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叛逃告密使得张角“里应外合”的计划破产了，洛阳得以保全，黄巾军只好把起义重点放到青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州。
黄巾军经过多年准备，在各地都有大量成员，起义初期，看起来声势十分浩大。张角自称为“天公将军”，张宝、张梁分别称为“地公将军”“人公将军”，他们带领几十万徒众，在八州同时对政府部门发起冲击。
几十年来民间压抑的怒火如同火山爆发，中下层民众纷纷参与到起义队伍中来，他们挥舞着棍棒、锄头，冲进官府衙门，四处放火，斩杀地方官吏，抢劫府库，攻掠城池，一时间杀得东汉地方政府手忙脚乱。
洛阳东南的颍川郡成为黄巾军的主攻方向，很快，颍川的许多城池都被攻克了，黄巾军正在以迅雷不及掩耳之势从东、南两方包围洛阳。
灵帝是个纯粹的草包，一看这情形就被吓到了，火急火燎地向朝廷里的士大夫们求助，在皇甫嵩等人的建议下，灵帝做出几个重大决定——
首先是解除党锢。
这些年，灵帝一直跟士大夫们赌气，不允许他们参政，现在被黄巾军一吓，赶忙低头，让被禁锢的士大夫们重新回到政坛。但士大夫们和他们背后的世家大族被禁锢了这么多年，跟皇帝之间早已经形成了巨大的鸿沟，短时间内怎么弥合得起来呢？所以虽然党锢被解除，东汉的统治阶层仍然处于分裂状态，世家大族们并不感激灵帝，反而借这个机会开始活跃起来。
然后是允许地方政府和各地豪强自行招募军队，自动去替朝廷镇压叛军。
黄巾起义有一个很特别的地方，就是黄巾军在全国各地同时发动起义。那么要镇压他们，很自然的做法就是鼓励各地政府调集当地兵力，组建临时军队，就地镇压。另一方面，朝廷现在已经极度衰弱，没有能力依靠自己的力量镇压黄巾军，借助地方上的力量也就顺理成章了。
但这是东汉朝廷的一记严重昏招！
地方武装的建立，虽然可以帮助朝廷迅速平定黄巾之乱，但也让各地豪强趁机建立起自己的军队。而衰弱的中央政府根本没有能力控制这些军队，更不可能解散他们，黄巾军的叛乱平息以后，中央政府怎么收拾残局呢？
朝廷命令下来以后，全国各地的豪门望族、枭雄、野心家们都笑开了花，一些嗅觉敏锐的人已经察觉到：一个充满挑战与机遇的大时代来临了！他们没有丝毫犹豫，立即以“帮助朝廷平叛”的名义组建自己的军队。
从此，全国各地山头林立，到处是不受控制的地方武装，中央政府对国家的控制开始瓦解了！
不过在当时来说，这种鼓励地方武装的政策确实是立竿见影的，各地黄巾军很快发现当地冒出一些从未见过的军队。这些军队机动灵活，训练有素，又由经验丰富的将领率领，战斗力远远胜过农民武装。他们一出手，各地黄巾军立即感受到巨大压力，从此被压制在各自的地盘上，无法联合起来。
张角苦心筹划的全国同时举事再联合起来攻城略地的计划成为泡影，黄巾军的力量被严重分散了。
不过真正要对黄巾军造成致命打击，还得靠中央政府的正规军。
当时中央政府严重缺乏兵力，灵帝只好想尽一切办法，把洛阳附近号称“五校” （屯骑、越骑、步兵、长水、射声五路校尉带领的禁卫军，负责京师防卫） 、“三河” （河东、河内、河南三郡骑兵） 的宿卫部队调集起来，分别由左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁（jùn）率领，前去讨伐黄巾军。
即使这样，这些军队加到一起也才四万多人，面对汹涌而来的几十万黄巾军仍然捉襟见肘。
他们将主攻方向放在颍川。这里的黄巾军由将领波才率领，正在对各大城池发起攻击。
一开始，政府军遭到大败，皇甫嵩和朱儁都被黄巾军包围在长社城里。但黄巾军实在缺乏战斗经验，面对这样一座小小的城池，竟然一直攻打不下来。
危急时刻，皇甫嵩提出：“敌人缺少战争经验，在草丛中扎营，我们用火攻，必定大胜。”
一天傍晚，大风骤起。夜里，政府军点燃火把，由少数敢死队员潜出城去，到城外黄巾军的营地里点火，风助火势，很快燃起漫天烈焰。城里军士再鼓噪呐喊，一同冲出城去，这时候，骑都尉曹操也从外地赶来，两军会合，声势大振，顿时杀得波才的军队丢盔卸甲，狼狈逃窜，政府军反败为胜。
黄巾军的两个重大缺陷这时候都暴露出来了：一是缺少统一指挥，没能形成各地军队联合作战的态势；二是缺少高级军事人才。这些底层农民，没有受过任何军事训练，对兵法一窍不通，基本凭着一股蛮力在四处冲撞，在受过专业训练的职业军队面前，他们只有挨打的份儿。
全国各地的豪强都已经看出了黄巾军的外强中干，在他们看来，这群流寇就是极好的靶子，非常适合用来练手，所以他们争先恐后地调集自己的私人武装，对黄巾军发起打击。
一大拨政坛新秀就这样登上了历史舞台——地方官员、军队统帅、地主豪门，甚至一些充满野心的贩夫走卒，只要略微有一点门路的人，就广撒钱财，四处招募勇士，拉起自己的队伍，加入这一场围剿黄巾军的盛宴中来，趁机扩张自己的势力，为即将到来的乱世积攒实力。
当然，这些野心家的身后是各大世家豪门，这些豪门出钱出兵，野心家们则作为豪门的代言人，替他们挥舞旗帜，双方密切合作，共同跑马圈地。
皇甫嵩和朱儁打破波才的包围以后，乘胜追击，先后打败黄巾军将领彭脱、卜己的队伍，杀退了汝南、陈国等地的黄巾军，扫平了豫州和兖州，解除了黄巾军对洛阳的威胁。到这时，朝廷才终于缓过气来了。
当年八月，两人接到灵帝的命令，冀州的政府军遇到了麻烦，让皇甫嵩到冀州去讨贼。
冀州也是讨伐黄巾的主战场之一，当地黄巾军由张角三兄弟亲自率领，十分顽强。
冀州政府军早前的统帅是北中郎将卢植，卢植在广宗围困张角的部队，双方对峙了很久。灵帝受到挑唆，认为卢植消极避战，发下诏令，把他押回洛阳审讯，让东中郎将董卓接替他。
董卓虽然为人凶狠，带兵能力却一般，过了很久，还是拿不下广宗，灵帝只好又调皇甫嵩过去接替董卓。
皇甫嵩到广宗的时候，张角已经神秘离世了，广宗城内的黄巾军由张梁率领，继续顽抗。
皇甫嵩一到城下，立即展现出天下第一名将的无敌才干。他先闭门休战，随后派人趁夜色偷袭，轻松攻破黄巾军的阵营，成功斩杀张梁，斩首黄巾军三万余人，逼黄巾军五万余人跳河而死，取得了一场决定性的胜利。
随后，皇甫嵩又在冀州北部的下曲阳攻破张宝的队伍，斩杀张宝，斩杀十万余人，随后用人头垒出京观，震慑天下的黄巾余部。
经过这两场决战，张角三兄弟全部身亡，黄巾军的主力部队被消灭了，黄巾起义的失败已经不可逆转。
朝廷找到张角的坟墓，开棺戮尸，传首洛阳。张角是宗教领袖，经过这么一折腾，他的高大形象荡然无存，他的教徒们信仰坍塌，整个太平道如鸟兽散，黄巾军的精神支柱也就倒塌了。
这时候离张角发动起义才大半年，轰轰烈烈的黄巾起义在极短的时间内就偃旗息鼓了。
这之后，虽然还有一些黄巾余部在全国各地出没，但基本上只能给官军用来练手用，造不成什么破坏，反倒让各路野心家们找到借口，继续扩张自己的军队。
草包皇帝汉灵帝这时候才回过神来：黄巾军倒是好对付，但黄巾军被消灭以后，留下来的问题才真正让人头疼。
现在全国各地都是大大小小的私人武装，军阀割据的局面已经隐隐出现，朝廷已经束手无策了。
但最坏的时候还没来到，黄巾之乱刚刚平息，朝廷还没来得及庆祝，另一条坏消息又传来了——凉州羌人叛乱！