术借鉴运用于《辅行诀》医方、医理研究中。
中医药学理论体系，是包括理、法、方、药在内的统一整体，是关于中医学的基本概念、基本原理和基本方法的科学知识体系。它是以整体观念为主导思想，阴阳、五行学说为哲学基础和思维方法，脏腑经络及气血津液为生理病理学基础，辨证论治为诊治特点的医学理论体系。理、法、方、药是中医学关于诊断与治疗操作规范的四大要素。其中，理是指根据中医学理论对病变机理做出的准确解释；法是指针对病变机理所确定的相应治则治法；方是根据治则治法选择最恰当的代表方剂或其他治疗措施；药是指对方剂中药物君、臣、佐、使的配伍及其剂量的最佳选择。传统中医药要自信，要坚守传统，同时要采用现代科学技术来证明其疗效。推动合理使用现代科学手段对中医学理、法、方、药进行系统研究和科学解读，是中医药传承精华、守正创新的必由之路。
中医药化学生物信息学是运用化学生物信息学等多学科理论与技术，多角度、多途径、多层次科学解读中医药学原理，揭示中医药起效的物质基础和分子机制，以阐明中医药学理、法、方、药科学内涵的新兴交叉学科。化学生物信息学是以整合了信息学、生物信息学、化学信息学等多学科领域相关内容而形成的交叉学科。中医药学自然属性的包容性及其在生命本质的探索、方药行为信息等领域的认识与信息学、生物信息学、化学信息学以及整合学科化学生物信息学在理论与实践中固有的交叉融合性，是中医药化学生物信息学学科形成与发展的基础。该学科也已成为传承精华，守正创新，用现代科学解读中医药学原理，加快推进中医药现代化进程的又一重要学科支撑。